وخلصت الدراسة إلى أنه يمكن اكتشاف فيروس جدري القرود بسهولة بواسطة تفاعل البوليميراز المتسلسل الكمي (qPCR) باستخدام ثلاثة فحوصات تم التحقق من صحتها سريريًا

وخلصت الدراسة إلى أنه يمكن اكتشاف فيروس جدري القرود بسهولة بواسطة تفاعل البوليميراز المتسلسل الكمي (qPCR) باستخدام ثلاثة فحوصات تم التحقق من صحتها سريريًا

في دراسة نشرت مؤخرا medRxiv *، قام الباحثون بالتحقق من صحة فحوصات تفاعل البوليميراز المتسلسل الكمي لفيروس جدري القرود (MPXV).

Lernen: Bewertung und klinische Validierung von Affenpockenvirus-Echtzeit-PCR-Assays. Bildnachweis: Oscar Martinez Troncoso/Shutterstock

خلفية

نادراً ما يتم اكتشاف حالات جدري القرود البشري (MPX) خارج البلدان التي يتوطنها فيروس MPXV منذ اكتشافه في السبعينيات. وقد تم إهمال هذا المرض الحيواني المنشأ حتى تفشي المرض، على الرغم من التحذيرات من انتشاره على مستوى العالم والأدلة على زيادة انتقال العدوى من إنسان إلى آخر. كجزء من تفشي MPX المستمر، تم الإبلاغ عن أكثر من 77000 حالة MPX من أكثر من 100 دولة.

قد تظهر حالات MPX مع الحمى وتضخم العقد اللمفية والطفح الجلدي الحليمي. الأفراد الذين يعانون من نقص المناعة معرضون لخطر الإصابة بمظاهر MPX الشديدة وحتى الموت. إن عقار Tecovirimat (Tpoxx) المضاد للفيروسات واللقاح JYNNEOS، الذي تم تطويره في الأصل لعلاج الجدري، هما الإجراءان المضادان الوحيدان ضد MPX. نظرًا لأن الكشف المبكر والسريع عن الفيروسات مطلوب للوقاية من MPX وعلاجه، فإن تطوير فحوصات qPCR أمر بالغ الأهمية لتعطيل شبكات النقل.

الدراسة والنتائج

في هذه الدراسة، قام الباحثون بتقييم اثنين من فحوصات qPCR الخاصة بـ MPXV والتي تستهدف مواقع G2R وF3L وقارنوا حساسيتها ونوعيتها ودقتها بمقايسة فيروسات الأرثوبوكس الشاملة لمراكز السيطرة على الأمراض والوقاية منها (CDC) (OPXV-E9L). قام المؤلفون بشراء DNA MPXV الاصطناعي (VR-3270SD) تجاريًا بسبب الإمداد المحدود لعينات MPXV السريرية والحمض النووي الجينومي في ربيع عام 2022.

يحتوي القالب الذي تم شراؤه (VR-3270SD) على مواقع ربط للبادئات والتحقيقات للعديد من الاختبارات التي تم تطويرها مسبقًا. قدر الباحثون عدد النسخ الدقيق لهذا المعيار بواسطة قطيرة PCR الرقمية (ddPCR) بـ 1.29 × 108 نسخة/مل للموضع MPXV-F3L وOPXV-E9L و1.3 × 108 نسخة/مل للموضع MPXV-G2R.

اختبر المؤلفون 15 عينة من فيروس الهربس البسيط (HSV) إيجابية، و17 عينة من فيروس الحماق النطاقي (VZV) إيجابية، و52 عينة مسحة جلدية سلبية لفيروس HSV/VZV باستخدام مقايسة OPXV-E9L وتحققوا من أنها سلبية بالنسبة لفيروس MPXV. لم يكشف اختبار F3L عن الحمض النووي MPXV في هذه العينات، بينما في اختبار G2R، تم العثور على عينة إيجابية لـ VZV إيجابية لـ G2R ولكن تم اختبار G2R سلبيًا عند تكرارها.

أظهرت فحوصات G2R وF3L اتفاقًا سلبيًا بنسبة 98.8% و100% على التوالي في 84 عينة. بعد ذلك، اختبر الفريق التفاعل المتبادل لفحوصات فيروس MPXV مع فيروسات جدري الجمال (CMLV)، وجدري البقر (CPXV)، واللقاح (VACV)، وهي فيروسات قريبة من السلالات لفيروس MPXV. لم تكشف فحوصات MPXV-F3L وG2R الحمض النووي لـ CMLV وCPXV وVACV، في حين أظهر اختبار OPXV-E9L متوسط ​​عتبات الدورة (Ct) البالغة 19.8 و25.8 و23.8 على التوالي.

كتاب علم الوراثة وعلم الجينوم الإلكتروني

تجميع لأهم المقابلات والمقالات والأخبار من العام الماضي. تنزيل نسخة مجانية

تم تقييم القدرة على اكتشاف الحمض النووي MPXV باستخدام نتائج إيجابية مصطنعة. وكانت نسبة الموافقة الإيجابية 100% بالنسبة لفحص OPXV E9L و99.1% بالنسبة لفحوصات MPXV G2R وF3L. بالإضافة إلى ذلك، قاموا باختبار ما إذا كانت فحوصات G2R وF3L ستكتشف بدقة فيروس MPXV في العينات (السريرية) وحصلوا على سبع عينات مسحة جلدية إيجابية لفيروس MPXV من مختبر الصحة العامة (PHL).

تم تخفيف عينات PHL بنسبة 1:40 قبل الاستخراج بسبب قيود الحجم. تم اختبار عشرين عينة MPXV سريرية كانت نتائج اختبارها إيجابية في اختبار F3L في وقت واحد باستخدام فحوصات OPXV-E9L وMPXV-G2R. كانت المقايسات الخاصة بـ MPXV، في المتوسط، تحتوي على قيم Ct أقل من مقايسة OPXV-E9L لكل عينة. علاوة على ذلك، كان لفحص G2R قيمة Ct أقل من اختبار F3L في كل عينة، بما يتوافق مع نسختين من G2R في جينوم MPXV.

وقدر الباحثون أن حد الكشف (LoD) يبلغ 330 نسخة/مل، وهو ما يتوافق مع 3.3 نسخة لكل تفاعل (PCR) باستخدام طرق الاستخراج القياسية لفحوصات MPXV F3L وG2R. كما قاموا بالتحقق من صحة مقايسة MPXV-F3L باستخدام أنواع مختلفة من العينات مثل: B. CSF، والبول، والمصل، والبلازما، والدم الكامل، ومسحات الفم/المستقيم/البلعوم الأنفي/المهبلي.

وكانت نسبة الموافقة السلبية 100% لجميع أنواع العينات. وكانت النسبة المئوية الإيجابية 100% للمسحات الأنفية/المستقيمية/المهبلية، والبلازما، والسائل الدماغي الشوكي، والدم الكامل وحليب الثدي، و95.7% لعينات البول، و95.5% لعينات المصل. تم تقدير الحد الأقصى لهذه العينات بـ 1000 نسخة/مل (10 نسخ/مل لكل تفاعل).

باستخدام عينات MPXV السريرية، كان الاتفاق السلبي بنسبة 100% بالنسبة للعاب والسائل المنوي والمسحات المستقيمية/الفموية/الجافة. وكانت نسبة الموافقة الإيجابية 100% بالنسبة للعاب ومسحات المستقيم والسائل المنوي و95% بالنسبة للمسحات الفموية/الجافة. كان الحد الأقصى لفحص F3L هو 260 نسخة/مل للسائل المنوي، و780 نسخة/مل للعاب، ومسحات المستقيم والفم، و810 نسخة/لطاخة للمسحات الجافة.

الاستنتاجات

باختصار، قامت الدراسة الحالية بتقييم حساسية ونوعية مجموعات البادئات والمسبار الخاصة بـ MPXV جنبًا إلى جنب مع مقايسة فيروسات الأورثوبوكس الشاملة. كان الحد الأقصى لهذه المقايسات منخفضًا يصل إلى 3.3 نسخة لكل تفاعل (PCR) عن طريق الاستخراج من ما يصل إلى 250 ميكرولتر من العينة. لم تظهر أي من المقايسات تفاعلًا متصالبًا مع VZV أو HSV، مما يشير إلى خصوصية عالية.

بشكل عام، كان أداء المقايسات الثلاثة للكشف عن فيروس MPXV قابلاً للمقارنة، حيث كان كل منها حساسًا للغاية للحمض النووي MPXV. كان اختبار MPXV-F3L ذو خصوصية عالية لـ MPXV ولم يُظهر أي تفاعل متقاطع مع فيروس HSV أو فيروسات الأورثوبوكس الأخرى وسيكون أداة حاسمة في الحد من انتقال فيروس MPXV في الفاشية المستمرة.

* ملاحظة هامة

ينشر medRxiv تقارير علمية أولية لم تخضع لمراجعة النظراء، وبالتالي لا ينبغي اعتبارها قاطعة، أو توجيه الممارسة السريرية/السلوك المتعلق بالصحة، أو التعامل معها على أنها معلومات ثابتة.

مرجع:

• Mills, M. et al. (2022) „Bewertung und klinische Validierung von Affenpockenvirus-Echtzeit-PCR-Assays“. medRxiv. doi: 10.1101/2022.11.12.22282254. https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2022.11.12.22282254v1

.