Une réponse de santé publique est nécessaire car les réservoirs environnementaux favorisent les infections pharmacorésistantes

Une réponse de santé publique est nécessaire car les réservoirs environnementaux favorisent les infections pharmacorésistantes

La résistance aux antimicrobiens présents dans l’environnement transforme les rivières, les sols et même l’air en voies de transport cachées pour les « superbactéries », selon une nouvelle étude qui appelle à une action urgente et coordonnée pour la santé humaine, animale et environnementale. Les auteurs soutiennent que la protection des personnes contre les infections résistantes aux médicaments dépend désormais autant des usines de traitement des eaux usées et des fermes que des hôpitaux.

Une crise écologique croissante des « superbactéries »

La résistance aux antibiotiques (RAM) survient lorsque des bactéries et d’autres microbes développent la capacité de survivre à des médicaments qui les tuaient autrefois, ce qui rend difficile, voire impossible, le traitement des infections courantes. L’Organisation mondiale de la santé considère déjà la RAM comme l’une des menaces sanitaires mondiales les plus graves de ce siècle. Certaines estimations mettent en garde contre des dizaines de millions de morts et des pertes économiques massives si les mesures échouent.​

La nouvelle étude montre que l’environnement n’est pas seulement une toile de fond passive. Les rivières, les lacs, les sols, les océans et même l’air peuvent transporter des gènes de résistance et des bactéries résistantes qui se déplacent entre la faune sauvage, le bétail et les humains, contribuant ainsi à créer un véritable réseau mondial de RAM.​

Sources importantes et réservoirs cachés

L’étude met en évidence plusieurs « points chauds » environnementaux majeurs où la résistance se construit et se propage.​

• Les stations d’épuration des hôpitaux et des villes font office de centres de mélange centraux, collectant les résidus d’antibiotiques, les agents pathogènes résistants et les éléments génétiques mobiles des ménages et des cliniques. Le traitement conventionnel ne parvient souvent pas à éliminer complètement ces polluants, de sorte que les gènes de résistance restent dans les eaux usées et les boues d'épuration.​

• Les élevages et les systèmes aquacoles utilisent de grandes quantités d’antibiotiques et accumulent des gènes de résistance dans les microbes intestinaux et le fumier des animaux, qui s’infiltrent ensuite dans le sol, les cultures et les eaux environnantes.​

• Les installations de production pharmaceutique peuvent émettre des niveaux extrêmement élevés d’antibiotiques et de gènes de résistance, augmentant ainsi le risque de propagation de traits de résistance dangereux.​

Sur ces sites, les gènes de résistance peuvent faire du stop vers des éléments génétiques mobiles tels que les plasmides, ce qui permet aux bactéries d'« échanger » plus facilement les traits de résistance et de créer des souches multirésistantes.​

Pourquoi la surveillance traditionnelle ne suffit pas

La majorité de la surveillance de la RAM se concentre toujours sur les échantillons cliniques, mais les auteurs affirment qu'il y a un certain rattrapage à faire en matière de surveillance environnementale. Les tests classiques basés sur la culture restent importants car ils mesurent si les bactéries survivent réellement aux antibiotiques et fournissent des isolats vivants pour une étude plus approfondie. Cependant, de nombreuses bactéries environnementales ne peuvent pas être facilement cultivées en laboratoire, et ces méthodes peuvent passer à côté de la plupart des résistances existantes.​

Les outils les plus récents changent rapidement la donne :

• Les méthodes phénotypiques telles que la cytométrie en flux et la spectroscopie Raman peuvent suivre les cellules résistantes et le transfert de gènes dans des échantillons complexes en quelques heures sans avoir besoin de culture.​

• Les méthodes génotypiques telles que la PCR quantitative à haut débit, les tests basés sur CRISPR et le séquençage métagénomique peuvent détecter simultanément des centaines de gènes de résistance et identifier les bactéries qui les portent.​

• Grâce au séquençage à lecture longue, les chercheurs peuvent désormais reconstruire des éléments génétiques mobiles entiers et voir exactement comment les gènes de résistance sont organisés et se déplacent entre les hôtes.​

Le message est clair. Aucune méthode ne peut à elle seule capturer toute l’histoire de la résilience environnementale. Ce dont nous avons besoin, c’est d’une surveillance intégrée qui relie ce que les bactéries peuvent faire, quels gènes elles transportent et où elles se propagent.

Huilin Zhang, auteur principal

Une seule santé et un contrôle plus intelligent des dégâts

L’examen s’inscrit dans le concept One Health, qui souligne que la santé humaine, animale et environnementale sont étroitement liées. Les auteurs proposent de lutter contre la RAM sur deux fronts : le contrôle à la source pour réduire la quantité d'antibiotiques, de bactéries résistantes et de gènes de résistance pénétrant dans l'environnement, et le contrôle des processus pour les intercepter le long de voies clés telles que le traitement des eaux usées.​

Les mesures de contrôle à la source comprennent une utilisation plus stricte des antibiotiques en médecine et en agriculture, une meilleure réglementation dans les régions à revenus faibles et intermédiaires et une production plus propre dans l’industrie pharmaceutique. Les auteurs mettent également en avant de nouvelles solutions « vertes », telles qu’une biodégradation améliorée des antibiotiques, le développement de médicaments plus biodégradables et des antimicrobiens alternatifs tels que les peptides et les phages.​

Du côté des processus, l’amélioration du traitement des eaux usées et de la gestion des déchets est cruciale. La désinfection conventionnelle peut réduire de nombreuses bactéries résistantes, mais peut permettre que les gènes de résistance restent intacts, en particulier dans les flux de déchets solides. Des approches plus avancées telles que le compostage hyperthermophile, l'oxydation avancée, les processus membranaires, les nanomatériaux, les traitements à base de bactériophages, les bactéries génétiquement modifiées capturant l'ADN et les outils basés sur CRISPR sont prometteuses mais nécessitent des recherches plus approfondies, une évaluation de la sécurité et une réduction des coûts.​

Focus sur la résistance la plus risquée

Plutôt que de simplement compter le nombre de gènes de résistance présents, les auteurs soutiennent que la surveillance et les politiques devraient donner la priorité aux caractères qui augmentent réellement les risques pour la santé. Trois se démarquent :​

• Mobilité : avec quelle facilité les gènes se déplacent-ils entre les bactéries et les environnements ?

• Pathogénicité de l'hôte : si les hôtes bactériens sont capables de provoquer des maladies chez les humains ou les animaux.​

• Multi-résistance : si les gènes et leurs hôtes résistent à plusieurs antibiotiques importants, limitant les options de traitement.​

"La résistance environnementale aux antibiotiques ne dépend pas seulement du nombre de gènes de résistance que nous pouvons trouver", a déclaré l'auteur correspondant Feng Ju. "Ce qui compte le plus, c'est de savoir quels gènes sont mobiles, quels agents pathogènes les transportent et comment ils évoluent dans les écosystèmes réels. C'est là que la surveillance doit se concentrer et que le confinement aura le plus grand impact."​

Les auteurs réclament des protocoles mondiaux et standardisés qui rendent les données environnementales sur la RAM comparables d’un pays à l’autre et au fil du temps. Sans de telles normes, préviennent-ils, le monde aura du mal à identifier suffisamment tôt les menaces émergentes et à développer des mesures One Health efficaces qui protègent à la fois les individus et la planète.​

Sources :