RNAConnect bringt das UltraMarathonRT Direct RNA-Seq Kit auf den Markt, um die nanoporenbasierte native RNA-Sequenzierung voranzutreiben

RNAConnect bringt das UltraMarathonRT Direct RNA-Seq Kit auf den Markt, um die nanoporenbasierte native RNA-Sequenzierung voranzutreiben

RNAConnect, ein Life-Science-Unternehmen, das Werkzeuge der nächsten Generation für die RNA-Community bereitstellt, gab heute die kommerzielle Verfügbarkeit des UltraMarathonRT® Direct RNA-Seq (uMRT DRS) Kits bekannt, einer nativen RNA-Bibliotheksvorbereitungslösung für die direkte RNA-Sequenzierung von Oxford Nanopore Technologies® (SQK-RNA004). Das Kit ermöglicht den Nachweis von mehr Genen, mehr Isoformen und längeren Transkripten als bestehende Protokolle. Es verwendet einen sanften Stabilisierungsschritt der reversen Transkription (RT) bei 30 °C und eine ultraprozessive Enzymleistung, um die RNA-Integrität zu bewahren, die Darstellung langer Transkripte zu erweitern und endogene RNA-Modifikationssignale im direkten ONT-Workflow aufrechtzuerhalten.

Direct RNA-Seq erfordert einen ersten Schritt der umgekehrten Transkription, um Sekundärstrukturen zu glätten und die RNA zu stabilisieren, die dann direkt durch die Nanopore gezogen und abgelesen wird. Das direkte Lesen des RNA-Strangs auf diese Weise ermöglicht strangspezifische, isoformaufgelöste Messungen neben Basenmodifikationsinformationen. Das UltraMarathonRT Direct RNA-Seq Kit rationalisiert diesen Arbeitsablauf mit optimierten Reagenzien für die aktuelle ONT RNA004-Chemie und einem RT-Schritt bei niedriger Temperatur, der sicherstellt, dass mehr von jeder RNA-Probe sequenziert wird.

Leistungshighlights des UltraMarathonRT Direct RNA-Seq Kits:

Im Vergleich zum bestehenden empfohlenen Protokoll führen die neuartige Chemie und die niedrigere RT-Temperatur (30 °C) dieses Kits zu Folgendem:

• 25–50 % höhere cDNA-Ausbeute
• 5-10 % längere Leselängen, mit sehr großen Unterschieden bei Transkripten >2 kb
• 1-2 % mehr Gene entdeckt
• 15–20 % mehr neuartige Transkripte (NIC & NNIC) erkannt
• 25–30 % mehr Intron-Retention-Ereignisse erkannt
• Äquivalente Mapping-Raten und Q-Scores

Wir haben uns die vorhandenen direkten RNA-Seq-Protokolle genau angesehen und Orte entdeckt, an denen das umfassende Wissen unseres Unternehmens über RNA in Kombination mit den einzigartigen Eigenschaften von UltraMarathonRT die Leistung langer RNA-Reads steigern könnte. RNAConnect freut sich, dieses benutzerfreundliche Kit und diesen Arbeitsablauf vorzustellen, um neue Entdeckungen aus unserer lebendigen RNA-Wissenschaftsgemeinschaft zu ermöglichen.“

Dr. Jason Underwood, Vizepräsident für Technologieentwicklung, RNAConnect

„Long-Read-Sequenzierungstechnologien haben die erstaunliche Fähigkeit, auf die gesamte Spanne von Transkripten zuzugreifen, die Kilobasen oder mehr lang sein können“, fügte Dr. Paul Boutz hinzu, Assistenzprofessor an der University of Rochester School of Medicine and Dentistry, der Betatester des uMRT DRS Kit war. „Leider ist dies bei den meisten Reverse-Transkriptasen nicht der Fall. Das hat unsere Fähigkeit, das gesamte Spektrum des alternativen Spleißens in Transkripten zu sehen, erheblich beeinträchtigt. Daher war die Entdeckung von UltraMarathonRT ein Wendepunkt. Das neue uMRT-DRS-Kit lässt sich nahtlos in das direkte ONT-RNA-Sequenzierungsprotokoll integrieren und liefert uns fantastische Ergebnisse. Wir werden es auf jeden Fall künftig für unsere direkte RNA-Sequenzierung verwenden.“

Quellen: