InfektionenMedizinische ForschungNewsTechnologie

Analysen von 11 kommerziell erhältlichen PCR-Kits zum Nachweis von Affenpockenvirus-DNA

In einer aktuellen Studie, die im veröffentlicht wurde medRxiv* Server: Forscher in Deutschland und der Schweiz haben 11 kommerzielle Reverse-Transkriptions-Polymerase-Kettenreaktions-Kits (RT-PCR) (A bis L) für den Nachweis des Monkeypox-Virus (MPXV) ausgewertet.

Studie: Evaluierung von elf kommerziell erhältlichen PCR-Kits zum Nachweis von Monkeypox-Virus-DNA.  Bildnachweis: Salov Evgeniy / ShutterstockLernen: Evaluierung von elf kommerziell erhältlichen PCR-Kits zum Nachweis von Monkeypox-Virus-DNA. Bildnachweis: Salov Evgeniy / Shutterstock

*Wichtiger Hinweis: medRxiv veröffentlicht vorläufige wissenschaftliche Berichte, die nicht von Experten begutachtet werden und daher nicht als schlüssig angesehen werden sollten, als Leitfaden für die klinische Praxis/gesundheitsbezogenes Verhalten dienen oder als etablierte Informationen behandelt werden sollten.

Hintergrund

Ab Mai 2022 begannen die MPXV-Fälle weltweit zuzunehmen, insbesondere in Europa und den Vereinigten Staaten. Zuvor war diese Krankheit fast 50 Jahre lang in Zentral- und Westafrika endemisch. Infolgedessen wurde der MPXV-Ausbruch im Jahr 2022 am 23. Juli 2022 zu einer gesundheitlichen Notlage von internationaler Tragweite erklärt.

Daher war die Verfügbarkeit von RT-PCR-Kits zum Nachweis von Orthopoxviren (OPVs), insbesondere MPXVs, vor 2022 vernachlässigbar. Daher verließen sich Speziallabore bei der Diagnose auf firmeninterne Protokolle. Erst seit kurzem sind gebrauchsfertige RT-PCR-Testkits für die MPXV-Diagnose verfügbar.

Über die Studie

In der vorliegenden Studie bewerteten die Forscher 11 gebrauchsfertige RT-PCR-Kits für die MPXV-Diagnose anhand des Referenzdiagnostik-Workflows des Deutschen Beraterlabors für Pockenviren. Das 18-Proben-Referenzpanel umfasste Desoxyribonukleinsäure (DNA) von MPXV-Klade I, Klade IIa und Klade IIb, anderen OPV und dem Varizella-Zoster-Virus (VZV). Genauer gesagt gab es eine generische OPV-PCR, eine MPXV-spezifische PCR und eine MPXV-Klade-II-spezifische PCR.

Diese Kits analysierten alle Proben in Duplikaten; Darüber hinaus fügte das Team vor der Extraktion der viralen DNA eine Hemmungskontrolle in diese Proben ein. Das Team stellte mithilfe einer für menschliche DNA spezifischen RT-PCR-Reaktion eine ordnungsgemäße Probenahme sicher.

Siehe auch  Ist es möglich, Ihre Akne zu verlieren und Ihre Haut mit der Kraft Ihres Geistes zu verbessern?

Die Forscher nutzten das Handbuch des Herstellers, um diese Diagnosekits laufen zu lassen, die alle darauf eingestellt waren, die niedrigstmöglichen Zyklusschwellenwerte (CT) zu erhalten. Darüber hinaus stellten die Forscher die Vergleichbarkeit aller 11 Testkits sicher. Zu diesem Zweck ließen sie diese Kits auf dem Echtzeit-Cycler BioRad CFX 96 laufen, der mit den in diesen Tests verwendeten Fluorophoren kompatibel ist.

Für eine detailliertere Charakterisierung der Testkits zeichnete das Team die CT-Werte für jede DNA-Probe im Verhältnis zur Anzahl der Genomäquivalente (GE) auf, die anhand einer Plasmid-Standardkurve ermittelt wurden. Schließlich untersuchten sie die Steigung der Kurve, die die RT-PCR-Effizienz widerspiegelt, und den Y-Achsenabschnitt, der den theoretisch minimalen CT-Wert angibt, der mit einem Assay erhalten wurde.

Studienergebnisse

Für das MPXV-Isolat der Klasse II 2012, mit Ausnahme von Kit F, zeigten alle Kits CT-Werte im erwarteten Bereich. Darüber hinaus zeigten sie eine gute analytische Empfindlichkeit mit CT-Werten von 36, was weniger als fünf GE pro Reaktion widerspiegelt. Bei einem CT-Wert von 38, was weniger als einem GE pro Reaktion und der niedrigsten Verdünnung entspricht, konnten jedoch mit zwei Kits und zwei generischen Referenz-PCRs für OPV und MPXV beide Proben nicht nachgewiesen werden. Andererseits konnten sechs Kits nur eines der beiden Duplikate erkennen; Drei Kits und Clade-II-spezifische Referenz-RT-PCR detektierten beides, was auf eine hohe analytische Empfindlichkeit hinweist. Bemerkenswert ist, dass der Ausfall eines Duplikats nicht unbedingt eine schlechte Testleistung widerspiegelt.

Für Klade IIb zeigten diese Kits bei Proben mit höheren CT-Werten etwas bessere Erkennungsraten. Daher konnte Kit L keine Proben mit CT-Werten von 38 erkennen, während die meisten Kits ein einzelnes Replikat erkannten. Auch hier konnte Kit K kein Replikat einer Probe mit einem CT-Wert von 32 nachweisen, während drei Kits nicht einmal ein Replikat der niedrigsten Konzentration mit einem CT-Wert von 35 gegen Clade I MPXV nachweisen konnten. Diese Kits erzielten für die meisten Proben ähnliche CT-Werte, insbesondere unter Berücksichtigung der unterschiedlichen Probenvolumina, die pro Reaktion verwendet wurden. Es könnte zu fast zwei bis drei CT-Wertverschiebungen beigetragen haben.

Siehe auch  Wissenschaftler kommen dem Fortschritt der personalisierten Krebsbehandlung einen Schritt näher

In einigen Testhandbüchern wurde die Nachweisgrenze (LOD) in DNA-Kopien/ml angegeben, was für Krusten und trockene Abstrichproben kein optimaler Messwert ist. Erfreulicherweise funktionierten alle in den Kits enthaltenen Kontrollen wie erwartet. Außerdem erbrachten diese Testkits eine Leistung innerhalb des in den jeweiligen Handbüchern angegebenen Bereichs.

Abschluss

Insgesamt zeigten die 11 in der aktuellen Studie bewerteten Kits eine vergleichbare und hohe Nachweisempfindlichkeit für MPXV-Clade-I- und -II-DNAs. Daher schienen diese Kits zur Bestimmung klinisch relevanter MPXV-DNA-Lasten aus ordnungsgemäß entnommenen Hautläsionen geeignet zu sein. Entsprechend ihrem beabsichtigten Zweck zeigten diese Kits eine überlegene analytische Empfindlichkeit gegenüber MPXV oder OPVs und verwendeten Proben mit weniger als etwa fünf GE pro Reaktion oder CT-Werten von 36.

Die Forscher machten darauf aufmerksam, dass diese Kits und andere, die in den kommerziellen Bereich gelangen, derzeit für Forschungszwecke bestimmt sind. Es sind weitere Daten erforderlich, bevor diese zum zuverlässigen Nachweis von MPXV in klinischen Proben verwendet werden können. Nur dann würden diese Kits Gemeinschaften auf der ganzen Welt bei der MPXV-Diagnose unterstützen.

*Wichtiger Hinweis: medRxiv veröffentlicht vorläufige wissenschaftliche Berichte, die nicht von Experten begutachtet werden und daher nicht als schlüssig angesehen werden sollten, als Leitfaden für die klinische Praxis/gesundheitsbezogenes Verhalten dienen oder als etablierte Informationen behandelt werden sollten.

Referenz:

.

Ähnliche Artikel

Schaltfläche "Zurück zum Anfang"

Adblocker erkannt

Bitte schalten Sie den Adblocker aus. Wir finanzieren mit unaufdringlichen Bannern unsere Arbeit, damit Sie kostenlose Bildung erhalten.