DNA-sequencing van hele tumoren wordt standaard voor kinderen met kanker

DNA-sequencing van hele tumoren wordt standaard voor kinderen met kanker

Volledige DNA-uitlezingen van kankerkankers bij de diagnose zijn bij Europeanen als standaardzorg geïmplementeerd. Door de kankersoort van een kind zo nauwkeurig mogelijk vast te stellen, wil het Prinses Máxima Centrum voor Kinderoncologie ieder individueel kind de behandeling bieden die voor hem of haar het meest waarschijnlijk werkt.

Om de exacte vorm van kinderkanker vast te stellen, wordt bij diagnose het DNA in de tumorcellen van kinderen geanalyseerd. Sinds mei is het Prinses Máxima Centrum als zorg begonnen met het analyseren van al het tumor-DNA van de kinderen, met behulp van een technologie genaamd Gym's genome sequencing.

Het Máxima Centrum heeft de overstap gemaakt omdat sequencing van het hele genoom veelomvattender is dan de traditionele techniek, waarbij alleen het eiwitcoderende deel van DNA wordt geanalyseerd, dat ongeveer 2% van het volledige DNA uitmaakt. Deze stap verbetert niet alleen de diagnostiek, maar levert ook waardevolle gegevens op voor de ontwikkeling van nieuwe behandelingen en onderzoek naar de ontwikkeling van kinderkanker.

Dr. Bastiaan Tops, hoofd van het Laboratorium Kinderkankerpathologie van het Prinses Máxima Centrum voor Kinderoncologie: 'Door het volledige DNA te analyseren, kunnen we nu eventuele genetische veranderingen in de tumorcel blootleggen. Deze schakelaar geeft een completer beeld van de kanker van een kind. Deze aanpak maakt toepassingen mogelijk zoals farmacogenomica, waarbij we behandelingen kunnen aanbieden op basis van het genetische profiel van een kind. Het stelt ons ook in staat de tumorprogressie tijdens de behandeling op moleculair niveau nauwkeuriger te volgen. '

Farmacogenomica

Bij Whole Genome Sequencing wordt niet alleen gekeken naar het DNA van de tumorcellen, maar ook naar het zogenaamde kiembaan-DNA in de gezonde cellen van een kind. Dit maakt farmacogenomische analyses mogelijk die helpen bij het leveren van precisiegeneeskundige behandelingen op basis van het erfelijke genetische profiel van het kind.

Dr. Meta Diekstra Postdoctoraal onderzoeker bij de Huitema groep en ziekenhuisapotheker bij het Prinses Máxima Centrum voor Kinderoncologie leidt de klinische implementatie van farmacogenetisch onderzoek met steun van de Stichting Prinses Máxima Centrum.

Een belangrijk voordeel van het gebruik van volledige genoomsequencing bij de diagnose is dat we de gegevens kunnen hergebruiken voor farmacogenomische analyse. Met speciale software kunnen we de gegevens snel en betrouwbaar scannen op genetische varianten die de reactie van een kind op verschillende medicijnen beïnvloeden, zowel wat betreft bijwerkingen als effectiviteit. Hierdoor kunnen we de behandeling nauwkeuriger afstemmen, van het aanpassen van de dosis tot het kiezen van een ander medicijn dat beter aansluit bij het genetische profiel van een kind. “

Dr. Meta Diekstra Postdoctoraal onderzoeker in de Huitema groep en ziekenhuisapotheker bij het Prinses Máxima Centrum voor Kinderoncologie

Onderzoeksdata en infrastructuur

Analyse van compleet tumor-DNA bij diagnose biedt wetenschappers ook nieuwe inzichten in genetisch overgeërfde vormen van kinderkanker en nieuwe aanknopingspunten voor onderzoek naar immunotherapie.

Dr. Patrick Kemmeren, onderzoeksgroepleider en hoofd van de Big Data Core:'De implementatie van Whole Genome Sequencing bij de diagnose zou niet mogelijk zijn geweest zonder de nauwe samenwerking tussen onze biologiegroep en onze diagnostische collega's. Samen hebben we een unieke data-infrastructuur ontwikkeld die tussen afdelingen wordt gedeeld, waardoor genetische informatie over de tumor van een kind niet alleen sneller beschikbaar is voor onderzoek, maar ook dat we innovaties snel kunnen vertalen naar de kliniek.“

De wetenschappers zijn ook van plan om geanonimiseerde gegevens over de sequentie van het hele genoom te delen met andere onderzoeksinstellingen die zich bezighouden met kinderkanker. Kemmeren benadrukt het belang hiervan:“Kinderkanker is zeldzaam, en naast het bestuderen van de gegevens zelf hopen we dat we door het delen van deze gegevens de ontwikkeling van nieuwe behandelingen zullen versnellen en een beter inzicht zullen krijgen in de ontwikkeling van kinderkanker.”

Bronnen: