Avtomatsko presejanje rib cebric za odkrivanje zdravil za mieloično levkemijo

Avtomatsko presejanje rib cebric za odkrivanje zdravil za mieloično levkemijo

Miselni vodjaDr. Elspeth Payne in dr. Alexandra LubinInštitut za raka UCL

V tem intervjuju se NewsMedical pogovarja z Elspeth Payne in Alexandro Lubin, raziskovalkama raka na Inštitutu za raka UCL v Londonu, o tem, kako uporabljajo programsko opremo za analizo, ki jo poganja AI, za preučevanje mieloične levkemije na avtomatiziran, visoko zmogljiv način z uporabo modelov cebric. Atena. Ta cenovno dostopna programska rešitev je na voljo za prenos po novem principu plačila po uporabi.

Ali lahko predstavite, s čim se ukvarjate, in na kratko opišete svoje raziskave?

Elspeth Payne:Moje ime je Beth Payne in sem klinična znanstvenica. Moj laboratorij se ukvarja s krvnimi raki, zlasti z mieloidnimi malignostmi,pa tudi skrbim za bolnike v bolnišnici. Uporabljamo kombinacijo modeliranja zebrice in presejanja zdravil poleg primarnega materiala pacientov za preučevanje inboljšerazumeti razvoj mieloične levkemije in različne načine, kako bi jih lahko obravnavali v prihodnosti.

Aleksandra Lubin:Moje ime je Alex Lubin. Sem podoktorski raziskovalec v laboratoriju Beth Payne. Delam na modelih mielodisplastičnih sindromov (MDS) in akutne mieloične levkemije (AML) v obliki ribic cebric. Pregledovanje zdravil je moj glavni projekt in rad bi opravil pregledovanje zdravil v hematopoetskih izvornih celicah v repu cebrice, da bi iskal sintetično smrtnost.

Kako ste pred uporabo programske opreme Athena izvedli analizo rib cebric?

Aleksandra Lubin:Ko gledam izvorne celice pri pregledu zdravil, poskušam izmeriti spremembo števila celic pri ribah. Če želite to narediti ročno, je treba prešteti vse posamezne fluorescentne celice v repu. To pomeni, da morate vsako ribo dati pod mikroskop, iti skozi njo in jo prešteti, kar je zelo zamudno. Zato smo začeli iskati avtomatiziran pristop.

S kakšnimi izzivi se srečujete, ko gre za pridobivanje podatkov, ki jih potrebujete?

Beth Payne:Razvili smo nekaj metod za presejanje zdravil, in čeprav je cebrica odličen model za to, je bilo doseganje pravega pretoka izziv. Čeprav obstaja veliko različnih platform, ki jih je mogoče uporabiti, imajo običajno prilagojene rešitve za analizo podatkov. To pomeni, da je razvoj vsakega novega zaslona drag in traja dolgo, da dobite nekaj, kar deluje za vaš namen.

Kdaj ste se odmaknili od ročnega slikanja in analize slik ter iskali avtomatizirane rešitve?

Beth Payne:Kar se tiče avtomatiziranega presejanja, verjetno že zadnjih pet do deset let iščemo rešitev. Vsakih nekaj let smo ponovno obravnavali ta izziv kot ključni cilj in se vprašali: "Kako lahko naredimo to časovno učinkovitejše?" Slikanje in ročno štetje celic sta potrebna za pravilno kvantifikacijo podatkov, vendar smo mislili, da bi bilo veliko prihranka časa, če bi bilo mogoče avtomatizirati. Ne le zaradi časa, ki je potreben za te korake, ampak tudi zato, da se odpre celo vrsto možnosti za uporabo takšne platforme za druge poskuse.

Kateri so največji izzivi pri vzorčenju z ročnim potekom dela?

Aleksandra Lubin:Največji izziv ročne metode je, da je zamudna. Ni posebej težko, vendar pomeni preživeti ure in ure za mikroskopom. Druga glavna težava pri tem je, da ne morete doseči velikih velikosti vzorcev. Če želite narediti nekaj podobnega pregledu drog, je moč v zmožnosti analize številnih vzorcev.

Kaj je ta tehnologija prinesla vašemu laboratoriju?

Beth Payne:Pri tem sistemu je bilo v pomoč to, da ga uporabljamo za vse indikacije poleg presejanja zdravil. Na primer, če imamo transgeni ali celo in situ objekt, ki ga želimo slikati in si ga ogledati z visoko vsebino podrobnosti, uporabimo Atena namesto da bi to naredili ročno.

Druga odlična stvar pri sistemu je, da je prilagodljiv in da ga lahko razmeroma hitro optimizirate za drugačno analizo, ker je sistem uporabniku prijazen. Podjetje ponuja veliko podpore, ki nam pomaga, ko naletimo na težave.

Rekel bi, da nam na splošno omogoča veliko boljše delovanje naših poskusov, saj lahko namesto samo 20 zarodkov uporabimo 200 za isti čas obdelave. Pravzaprav traja bistveno manj časa, kot bi ga sicer. Na splošno ponuja večjo prilagodljivost v smislu poskusov, ki jih lahko načrtujemo, in vrste uspešnosti, ki jo lahko dosežemo z izhodnimi podatki Atena.

Z umetno inteligenco podprta analiza slike svetlega polja ličinke cebrice za identifikacijo notranje anatomije v kombinaciji z odkrivanjem z GFP označenih hematopoetskih izvornih celic. Celice, označene z GFP, ki so prisotne samo v repu, je mogoče selektivno prešteti. Avtor fotografije: IDEA Bio-Medical

Azo: Ko ste začeli delati na programski opremi Athena, koliko časa ste potrebovali, da ste z njo postali neodvisni in produktivni?

Aleksandra Lubin:Ko sem prvič naletel nanje Atena Programska oprema, veliko se je razvijalo. To je omogočilo veliko razprav z IDEA Bio-Medical o tem, kaj želimo od programske opreme, kaj bi bilo koristno in izpostaviti področja za izboljšave.

Po zagonu je bilo prehodno obdobje od prve uporabe programske opreme do popolne neodvisnosti relativno kratko.

Kakšno je to v primerjavi z drugimi instrumenti, ki jih uporabljate, na primer v primerjavi z ročnimi mikroskopi?

Aleksandra Lubin:To je bila edinstvena izkušnja, saj smo imeli več stika z IDEA Bio-Medical kot običajno. Nikoli nisem uporabljal drugega takega sistema, zato nimam neposredne primerjave, vendar je odlična in izjemno praktična programska oprema.

Koliko časa potrebujete za analizo vseh vzorcev rib in kako je to v primerjavi s prejšnjimi časi?

Aleksandra Lubin:Če te poskuse izvajamo ročno, lahko preučujemo le približno sto rib naenkrat. Vendar to vzame toliko časa, ko pa začnemo, Atena to število lahko povečamo.

Koliko rib pregledam, je odvisno od tega, kako dobro se obnašajo ribe, kot vse, s katerimi delate cebrica boš vedel. V kratkem času je mogoče pregledati na stotine (rib), saj traja le približno 30 minut med nalaganjem plošče in prejemom rezultatov za približno sto rib, medtem ko bi prej to trajalo cel dan.

Kaj storite, če potrebujete pomoč pri uporabi programske opreme? Kdo vas podpira in kako?

Aleksandra Lubin:Ko potrebujem pomoč pri programski opremi, se obrnem na ekipo IDEA Bio-Medical. Res so bili v pomoč in ponujajo partnersko sodelovanje. Priskrbim jim slike; Podpirajo nas – deluje gladko.

Na kateri točki ste mislili, da bo programska oprema Athena koristna za vaše raziskave?

Aleksandra Lubin:Ko sem začel s tem pregledom zdravil, smo vedeli, da moramo uvesti avtomatizacijo, ker ne bo mogoče ročno pregledati na tisoče spojin. Ko smo začeli preučevati različne metode, je postalo jasno, kako enostaven je sistem za uporabo in kako prilagodljiv je. Poleg tega nas je pritegnilo dejstvo Atena omogočilo, da smo se razvejali in ga po potrebi spremenili.

Kje vidite svoje delo in njegov učinek?

Beth Payne:Mislim, da je zagotovo odprla vrata vse več zaslonom. Morda lahko zdaj naredimo bolj ambiciozne vrste zaslonov, kjer na primer uporabljamo več kot en fluorofor ali več kot en genotip hkrati, ker je čas presejanja toliko krajši in učinkovitejši, kot lahko uvedete več spremenljivk.

O dr. Elspeth Payne

Dr. Elspeth Payne je višja klinična raziskovalka/klinična svetovalka na Inštitutu za raka UCL. Njen laboratorij na Inštitutu za raka UCL je posvečen preučevanju dednih bolezni odpovedi kostnega mozga in levkemije ter uporablja ribe cebrice za modeliranje teh bolezni. Dr. Payne je tudi klinična hematologinja v bolnišnici UCL, kjer zdravi ljudi s krvnimi boleznimi, kot sta levkemija in odpoved kostnega mozga.

O dr. Aleksandri Lubin

Dr. Lubin je podoktorska raziskovalka na Inštitutu za raka UCL, kjer uporablja ribe cebrice za preučevanje mielodisplastičnega sindroma (MDS) in akutne mieloične levkemije (AML) za razvoj novih terapevtskih zdravljenj. Pred tem je doktorirala iz kemijske biologije na Imperial College London po študiju kemije na Univerzi v Cambridgeu.

O IDEA Bio-Medical Ltd.

IDEA Bio-Medical podjetje, specializirano za avtomatsko mikroskopijo in analizo slik za raziskovalce znanosti o življenju. Ustanovljeno je bilo leta 2007 s partnerstvom med YEDA (komercializacijska veja Weizmannovega inštituta) in IDEA Machine Development (inovacijski center). Izdelka IDEA, slikovni sistem Hermes in programska oprema za analizo slik Athena, sta prispevala k več kot 100 znanstvenim publikacijam v recenziranih revijah in pomembno vplivala na znanost po vsem svetu.

IDEA Bio-Medical je trenutno osredotočena na opolnomočenje raziskovalcev cebric, ki jim zagotavlja zanesljivo, robustno rešitev za avtomatizirano in nepristransko analizo slik cebric z uporabo znanja in strokovnega znanja podjetja.

V ta namen je IDEA razvila novo programsko opremo za analizo slik, ki temelji na globokem učenju, za poskuse in vivo z ribicami cebricami. Programska oprema samodejno zazna konturo ribe cebrice in njene notranje organe v svetlem polju, ne da bi zahteval vnos uporabnika. Ugotovljena anatomija je povezana s fluorescenčnimi kanali, da se omogoči anatomsko specifičen pregled fluorescenčnih sprememb. Je cenovno ugoden, uporabniku prijazen sistem, posebej zasnovan za zanesljivo, avtomatizirano slikovno analizo rib cebric.

Programska opremaje na voljo kot samostojen izdelekin sprejema mikroskopske slike v več slikovnih formatih, vključno z lastniškimi. Toje primeren za raziskovalce, ki slikajo in analizirajo le peščico rib na teden, pa tudi za raziskovalce, ki slikajo na stotine in tisoče rib v ploščah z več jamicami za velike prikaze. IDEA Bio-Medical ponuja nov model plačila po uporabi za dostop do programske opreme, ki omogoča prilagodljiv dostop.Zato lahko vsi raziskovalci, ki uporabljajo ročne mikroskope ali avtomatizirane sisteme tretjih oseb, zlahka uporabijo programsko opremo IDEA Zfish za pridobivanje kvantitativnih in pomembnih informacij iz svojih slik cebric na zahtevo.

Kontaktirajte IDEA Bio-Medical na naši spletni strani Kontaktni obrazec in več informacij lahko najdete v programski opremi za analizo ribe cebrice Stran izdelka.

Pravilnik o sponzorirani vsebini:News-Medical.net objavlja članke in sorodno vsebino, ki lahko izvira iz virov, s katerimi imamo obstoječe poslovne odnose, pod pogojem, da takšna vsebina dodaja vrednost osrednjemu uredniškemu etosu News-Medical.Net, ki je izobraževanje in obveščanje obiskovalcev spletnega mesta, ki jih zanimajo medicinske raziskave, znanost, medicinski pripomočki in zdravljenja.

.