Tyrime daroma išvada, kad beždžionių raupų virusą galima lengvai aptikti naudojant qPCR naudojant tris kliniškai patvirtintus tyrimus.

Tyrime daroma išvada, kad beždžionių raupų virusą galima lengvai aptikti naudojant qPCR naudojant tris kliniškai patvirtintus tyrimus.

Neseniai paskelbtame tyrime medRxiv *, Tyrėjai patvirtino beždžionių raupų viruso (MPXV) kiekybinius polimerazės grandininės reakcijos (qPCR) tyrimus.

Lernen: Bewertung und klinische Validierung von Affenpockenvirus-Echtzeit-PCR-Assays. Bildnachweis: Oscar Martinez Troncoso/Shutterstock

fone

Žmogaus beždžionių raupų (MPX) atvejai retai buvo aptikti už MPXV endeminių šalių ribų nuo tada, kai jie buvo atrasti aštuntajame dešimtmetyje. Ši zoonozinė liga buvo ignoruojama iki pat protrūkio, nepaisant perspėjimų apie pasaulinį plitimą ir didėjančio plitimo iš žmogaus į kitą įrodymų. Dėl vykstančio MPX protrūkio buvo pranešta apie daugiau nei 77 000 MPX atvejų iš daugiau nei 100 šalių.

MPX atvejais gali pasireikšti karščiavimas, limfadenopatija ir papiliarinis bėrimas. Asmenims, kurių imunitetas nusilpęs, gresia sunkios MPX apraiškos ir net mirtis. Antivirusinis vaistas Tecovirimat (Tpoxx) ir vakcina JYNNEOS, iš pradžių sukurta nuo raupų, yra vienintelės atsakomosios priemonės prieš MPX. Kadangi MPX prevencijai ir gydymui reikalingas ankstyvas ir greitas viruso aptikimas, qPCR tyrimų kūrimas yra labai svarbus siekiant sutrikdyti perdavimo tinklus.

Tyrimas ir rezultatai

Šiame tyrime mokslininkai įvertino du MPXV specifinius qPCR tyrimus, nukreiptus į G2R ir F3L lokusus, ir palygino jų jautrumą, specifiškumą ir tikslumą su Ligų kontrolės ir prevencijos centrų (CDC) panortopoksviruso tyrimu (OPXV-E9L). Autoriai komerciškai įsigijo sintetinę MPXV DNR (VR-3270SD) dėl riboto klinikinių MPXV mėginių ir genominės DNR tiekimo 2022 m. pavasarį.

Įsigytas šablonas (VR-3270SD) turėjo pradmenų ir zondų surišimo vietas daugeliui anksčiau sukurtų tyrimų. Tyrėjai apskaičiavo, kad tikslus šio standarto kopijų skaičius, naudojant lašelinį skaitmeninį PGR (ddPCR), yra 1,29 x 108 kopijos/ml MPXV-F3L ir OPXV-E9L lokusams ir 1,3 x 108 kopijos/ml MPXV-G2R lokusui.

Autoriai ištyrė 15 herpes simplex viruso (HSV) teigiamų, 17 vėjaraupių viruso (VZV) teigiamų ir 52 HSV / VZV neigiamų odos tamponų mėginius, naudodami OPXV-E9L tyrimą, ir patikrino, ar jie buvo neigiami MPXV. F3L tyrimas neaptiko MPXV DNR šiuose mėginiuose, o G2R tyrime VZV teigiamas mėginys buvo teigiamas G2R, tačiau buvo neigiamas G2R, kai buvo kartojamas.

G2R ir F3L tyrimai parodė neigiamą procentinį 98,8% ir 100% sutapimą atitinkamai 84 mėginiuose. Tada komanda išbandė MPXV tyrimų kryžminį reaktyvumą su kupranugarių (CMLV), karvių raupų (CPXV) ir vakcinijos (VACV) virusais, kurie yra artimi MPXV filogenetiniai giminaičiai. MPXV-F3L ir G2R tyrimai neaptiko CMLV, CPXV ir VACV DNR, o OPXV-E9L tyrimas parodė vidutines ciklo slenksčius (Ct) atitinkamai 19,8, 25,8 ir 23,8.

Genetika ir genomika e-knyga

Populiariausių praėjusių metų interviu, straipsnių ir naujienų rinkinys. Atsisiųskite nemokamą kopiją

Gebėjimas aptikti MPXV DNR buvo įvertintas naudojant dirbtinius teigiamus rezultatus. Teigiamas procentinis sutapimas buvo 100% OPXV E9L tyrimui ir 99,1% MPXV G2R ir F3L tyrimams. Be to, jie išbandė, ar G2R ir F3L tyrimai tiksliai aptiks MPXV (klinikiniuose) mėginiuose, ir surinko septynis MPXV teigiamus odos tepinėlių mėginius iš visuomenės sveikatos laboratorijos (PHL).

PHL mėginiai prieš ekstrahavimą buvo atskiesti santykiu 1:40 dėl tūrio apribojimų. Dvidešimt klinikinių MPXV mėginių, kurie buvo teigiami F3L tyrime, buvo tiriami vienu metu su OPXV-E9L ir MPXV-G2R tyrimais. MPXV specifinių tyrimų Ct vertės buvo vidutiniškai mažesnės nei OPXV-E9L kiekvienam mėginiui. Be to, kiekviename mėginyje G2R tyrimas turėjo mažesnę Ct vertę nei F3L tyrimas, atitinkantis dvi G2R kopijas MPXV genome.

Tyrėjai apskaičiavo, kad aptikimo riba (LoD) yra 330 kopijų/ml, o tai atitinka 3,3 kopijas vienai (PGR) reakcijai naudojant standartinius ekstrahavimo metodus MPXV F3L ir G2R tyrimams. Jie taip pat patvirtino MPXV-F3L tyrimą naudodami skirtingus mėginių tipus, tokius kaip: B. CSF, šlapimas, serumas, plazma, visas kraujas ir burnos / tiesiosios žarnos / nosiaryklės / makšties tamponai.

Visų tipų imčių neigiamas procentinis sutapimas buvo 100 %. Teigiamas procentinis sutapimas buvo 100% nosiaryklės / tiesiosios žarnos / makšties tepinėlių, plazmos, CSF, viso kraujo ir motinos pieno, 95,7% šlapimo mėginių ir 95,5% serumo mėginių. Apskaičiuota, kad šių mėginių LoD yra 1000 kopijų/ml (10 kopijų/ml vienai reakcijai).

Naudojant klinikinius MPXV mėginius, seilių, spermos ir tiesiosios žarnos / burnos / sausų tamponų neigiamas procentinis sutapimas buvo 100%. Teigiamas procentas buvo 100% seilių, tiesiosios žarnos tamponų ir spermos ir 95% burnos / sausų tamponų. F3L tyrimo LoD buvo 260 kopijų/ml spermai, 780 kopijų/ml seilių, tiesiosios žarnos ir burnos tepinėlių ir 810 kopijų/mL sausų tepinėlių.

Išvados

Apibendrinant, šiame tyrime buvo įvertintas MPXV specifinių pradmenų ir zondų rinkinių jautrumas ir specifiškumas kartu su pan-ortopoksviruso tyrimu. Šių tyrimų LoD buvo tik 3,3 kopijos vienai (PGR) reakcijai ekstrahuojant iš iki 250 μl mėginio. Nė vienas iš tyrimų neparodė kryžminio reaktyvumo su VZV ar HSV, o tai rodo didelį specifiškumą.

Apskritai, trijų MPXV aptikimo tyrimų našumas buvo panašus, kiekvienas iš jų buvo labai jautrus MPXV DNR. MPXV-F3L tyrimas buvo labai specifiškas MPXV ir neparodė kryžminio reaktyvumo su HSV ar kitais ortopokso virusais ir bus svarbi priemonė mažinant MPXV perdavimą vykstančio protrūkio metu.

*Svarbi PASTABA

medRxiv skelbia preliminarias mokslines ataskaitas, kurios nebuvo recenzuotos ir todėl neturėtų būti laikomos įtikinamais, vadovaujasi klinikine praktika / su sveikata susijusiu elgesiu arba laikomos nustatyta informacija.

Nuoroda:

• Mills, M. et al. (2022) „Bewertung und klinische Validierung von Affenpockenvirus-Echtzeit-PCR-Assays“. medRxiv. doi: 10.1101/2022.11.12.22282254. https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2022.11.12.22282254v1

.