Kromosommikroarray-analyse kan bidra til å identifisere årsaken til SIDS eller SUDC hos eldre barn

Kromosommikroarray-analyse kan bidra til å identifisere årsaken til SIDS eller SUDC hos eldre barn

En genetisk test kjent som kromosomal mikroarray-analyse (CMA) kan bidra til å identifisere årsaken til plutselig spedbarnsdødssyndrom (SIDS) eller dets motstykke hos eldre barn, kjent som plutselig uforklarlig død i barndommen (SUDC), finner en studie ledet av Boston Children's Hospital.

Forskerne, ledet av Richard Goldstein, MD, Ingrid Holm, MD, MPH, og Catherine Brownstein, MPH, PhD, krever at CMA gjøres rutinemessig i evalueringen av SIDS og SUDC. De publiserte sine studieresultater online 7. november i tidsskriftet Advanced Genetics.

"Vi tror vi har nok informasjon til å si at CMA er verdt å vurdere når et barn har dødd uten forklaring og er verdt å undersøke videre for å bedre forstå disse dødsfallene," sier Goldstein, som leder Roberts Sudden Unexpected Death in Pediatrics Program ved Boston Children's og var seniorforfatter av studien.

Teamet brukte CMA til å teste prøver fra 116 avdøde spedbarn og småbarn opp til 28 måneder gamle hvis dødsfall ble klassifisert som SIDS eller SUDC. Hos 14 barn (12 prosent) identifiserte CMA slettinger eller dupliseringer av segmenter av barnets DNA eller små DNA-omorganiseringer som var patogene eller "gunstig patogene."

CMA brukes allerede rutinemessig for barn med tilstander som autisme, utviklingsforsinkelse og flere medfødte anomalier, så vel som barn med udiagnostiserte medisinske tilstander."

Ingrid Holm, medseniorforfatter av studien

For ytterligere å validere funnene deres, sammenlignet forskerne CMA-resultater i SIDS/SUDC-pasienter med de i kontrollgruppene av fellesskapsbarn og to kohorter av barn med autismespekterforstyrrelse. Ved vurdering av sannsynligheten for potensielt påvirkende kromosomale endringer i CMA, skåret SIDS/SUDC-gruppen signifikant høyere enn kontrollgruppen, men hadde lignende skårer som barn med autismespektrumforstyrrelse (ASD).

Mange av CMA-funnene hadde ingen tilsynelatende assosiasjon med SIDS/SUDC og krever ytterligere undersøkelser. For eksempel hadde to barn udiagnostisert Klinefelters syndrom, der gutter er født med et ekstra X-kromosom, men som generelt har en normal levetid. Flere identifiserte kromosomale delesjoner/dupliseringer har også vært knyttet til nevroutviklingstilstander, inkludert anfall, ASD, utviklingsforsinkelse og schizofreni.

Legger til testarsenalet

Genetikk og genomikk e-bok

Sammenstilling av de beste intervjuene, artikler og nyheter fra det siste året. Last ned en gratis kopi

I tidligere arbeid brukte forskere ved Boston Children's heleksom-sekvensering (sekvensering av 1 til 2 prosent av genomet som koder for proteiner) for å evaluere barn hvis dødsfall ble klassifisert som SIDS eller SUDC. I denne studien hadde 11 prosent av barna genetiske varianter (endringer) som sannsynligvis spilte en rolle i deres død. Det gjenstår å se i hvilken grad CMA vil bidra til disse resultatene og hvor mye overlapping det er mellom genene som er funnet å være endret av eksomsekvensering og genene som påvirkes av DNA-delesjoner/duplikasjoner.

Teamet håper funnene deres vil oppmuntre medisinske etterforskere som undersøker SIDS-dødsfall til å be dem om hjelp.

"Medisinske etterforskere er interessert i genetisk testing, men de mangler ressursene, spesielt når det gjelder å tolke resultatene," sier Goldstein. "Vi prøver å flytte denne ballen fremover og gi nyttig informasjon."

I tillegg til eksomsekvensering og kromosomavvik i CMA, mottok forskere nylig et stipend fra American SIDS Institute for å studere mer komplekse strukturelle endringer i kromosomer som kan bidra til SIDS og SUDC, ved å bruke en avansert genomisk plattform kalt Bionano Saphyr for å avbilde ekstremt lange DNA-tråder.

"Denne teknikken gir oss muligheten til å finne strukturelle variasjoner som er for store til å bli fanget opp av tradisjonell DNA-sekvensering, men for små til å oppdage med kromosomale mikroarrayer," sier Brownstein, hovedforfatter av studien og vitenskapelig leder for Manton Center for Orphan Disease Research Gene Discovery Core ved Boston Children's. "Vi kan også oppdage tilfeller der et DNA-segment "flater" til et annet sted på kromosomet.

På lang sikt, ettersom kostnadene for DNA-sekvensering synker, ønsker forskere å bruke helgenomsekvensering for å studere SIDS og SUDC, en enkelt test som kan redusere behovet for CMA.

Kilde:

Boston barnesykehus

Referanse:

Brownstein, CA, et al. (2022) Kopinummervariasjon og strukturelle genomiske funn i 116 tilfeller av plutselig uforklarlig død mellom 1 og 28 måneder. Avansert genetikk. doi.org/10.1002/ggn2.202200012.

.