Automatizirani probir zebrica za otkrivanje lijeka za mijeloičnu leukemiju

Automatizirani probir zebrica za otkrivanje lijeka za mijeloičnu leukemiju

Vođa mislidr. Elspeth Payne i dr. Alexandra LubinUCL institut za rak

U ovom intervjuu, NewsMedical razgovara s Elspeth Payne i Alexandrom Lubin, istraživačicama raka na Institutu za rak UCL-a u Londonu, o tome kako koriste softver za analizu koji pokreće AI za proučavanje mijeloičnih leukemija na automatiziran, visokoučinkovit način koristeći modele ribica zebrica. Atena. Ovo pristupačno softversko rješenje dostupno je za preuzimanje po novoj osnovi plaćanja po korištenju.

Možete li nam predstaviti čime se bavite i ukratko opisati svoje istraživanje?

Elspeth Payne:Moje ime je Beth Payne i ja sam klinička znanstvenica. Moj laboratorij radi na raku krvi, posebno mijeloidnim zloćudnim tumorima,a čuvam i pacijente u bolnici. Koristimo kombinaciju modeliranja zebrice i probira lijekova uz primarni materijal pacijenata za proučavanje iboljerazumjeti razvoj mijeloične leukemije i različite načine na koje bismo ih mogli tretirati u budućnosti.

Aleksandra Lubin:Moje ime je Alex Lubin. Ja sam postdoktorand u laboratoriju Beth Payne. Radim na modelima mijelodisplastičnih sindroma (MDS) i akutne mijeloične leukemije (AML) u obliku zebrice. Probir lijekova moj je glavni projekt i želio bih izvršiti probir lijekova u hematopoetskim matičnim stanicama u repu ribe zebrice kako bih potražio sintetičku smrtnost.

Kako ste izvršili analizu zebrica prije korištenja softvera Athena?

Aleksandra Lubin:Kad gledam matične stanice u svom pregledu lijekova, pokušavam izmjeriti promjenu u broju stanica u ribi. Da biste to učinili ručno, moraju se prebrojati sve pojedinačne fluorescentne stanice u repu. To znači da svaku ribu morate staviti pod mikroskop, proći kroz nju i prebrojati, što je vrlo dugotrajno. Zato smo počeli tražiti automatizirani pristup.

S kojim se izazovima susrećete kada treba doći do podataka koji su vam potrebni?

Beth Payne:Razvili smo neke metode za probir lijekova, i iako je ribica zebra izvrstan model za to, postizanje pravog protoka bio je izazov. Iako postoji mnogo različitih platformi koje se mogu koristiti, one obično imaju prilagođena rješenja za analizu podataka. To znači da je razvijanje svakog novog zaslona skupo i potrebno je puno vremena da dobijete nešto što odgovara vašoj svrsi.

U kojem trenutku ste se odmaknuli od ručnog snimanja i analize slike i potražili automatizirana rješenja?

Beth Payne:Što se tiče automatiziranog pregleda, rješenje smo vjerojatno tražili zadnjih pet do deset godina. Svakih nekoliko godina ponovno smo razmatrali ovaj izazov kao ključni cilj i pitali se: "Kako ovo možemo učiniti vremenski učinkovitijim?" Snimanje i ručno brojanje stanica potrebni su za ispravnu kvantifikaciju podataka, ali smatrali smo da bi nam puno uštedjelo vrijeme ako bi se moglo automatizirati. Ne samo zbog vremena potrebnog za te korake, već i zbog otvaranja čitavog niza mogućnosti korištenja takve platforme za druge eksperimente.

Koji su najveći izazovi prilikom uzorkovanja ručnim tijek rada?

Aleksandra Lubin:Najveći izazov kod ručne metode je dugotrajnost. Nije osobito teško, ali znači provesti sate i sate pred mikroskopom. Drugi glavni problem s ovim je taj što ne možete postići velike veličine uzorka. Ako želite napraviti nešto poput provjere droga, snaga leži u sposobnosti analize mnogih uzoraka.

Što je ova tehnologija donijela vašem laboratoriju?

Beth Payne:Ono što je pomoglo ovom sustavu je to što ga koristimo za sve indikacije uz probir lijekova. Na primjer, ako imamo transgenski ili čak in situ objekt koji želimo slikati i pogledati s visokim sadržajem detalja, koristimo Atena umjesto da to radite ručno.

Druga sjajna stvar u vezi sa sustavom je to što je fleksibilan i možete ga relativno brzo optimizirati za različitu analizu jer je sustav jednostavan za korištenje. Tvrtka nudi veliku podršku da nam pomogne kada naiđemo na poteškoće.

Rekao bih da nam sveukupno to omogućuje puno bolje pokretanje naših eksperimenata jer umjesto samo 20 embrija možemo koristiti 200 za isto vrijeme obrade. Zapravo, potrebno je znatno manje vremena nego što bi inače. Općenito, nudi veću fleksibilnost u pogledu eksperimenata koje možemo planirati i vrste izvedbe koju možemo dobiti iz izlaznih podataka Atena.

AI-potpomognuta analiza slike svijetlog polja ličinke zebrice za identifikaciju unutarnje anatomije u kombinaciji s detekcijom GFP-označenih hematopoetskih matičnih stanica. Stanice označene GFP-om prisutne samo u repu mogu se selektivno prebrojati. Autor fotografije: IDEA Bio-Medical

Azo: Kada ste počeli raditi na softveru Athena, koliko vam je vremena trebalo da postanete neovisni i produktivni s njim?

Aleksandra Lubin:Kad sam prvi put naišao na njih Atena Softver, bilo je dosta razvoja. To je dalo prostora za mnogo rasprava s IDEA Bio-Medical o tome što želimo od softvera, što bi bilo korisno i istaknuti područja za poboljšanje.

Nakon puštanja u rad, prijelazno razdoblje od prve uporabe softvera do potpune neovisnosti bilo je relativno kratko.

Kako je to u usporedbi s drugim instrumentima koje koristite, na primjer u usporedbi s ručnim mikroskopima?

Aleksandra Lubin:Ovo je bilo jedinstveno iskustvo jer smo imali više kontakta s IDEA Bio-Medical nego inače. Nikada nisam koristio ovakav sustav pa nemam izravnu usporedbu, ali izvrstan je i iznimno praktičan softver.

Koliko vam vremena treba da analizirate sve svoje uzorke ribe i kakvo je to u usporedbi s prošlim vremenima?

Aleksandra Lubin:Ako ove pokuse izvodimo ručno, odjednom možemo pregledati samo stotinjak riba. Međutim, ovo oduzima toliko vremena, ali kad smo počeli, Atena možemo povećati ovaj broj.

Koliko riba pregledavam ovisi o tome koliko se ribe dobro ponašaju, kao i svi s kojima radite Zebrica znat ćeš. Moguće je pregledati stotine (riba) u kratkom vremenskom razdoblju jer je potrebno samo oko 30 minuta između učitavanja ploče i primanja rezultata za oko stotinu riba, dok bi ranije to trajalo cijeli dan.

Što učiniti ako trebate pomoć pri korištenju softvera? Tko vas podržava i kako?

Aleksandra Lubin:Kada trebam pomoć oko softvera, kontaktiram tim tvrtke IDEA Bio-Medical. Bili su od velike pomoći i ponudili su suradnju. Ja im dostavljam slike; Podržavaju nas - radi glatko.

U kojoj ste točki mislili da bi softver Athena bio koristan za vaše istraživanje?

Aleksandra Lubin:Kad sam započeo ovaj pregled lijekova, znali smo da moramo uvesti automatizaciju jer neće biti moguće ručno pregledati tisuće spojeva. Kako smo počeli razmatrati različite metode, postalo je jasno koliko je sustav jednostavan za korištenje i koliko je fleksibilan. Osim toga, privukla nas je činjenica Atena omogućio nam je da se razgranamo i promijenimo prema potrebi.

Gdje dalje vidite svoj rad i njegov učinak?

Beth Payne:Mislim da je to sigurno otvorilo vrata sve većem broju ekrana. Možda sada možemo napraviti ambicioznije vrste pregleda gdje koristimo, na primjer, više od jednog fluorofora ili više od jednog genotipa u isto vrijeme, jer je vrijeme pregleda puno kraće i učinkovitije nego što možete uvesti više varijabli.

O dr. Elspeth Payne

Dr. Elspeth Payne je viši klinički istraživač/klinički savjetnik na Institutu za rak UCL-a. Njezin laboratorij na Institutu za rak UCL-a posvećen je proučavanju nasljednih bolesti zatajenja koštane srži i leukemija, a za modeliranje tih bolesti koristi ribe zebrice. Dr. Payne također je klinički hematolog u bolnici UCL, gdje liječi osobe s krvnim poremećajima poput leukemije i zatajenja koštane srži.

O dr. Aleksandri Lubin

Dr. Lubin je postdoktorandica na Institutu za rak UCL-a, gdje koristi ribicu zebricu za proučavanje mijelodisplastičnog sindroma (MDS) i akutne mijeloične leukemije (AML) za razvoj novih terapijskih tretmana. Prethodno je završila doktorat iz kemijske biologije na Imperial Collegeu u Londonu nakon studija kemije na Sveučilištu u Cambridgeu.

O IDEA Bio-Medical Ltd.

IDEA Bio-Medical tvrtka specijalizirana za automatiziranu mikroskopiju i analizu slika za istraživače znanosti o životu. Osnovan je 2007. kroz partnerstvo između YEDA (ogranak za komercijalizaciju Weizmann instituta) i IDEA Machine Development (inovacijski centar). IDEA-ini proizvodi, sustav za snimanje Hermes i softver za analizu slike Athena, pridonijeli su više od 100 znanstvenih publikacija u recenziranim časopisima i izvršili značajan utjecaj na znanost u cijelom svijetu.

IDEA Bio-Medical trenutačno je usmjerena na osnaživanje istraživača zebrica, pružajući im pouzdano, robusno rješenje za automatiziranu i nepristranu analizu slika zebrica primjenom znanja i stručnosti tvrtke.

U tu svrhu IDEA je razvila novi softver za analizu slike temeljen na dubokom učenju za in vivo eksperimente s ribicama zebrama. Softver automatski detektira konturu zebrice i njezine unutarnje organe u svijetlom polju bez potrebe za korisničkim unosom. Identificirana anatomija povezana je s fluorescentnim kanalima kako bi se omogućilo ispitivanje fluorescentnih promjena specifično za anatomiju. To je cjenovno pristupačan sustav jednostavan za korištenje posebno dizajniran za pouzdanu automatiziranu analizu zebrica temeljenu na slikama.

Softverdostupan je kao samostalan proizvodi prihvaća mikroskopske slike u više formata slika, uključujući vlasnički. Toprikladan je za istraživače koji snimaju i analiziraju samo nekoliko riba tjedno, kao i za istraživače koji snimaju stotine i tisuće riba u pločama s više jažica za prikaze velikih razmjera. IDEA Bio-Medical nudi novi model plaćanja po korištenju za pristup softveru kako bi se omogućio fleksibilan pristup.Stoga svi istraživači koji koriste ručne mikroskope ili automatizirane sustave trećih strana mogu jednostavno koristiti Zfish softver tvrtke IDEA za izdvajanje kvantitativnih, značajnih informacija iz svojih slika zebrica na zahtjev.

Kontaktirajte IDEA Bio-Medical na našoj web stranici Kontakt obrazac a više informacija možete pronaći u softveru za analizu zebrica Stranica proizvoda.

Pravila o sponzoriranom sadržaju:News-Medical.net objavljuje članke i srodne sadržaje koji mogu potjecati iz izvora s kojima imamo postojeće poslovne odnose, pod uvjetom da takav sadržaj dodaje vrijednost temeljnom uređivačkom etosu News-Medical.Neta, a to je educirati i informirati posjetitelje web stranice zainteresirane za medicinska istraživanja, znanost, medicinske uređaje i tretmane.

.