Analýza chromozómových mikročipov by mohla pomôcť identifikovať príčinu SIDS alebo SUDC u starších detí

Analýza chromozómových mikročipov by mohla pomôcť identifikovať príčinu SIDS alebo SUDC u starších detí

Genetický test známy ako chromozomálna mikročipová analýza (CMA) by mohol pomôcť identifikovať príčinu syndrómu náhleho úmrtia dojčiat (SIDS) alebo jeho náprotivok u starších detí, známy ako náhla nevysvetliteľná smrť v detstve (SUDC), uvádza štúdia vedená Bostonskou detskou nemocnicou.

Výskumníci pod vedením Richarda Goldsteina, MD, Ingrid Holm, MD, MPH, a Catherine Brownstein, MPH, PhD, žiadajú, aby sa CMA stala rutinou pri hodnotení SIDS a SUDC. Výsledky svojej štúdie zverejnili online 7. novembra v časopise Advanced Genetics.

„Veríme, že máme dostatok informácií na to, aby sme mohli povedať, že CMA stojí za zváženie, keď dieťa zomrelo bez vysvetlenia, a stojí za to ho ďalej skúmať, aby sme lepšie porozumeli týmto úmrtiam,“ hovorí Goldstein, ktorý riadi Robertov program náhlej neočakávanej smrti v Boston Children's a bol hlavným autorom štúdie.

Tím použil CMA na testovanie vzoriek od 116 zosnulých dojčiat a batoliat vo veku do 28 mesiacov, ktorých úmrtia boli klasifikované ako SIDS alebo SUDC. U 14 detí (12 percent) CMA identifikovala delécie alebo duplikácie segmentov DNA dieťaťa alebo malé preskupenia DNA, ktoré boli patogénne alebo „priaznivo patogénne“.

CMA sa už bežne používa u detí s poruchami, ako je autizmus, vývojové oneskorenie a mnohopočetné vrodené anomálie, ako aj u detí s nediagnostikovanými zdravotnými problémami.

Ingrid Holm, spoluautorka štúdie

Na ďalšie potvrdenie svojich zistení výskumníci porovnali výsledky CMA u pacientov so SIDS/SUDC s tými v kontrolných skupinách detí z komunity a dvoch kohort detí s poruchou autistického spektra. Pri hodnotení pravdepodobnosti potenciálne vplyvných chromozomálnych zmien v CMA skupina SIDS / SUDC zaznamenala výrazne vyššie skóre ako kontrolná skupina, ale mala podobné skóre ako deti s poruchou autistického spektra (ASD).

Mnohé zo zistení CMA nemali žiadnu zjavnú súvislosť so SIDS/SUDC a vyžadujú si ďalšie skúmanie. Napríklad dve deti mali nediagnostikovaný Klinefelterov syndróm, pri ktorom sa chlapci rodia s extra chromozómom X, ale vo všeobecnosti majú normálnu dĺžku života. Niekoľko identifikovaných chromozomálnych delécií/duplikácií bolo tiež spojených s neurovývojovými stavmi, vrátane záchvatov, ASD, vývojového oneskorenia a schizofrénie.

Pridanie do testovacieho arzenálu

Elektronická kniha Genetika a genomika

Kompilácia top rozhovorov, článkov a noviniek za posledný rok. Stiahnite si bezplatnú kópiu

V predchádzajúcej práci výskumníci z Boston Children's použili sekvenovanie celého exómu (sekvenovanie 1 až 2 percent genómu, ktorý kóduje proteíny) na vyhodnotenie detí, ktorých úmrtia boli klasifikované ako SIDS alebo SUDC. V tejto štúdii malo 11 percent detí genetické varianty (zmeny), ktoré pravdepodobne zohrali úlohu v ich smrti. Zostáva vidieť, do akej miery by CMA prispela k týmto výsledkom a aké veľké prekrytie existuje medzi génmi, o ktorých sa zistilo, že boli zmenené sekvenovaním exómu, a génmi ovplyvnenými deléciami / duplikáciami DNA.

Tím dúfa, že ich zistenia povzbudia lekárskych vyšetrovateľov vyšetrujúcich úmrtia na SIDS, aby ich požiadali o pomoc.

„Lekárski vyšetrovatelia sa zaujímajú o genetické testovanie, ale chýbajú im zdroje, najmä pokiaľ ide o interpretáciu výsledkov,“ hovorí Goldstein. "Snažíme sa posunúť túto loptu dopredu a poskytnúť užitočné informácie."

Okrem sekvenovania exómu a chromozomálnych abnormalít v CMA vedci nedávno dostali grant od amerického inštitútu SIDS na štúdium zložitejších štrukturálnych zmien v chromozómoch, ktoré môžu prispieť k SIDS a SUDC, pomocou pokročilej genomickej platformy s názvom Bionano Saphyr na zobrazenie extrémne dlhých reťazcov DNA.

„Táto technika nám dáva možnosť nájsť štrukturálne variácie, ktoré sú príliš veľké na to, aby sa dali zachytiť tradičným sekvenovaním DNA, ale príliš malé na to, aby ich bolo možné detegovať pomocou chromozomálnych mikročipov,“ hovorí Brownstein, hlavný autor štúdie a vedecký riaditeľ Manton Center for Orphan Disease Research Gene Discovery Core v Boston Children’s. "Môžeme tiež odhaliť prípady, keď sa segment DNA "preklopí" na iné miesto na chromozóme.

Z dlhodobého hľadiska, keďže náklady na sekvenovanie DNA klesajú, chcú výskumníci použiť sekvenovanie celého genómu na štúdium SIDS a SUDC, jediného testu, ktorý by mohol znížiť potrebu CMA.

Zdroj:

Bostonská detská nemocnica

Referencia:

Brownstein, CA, a kol. (2022) Variácia počtu kópií a štrukturálne genómové nálezy v 116 prípadoch náhlej nevysvetliteľnej smrti medzi 1 a 28 mesiacmi. Pokročilá genetika. doi.org/10.1002/ggn2.202200012.

.