Suche
Mein Konto
Zautomatyzowane badania przesiewowe danio pręgowanego pod kątem odkrycia leku na białaczkę szpikową
Liderzy myśli dr Elspeth Payne i dr Alexandra LubinUCL Cancer Institute W tym wywiadzie NewsMedical rozmawia z Elspeth Payne i Alexandrą Lubin, badaczkami nowotworów z UCL Cancer Institute w Londynie, o tym, jak wykorzystują oprogramowanie analityczne oparte na sztucznej inteligencji do badania białaczek szpikowych w zautomatyzowany i wysokowydajny sposób z wykorzystaniem modeli danio pręgowanego. Atena. To niedrogie rozwiązanie programowe jest dostępne do pobrania na nowatorskiej zasadzie płatności za użycie. Czy mógłbyś przedstawić czym się zajmujesz i krótko opisać swoje badania? Elspeth Payne: Nazywam się Beth Payne i jestem naukowcem klinicznym. Moje laboratorium zajmuje się nowotworami krwi, zwłaszcza nowotworami szpikowymi, a także opiekuję się pacjentami w szpitalu. Stosujemy kombinację…
Zautomatyzowane badania przesiewowe danio pręgowanego pod kątem odkrycia leku na białaczkę szpikową
W tym wywiadzie NewsMedical rozmawia z Elspeth Payne i Alexandrą Lubin, badaczkami nowotworów w Instytucie Raka UCL w Londynie, o tym, jak wykorzystują oprogramowanie analityczne oparte na sztucznej inteligencji do badania białaczek szpikowych w zautomatyzowany i wysokowydajny sposób z wykorzystaniem modeli danio pręgowanego. Atena. To niedrogie rozwiązanie programowe jest dostępne do pobrania na nowatorskiej zasadzie płatności za użycie.
Czy mógłbyś przedstawić czym się zajmujesz i krótko opisać swoje badania?
Elspeth Payne:Nazywam się Beth Payne i jestem naukowcem klinicznym. Moje laboratorium zajmuje się nowotworami krwi, szczególnie nowotworami szpikowymi.opiekuję się także pacjentami w szpitalu. Do badania wykorzystujemy kombinację modelowania danio pręgowanego i badań przesiewowych leków wraz z głównym materiałem pacjentówlepszazrozumieć rozwój białaczki szpikowe i różne sposoby, w jakie możemy je traktować w przyszłości.
Aleksandra Lubin:Nazywam się Aleks Lubin. Jestem pracownikiem naukowym ze stopniem doktora w laboratorium Beth Payne. Pracuję nad modelami danio pręgowanego zespołów mielodysplastycznych (MDS) i ostrej białaczki szpikowej (AML). Moim głównym projektem jest badanie przesiewowe narkotyków i chciałbym przeprowadzić badanie przesiewowe leków w hematopoetycznych komórkach macierzystych ogona danio pręgowanego w poszukiwaniu syntetycznej śmiertelności.
Jak przeprowadziłeś analizę danio pręgowanego przed użyciem oprogramowania Athena?
Aleksandra Lubin:Kiedy w badaniach przesiewowych leków przyglądam się komórkom macierzystym, próbuję zmierzyć zmianę liczby komórek u ryby. Aby to zrobić ręcznie, należy policzyć wszystkie pojedyncze komórki fluorescencyjne w ogonie. Oznacza to, że każdą rybę trzeba umieścić pod mikroskopem, przejrzeć i policzyć, co jest bardzo czasochłonne. Dlatego zaczęliśmy szukać zautomatyzowanego podejścia.
Z jakimi wyzwaniami spotykasz się, jeśli chodzi o zdobycie potrzebnych danych?
Betty Payne:Opracowaliśmy pewne metody badania przesiewowego narkotyków i chociaż danio pręgowany jest do tego doskonałym modelem, uzyskanie odpowiedniej przepustowości okazało się wyzwaniem. Chociaż istnieje wiele różnych platform, z których można korzystać, zazwyczaj mają one dostosowane do indywidualnych potrzeb rozwiązania do analizy danych. Oznacza to, że opracowanie każdego nowego ekranu jest zarówno kosztowne, jak i zajmuje dużo czasu, zanim uzyskasz coś, co będzie działać dla Twoich celów.
W którym momencie odszedłeś od ręcznego obrazowania i analizy obrazu i zacząłeś szukać zautomatyzowanych rozwiązań?
Betty Payne:Jeśli chodzi o automatyczną kontrolę przesiewową, prawdopodobnie szukaliśmy rozwiązania przez ostatnie pięć do dziesięciu lat. Co kilka lat powracaliśmy do tego wyzwania, uznając je za kluczowy cel i zadając sobie pytanie: „Jak możemy zwiększyć efektywność wykorzystania czasu?” Obrazowanie i ręczne liczenie komórek są niezbędne do właściwej kwantyfikacji danych, ale pomyśleliśmy, że zautomatyzowanie tego procesu pozwoliłoby na ogromną oszczędność czasu. Nie tylko ze względu na czas potrzebny na te etapy, ale także na otwarcie całej gamy możliwości wykorzystania takiej platformy do innych eksperymentów.
Jakie są największe wyzwania podczas próbkowania w trybie ręcznym?
Aleksandra Lubin:Największym wyzwaniem związanym z metodą ręczną jest jej czasochłonność. Nie jest to szczególnie trudne, ale wiąże się z koniecznością spędzania wielu godzin przy mikroskopie. Innym głównym problemem jest to, że nie można osiągnąć dużych rozmiarów próbek. Jeśli chcesz zrobić coś w rodzaju badania narkotykowego, siła leży w możliwości analizy wielu próbek.
Co ta technologia wniosła do Twojego laboratorium?
Betty Payne:W przypadku tego systemu pomocne było to, że oprócz badań przesiewowych leków wykorzystujemy go we wszystkich wskazaniach. Na przykład, jeśli mamy obiekt transgeniczny lub nawet obiekt in situ, który chcemy sfotografować i przyjrzeć się mu z dużą szczegółowością, używamy Atena zamiast robić to ręcznie.
Kolejną wspaniałą cechą systemu jest to, że jest elastyczny i można go stosunkowo szybko zoptymalizować pod kątem innego testu, ponieważ system jest przyjazny dla użytkownika. Firma oferuje duże wsparcie, które pomoże nam, gdy napotkamy trudności.
Powiedziałbym, że ogólnie pozwala nam to znacznie lepiej usprawnić nasze eksperymenty, ponieważ zamiast zaledwie 20 zarodków możemy użyć 200 w tym samym czasie przetwarzania. W rzeczywistości zajmuje to znacznie mniej czasu niż w innym przypadku. Ogólnie rzecz biorąc, zapewnia większą elastyczność w zakresie eksperymentów, które możemy zaplanować i rodzaju wydajności, jaką możemy uzyskać z danych wyjściowych Atena.
Wspomagana sztuczną inteligencją analiza obrazu w jasnym polu larwy danio pręgowanego w celu identyfikacji anatomii wewnętrznej w połączeniu z wykrywaniem hematopoetycznych komórek macierzystych znakowanych GFP. Komórki znakowane GFP obecne tylko w ogonie można policzyć selektywnie. Źródło zdjęcia: IDEA Bio-Medical
Azo: Kiedy zacząłeś pracować nad oprogramowaniem Athena, ile czasu zajęło ci osiągnięcie niezależności i produktywności dzięki niemu?
Aleksandra Lubin:Kiedy po raz pierwszy na nie trafiłem Atena Oprogramowanie, działo się dużo. Dało to miejsce na wiele dyskusji z IDEA Bio-Medical na temat tego, czego oczekujemy od oprogramowania, co byłoby przydatne i wskazało obszary wymagające poprawy.
Po uruchomieniu okres przejściowy od pierwszego użycia oprogramowania do całkowitej niezależności był stosunkowo krótki.
Jak to się ma do innych instrumentów, których używasz, na przykład do mikroskopów ręcznych?
Aleksandra Lubin:Było to wyjątkowe doświadczenie, ponieważ mieliśmy większy kontakt z IDEA Bio-Medical niż zwykle. Nigdy nie korzystałem z innego takiego systemu, więc nie mam bezpośredniego porównania, ale jest to doskonałe i niezwykle praktyczne oprogramowanie.
Ile czasu zajmuje Ci analiza wszystkich próbek ryb i jak to się ma do poprzednich czasów?
Aleksandra Lubin:Jeśli przeprowadzimy te eksperymenty ręcznie, będziemy w stanie zbadać jednocześnie tylko około stu ryb. Jednak zajmuje to dużo czasu, ale kiedy już zaczęliśmy, Atena możemy zwiększyć tę liczbę.
To, ile ryb przeszukam, zależy od tego, jak dobrze zachowują się ryby, jak u wszystkich osób, z którymi współpracujesz Danio pręgowany będziesz wiedział. Możliwe jest przesiewanie setek (ryb) w krótkim czasie, ponieważ pomiędzy załadowaniem płytki a otrzymaniem wyników dla około stu ryb zajmuje tylko około 30 minut, podczas gdy wcześniej zajmowało to cały dzień.
Co zrobić, jeśli potrzebujesz pomocy w korzystaniu z oprogramowania? Kto Cię wspiera i w jaki sposób?
Aleksandra Lubin:Kiedy potrzebuję pomocy dotyczącej oprogramowania, kontaktuję się z zespołem IDEA Bio-Medical. Okazali się naprawdę pomocni i zaoferowali współpracę partnerską. Dostarczam im zdjęcia; Wspierają nas – wszystko działa sprawnie.
W którym momencie pomyślałeś, że oprogramowanie Athena będzie przydatne w Twoich badaniach?
Aleksandra Lubin:Kiedy rozpoczynałem badania przesiewowe leków, wiedzieliśmy, że musimy wprowadzić automatyzację, ponieważ ręczne sprawdzanie tysięcy związków nie byłoby możliwe. Gdy zaczęliśmy przyglądać się różnym metodom, stało się jasne, jak łatwy w obsłudze i elastyczny był system. Poza tym zaintrygował nas fakt Atena pozwoliło nam na rozgałęzienie i zmianę go w razie potrzeby.
Gdzie widzisz swoją następną pracę i jej wpływ?
Betty Payne:Myślę, że z pewnością otworzyło to drzwi do coraz większej liczby ekranów. Być może teraz uda nam się zrobić bardziej ambitne typy przesiewów, w których używamy na przykład więcej niż jednego fluoroforu lub więcej niż jednego genotypu w tym samym czasie, ponieważ czas przesiewania jest o wiele krótszy i wydajniejszy, niż można wprowadzić więcej zmiennych.
O doktor Elspeth Payne
Dr Elspeth Payne jest starszym badaczem klinicznym/konsultantem klinicznym w Instytucie Raka UCL. Jej laboratorium w Instytucie Raka UCL zajmuje się badaniem dziedzicznych chorób szpiku kostnego i białaczek, a do modelowania tych chorób wykorzystuje danio pręgowanego. Doktor Payne jest także hematologiem klinicznym w szpitalu UCL, gdzie leczy osoby z chorobami krwi, takimi jak białaczka i niewydolność szpiku kostnego.
![]()
O dr Aleksandrze Lubin
Dr Lubin jest badaczką ze stopniem doktora w Instytucie Raka UCL, gdzie wykorzystuje danio pręgowanego do badania zespołu mielodysplastycznego (MDS) i ostrej białaczki szpikowej (AML) w celu opracowania nowych terapii terapeutycznych. Wcześniej obroniła doktorat z biologii chemicznej w Imperial College w Londynie, po studiach z chemii na Uniwersytecie w Cambridge.
O IDEA Bio-Medical Sp.
IDEA Bio-Medical koncentruje się obecnie na wzmacnianiu pozycji badaczy danio pręgowanego, zapewniając im niezawodne, solidne rozwiązanie do zautomatyzowanej i bezstronnej analizy obrazu danio pręgowanego, wykorzystując wiedzę i doświadczenie firmy.
W tym celu w ramach projektu IDEA opracowano nowatorskie oprogramowanie do analizy obrazu oparte na głębokim uczeniu się na potrzeby eksperymentów z danio pręgowanym in vivo. Oprogramowanie automatycznie wykrywa kontur danio pręgowanego i jego narządów wewnętrznych w jasnym polu, bez konieczności interwencji użytkownika. Zidentyfikowana anatomia jest połączona z kanałami fluorescencji, aby umożliwić specyficzne dla anatomii badanie zmian fluorescencji. Jest to niedrogi, przyjazny dla użytkownika system zaprojektowany specjalnie do niezawodnej, zautomatyzowanej analizy danio pręgowanego opartej na obrazach.
Oprogramowaniejest dostępny jako samodzielny produkti akceptuje obrazy mikroskopowe w wielu formatach obrazów, w tym zastrzeżonych. Tojest odpowiedni dla badaczy obrazujących i analizujących zaledwie kilka ryb tygodniowo, a także badaczy obrazujących setki i tysiące ryb na płytkach wielodołkowych w celu wyświetlania na dużą skalę. IDEA Bio-Medical oferuje nowatorski model dostępu do oprogramowania w trybie płatności za użycie, umożliwiający elastyczny dostęp.Dlatego też każdy badacz korzystający z mikroskopów ręcznych lub zautomatyzowanych systemów innych firm może z łatwością skorzystać z oprogramowania Zfish firmy IDEA, aby na żądanie wyodrębnić ilościowe i istotne informacje ze zdjęć danio pręgowanego.
Skontaktuj się z IDEA Bio-Medical na naszej stronie internetowej Formularz kontaktowy więcej informacji można znaleźć w oprogramowaniu do analizy danio pręgowanego Strona produktu.
Polityka treści sponsorowanych:News-Medical.net publikuje artykuły i powiązane treści, które mogą pochodzić ze źródeł, z którymi współpracujemy, pod warunkiem, że treści te wnoszą wartość dodaną do podstawowego etosu redakcyjnego News-Medical.Net, jakim jest edukacja i informowanie odwiedzających witrynę zainteresowanych badaniami medycznymi, nauką, wyrobami medycznymi i leczeniem.
.