Automaatne sebrakala sõeluuring müeloidse leukeemia ravimite avastamiseks

Automaatne sebrakala sõeluuring müeloidse leukeemia ravimite avastamiseks

MõttejuhtDr Elspeth Payne ja dr Alexandra LubinUCL vähiinstituut

Selles intervjuus räägib NewsMedical Londoni UCL-i vähiinstituudi vähiteadlaste Elspeth Payne'i ja Alexandra Lubiniga sellest, kuidas nad kasutavad tehisintellektil töötavat analüüsitarkvara müeloidleukeemiate automatiseeritud ja suure läbilaskevõimega uurimiseks, kasutades sebrakala mudeleid. Ateena. See taskukohane tarkvaralahendus on allalaadimiseks saadaval uudse tasulise kasutuse eest.

Kas saaksite palun tutvustada oma tegevust ja kirjeldada lühidalt oma uurimistööd?

Elspeth Payne:Minu nimi on Beth Payne ja ma olen kliiniline teadlane. Minu labor tegeleb verevähiga, eriti müeloidsete pahaloomuliste kasvajatega,ja hoolitsen ka haiglas patsientide eest. Kasutame uurimiseks ja esmase patsiendimaterjali kõrval sebrakala modelleerimise ja ravimite sõeluuringu kombinatsiooniparemmõista arengut müeloidsed leukeemiad ja erinevaid viise, kuidas saaksime neid tulevikus käsitleda.

Alexandra Lubin:Minu nimi on Alex Lubin. Olen Beth Payne'i laboris järeldoktor. Töötan müelodüsplastiliste sündroomide (MDS) ja ägeda müeloidse leukeemia (AML) sebrakala mudelitega. Narkootikumide sõeluuring on minu põhiprojekt ja ma tahaksin teha sebrakala saba vereloome tüvirakkudes ravimite sõeluuringut, et otsida sünteetilist letaalsust.

Kuidas tegite sebrakala analüüsi enne Athena tarkvara kasutamist?

Alexandra Lubin:Kui ma vaatan oma ravimite sõeluuringul tüvirakke, proovin ma mõõta kalade rakkude arvu muutust. Selle käsitsi tegemiseks tuleb loendada kõik üksikud fluorestseeruvad rakud sabas. See tähendab, et peate panema iga kala mikroskoobi alla, läbima selle ja loendama, mis on väga aeganõudev. Seetõttu hakkasime otsima automatiseeritud lähenemist.

Milliste väljakutsetega seisate silmitsi vajalike andmete hankimisel?

Beth Payne:Oleme välja töötanud mõned meetodid ravimite sõeluuringuks ja kuigi sebrakala on selle jaoks suurepärane mudel, on õige läbilaskevõime saavutamine olnud väljakutse. Kuigi on palju erinevaid platvorme, mida saab kasutada, on neil tavaliselt kohandatud lahendused andmete analüüsimiseks. See tähendab, et iga uue ekraani väljatöötamine on nii kulukas kui ka võtab kaua aega, et saada midagi, mis teie eesmärgile sobib.

Millisel hetkel loobusite käsitsi pildistamisest ja pildianalüüsist ning otsisite automatiseeritud lahendusi?

Beth Payne:Automaatsõeluuringu osas oleme ilmselt lahendust otsinud viimased viis kuni kümme aastat. Vaatasime seda väljakutset peaeesmärgina iga paari aasta tagant uuesti ja küsisime endalt: "Kuidas saaksime seda aega tõhusamaks muuta?" Pildistamine ja käsitsi rakkude loendamine on andmete õigeks kvantifitseerimiseks vajalikud, kuid arvasime, et selle automatiseerimine säästaks tohutult aega. Mitte ainult nende sammude jaoks vajaliku aja jaoks, vaid ka selleks, et avada terve hulk võimalusi sellise platvormi kasutamiseks teistes katsetes.

Millised on suurimad väljakutsed käsitsi töövooga valimi võtmisel?

Alexandra Lubin:Manuaalse meetodi suurim väljakutse on see, et see on aeganõudev. See pole eriti keeruline, kuid see tähendab tundide ja tundide mikroskoobi taga veetmist. Teine peamine probleem sellega seoses on see, et te ei saa saavutada suuri valimi suurusi. Kui soovite teha midagi uimastisõela sarnast, peitub tugevus paljude proovide analüüsimise võimes.

Mida on see tehnoloogia teie laborisse toonud?

Beth Payne:Selle süsteemi puhul on abiks olnud see, et kasutame seda lisaks ravimisõeluuringule ka kõikide näidustuste puhul. Näiteks kui meil on transgeenne või isegi in situ objekt, mida tahame pildistada ja vaadata üksikasjalikult, kasutame Ateena selle asemel, et seda käsitsi teha.

Teine suurepärane asi süsteemi juures on see, et see on paindlik ja saate seda suhteliselt kiiresti erinevate analüüside jaoks optimeerida, kuna süsteem on kasutajasõbralik. Ettevõte pakub palju tuge, et meid raskuste korral aidata.

Ütleksin, et üldiselt võimaldab see meil katseid palju paremini toita, sest 20 embrüo asemel saame kasutada sama töötlemisaja jooksul 200 embrüot. Tegelikult võtab see oluliselt vähem aega kui muidu. Üldiselt pakub see suuremat paindlikkust katsete osas, mida saame planeerida, ja seda, millist jõudlust saame andmeväljundist saada Ateena.

Sebrakala vastse heleda välja kujutise AI-abiga analüüs sisemise anatoomia tuvastamiseks koos GFP-märgistatud vereloome tüvirakkude tuvastamisega. Ainult sabas esinevaid GFP-märgistatud rakke saab loendada valikuliselt. Foto krediit: IDEA Bio-Medical

Azo: Kui hakkasite Athena tarkvara kallal töötama, kui kaua kulus teil sellega iseseisvaks ja produktiivseks saamine?

Alexandra Lubin:Kui ma esimest korda nendega kokku puutusin Ateena Tarkvara, seal oli palju arendustööd. See andis IDEA Bio-Medicaliga palju aruteluruumi selle üle, mida me tarkvaralt tahtsime, mis oleks kasulik ja tõstaks esile parendusvaldkonnad.

Pärast kasutuselevõttu oli üleminekuperiood tarkvara esmakordsest kasutamisest täieliku iseseisvumiseni suhteliselt lühike.

Kuidas on see võrreldav teiste teie kasutatavate instrumentidega, näiteks käsitsi mikroskoopidega?

Alexandra Lubin:See oli ainulaadne kogemus, kuna meil oli IDEA Bio-Medicaliga rohkem kokkupuudet kui tavaliselt. Ma pole kunagi teist sellist süsteemi kasutanud, nii et mul pole otsest võrdlust, kuid see on suurepärane ja väga praktiline tarkvara.

Kui kaua kulub teil kõigi oma kalaproovide analüüsimiseks ja kuidas see on varasemate kordadega võrreldes?

Alexandra Lubin:Kui teeme need katsed käsitsi, saame korraga uurida vaid umbes sadat kala. See võtab aga nii palju aega, kuid kui me alustasime, Ateena saame seda arvu suurendada.

Kalade sõelumine sõltub sellest, kui hästi käituvad kalad, nagu kõik, kellega koos töötate Sebrakala saad teada. Lühikese aja jooksul on võimalik sõeluda sadu (kalu), kuna umbes saja kala puhul kulub taldriku laadimise ja tulemuste saamise vahele vaid umbes 30 minutit, samas kui varem oleks kulunud terve päev.

Mida teha, kui vajate tarkvara kasutamisel abi? Kes ja kuidas sind toetab?

Alexandra Lubin:Kui vajan tarkvara osas abi, võtan ühendust IDEA Bio-Medicali meeskonnaga. Nad on olnud tõeliselt abivalmid ja pakuvad koostööpartnerlust. Varustan neid piltidega; Nad toetavad meid – see toimib sujuvalt.

Mis hetk oli teie arvates Athena tarkvara teie uurimistöö jaoks kasulik?

Alexandra Lubin:Kui ma seda ravimisõeluuringut alustasin, teadsime, et peame kasutusele võtma automatiseerimise, sest tuhandete ühendite käsitsi sõelumine pole võimalik. Kui hakkasime erinevaid meetodeid vaatama, sai selgeks, kui lihtne on süsteemi kasutada ja kui paindlik see on. Lisaks köitis meid tõsiasi Ateena võimaldas meil hargneda ja seda vastavalt vajadusele muuta.

Kus näete oma tööd järgmisena ja selle mõju?

Beth Payne:Ma arvan, et see on kindlasti avanud ukse üha enamatele ekraanidele. Võib-olla saame nüüd teha ambitsioonikamaid ekraane, kus kasutame näiteks rohkem kui ühte fluorofoori või rohkem kui ühte genotüüpi korraga, sest sõeluuringu aeg on nii palju lühem ja tõhusam, kui saate rohkem muutujaid sisse viia.

Dr Elspeth Payne'i kohta

Dr Elspeth Payne on UCL Cancer Institute'i vanem kliiniline teadur/kliiniline konsultant. Tema labor UCL-i vähiinstituudis on pühendatud pärilike luuüdipuudulikkuse haiguste ja leukeemiate uurimisele ning kasutab nende haiguste modelleerimiseks sebrakala. Dr Payne on ka kliiniline hematoloog UCL-i haiglas, kus ta ravib inimesi, kellel on verehaigused, nagu leukeemia ja luuüdipuudulikkus.

Dr Alexandra Lubini kohta

Dr Lubin on UCL Cancer Institute'i järeldoktor, kus ta kasutab sebrakala müelodüsplastilise sündroomi (MDS) ja ägeda müeloidse leukeemia (AML) uurimiseks uudsete ravimeetodite väljatöötamiseks. Varem lõpetas ta doktorikraadi keemiabioloogias Londoni Imperial College'is pärast keemiaõpinguid Cambridge'i ülikoolis.

IDEA Bio-Medical Ltd kohta

IDEA Bio-Medical ettevõte, mis on spetsialiseerunud bioteaduste teadlaste automatiseeritud mikroskoopiale ja pildianalüüsile. See asutati 2007. aastal YEDA (Weizmanni Instituudi kommertsialiseerimisharu) ja IDEA masinaarenduse (innovatsioonikeskus) partnerluse kaudu. IDEA tooted, Hermes pildisüsteem ja Athena pildianalüüsi tarkvara, on aidanud avaldada üle 100 teadusliku publikatsiooni eelretsenseeritavates ajakirjades ja avaldanud märkimisväärset mõju kogu maailmas.

IDEA Bio-Medical on praegu keskendunud sebrakala teadlaste volitamisele, pakkudes neile usaldusväärset ja tugevat lahendust sebrakala automaatseks ja erapooletuks pildianalüüsiks, kasutades ettevõtte teadmisi ja teadmisi.

Selleks töötas IDEA välja uudse süvaõppepõhise pildianalüüsi tarkvara in vivo sebrakala katsete jaoks. Tarkvara tuvastab automaatselt sebrakala kontuuri ja selle siseelundid eredas väljas ilma kasutajapoolset sisestust nõudmata. Tuvastatud anatoomia on ühendatud fluorestsentskanalitega, et võimaldada fluorestsentsi muutuste anatoomiaspetsiifilist uurimist. See on taskukohane ja kasutajasõbralik süsteem, mis on spetsiaalselt loodud sebrakala usaldusväärseks, automatiseeritud pildipõhiseks analüüsiks.

Tarkvaraon saadaval eraldiseisva tootenaja aktsepteerib mikroskoopiakujutisi mitmes pildivormingus, sealhulgas patenteeritud. Seesobib teadlastele, kes pildistavad ja analüüsivad vaid käputäis kalu nädalas, samuti teadlastele, kes pildistavad sadu ja tuhandeid kalu mitme süvendiga plaatidel suuremahuliste kuvade jaoks. IDEA Bio-Medical pakub tarkvarale juurdepääsuks uudset tasulist mudelit, et võimaldada paindlikku juurdepääsu.Seetõttu saavad kõik käsitsi mikroskoope või kolmanda osapoole automatiseeritud süsteeme kasutavad teadlased hõlpsasti kasutada IDEA Zfishi tarkvara, et nõudmisel oma sebrakala kujutistest kvantitatiivset ja sisulist teavet eraldada.

Võtke ühendust IDEA Bio-Medicaliga meie veebisaidil Kontaktivorm ja lisateavet leiate sebrakala analüüsi tarkvarast Toote leht.

Sponsoreeritud sisu eeskirjad:News-Medical.net avaldab artikleid ja sellega seotud sisu, mis võib pärineda allikatest, millega meil on ärisuhted, eeldusel, et selline sisu lisab väärtust News-Medical.Neti põhitoimetuse eetosele, milleks on meditsiiniuuringutest, teadusest, meditsiiniseadmetest ja ravist huvitatud veebisaidi külastajate harimine ja teavitamine.

.