Analyse af abekoppevirusgenomerne tyder på, at det spredes tidligt og kryptisk

Analyse af abekoppevirusgenomerne tyder på, at det spredes tidligt og kryptisk

En ny undersøgelse offentliggjort på preprint-serveren bioRxiv* rapporterer identifikation af en gruppe af abekoppevirus A.2-genomer fra tre lande, der adskiller sig fra den meget større B.1-slægt, der er ansvarlig for det aktuelle udbrud. Disse observationer tyder på, at A.2-monkeypox-tilfælde ikke er en del af det nuværende globale abekoppevirusudbrud i 2022 og i stedet forekom via en anden transmissionskæde.

Lære: En klar fylogenetisk klynge af abekopper-genomer tyder på en tidlig og kryptisk spredning af virussen.Fotokredit: joshimerbin / Shutterstock.com

indledning

Indtil for nylig var abekoppevirus endemisk i flere centralafrikanske lande og forårsagede typisk enkelte eller multiple vesikulære læsioner, der ofte forsvandt spontant. Infektion med abekoppevirus har tidligere været forbundet med kontakt med vilde dyr eller med inficerede symptomatiske individer.

Siden begyndelsen af ​​maj 2022 er abekoppevirus blevet identificeret i flere ikke-endemiske regioner i verden. Disse patienter rapporterede sjældent om en historie med rejser til endemiske lande, hvor cirka 75 % rapporterede nylige rejser til et andet europæisk land. De smittede i det aktuelle udbrud er næsten udelukkende mænd, der har sex med mænd (MSM), hvor virussen tilsyneladende primært spredes gennem seksuel kontakt.

Symptomprofilen for abekoppeinfektion under det nuværende udbrud har også ændret sig fra tidligere fænotyper, hvilket indikerer betydelige ændringer i virusbiologien.

Den første abekoppeinfektion i det aktuelle udbrud er blevet sporet til en europæisk begivenhed, hvor virussen kan være blevet overført til mange mennesker. Virussen spredte sig derefter til 75 lande, med over 20.000 nye tilfælde rapporteret i slutningen af ​​juli. I øjeblikket er abekoppevirus-udbruddet blevet klassificeret som en folkesundhedsnødsituation af international bekymring af Verdenssundhedsorganisationen (WHO).

Som et resultat blev der udført øget genomisk overvågning og molekylær testning, med flere sekventerede genomer uploadet til databasen Global Initiative on Sharing All Influenza Data (GISAID). Abekopper-genomet består af cirka 200 kilobasepar, der omfatter dets dobbeltstreng af deoxyribonukleinsyre (DNA).

For nylig blev ni genomer fra USA, Thailand og Indien fra seks kliniske isolater tildelt en anden afstamning, A.2, uploadet til GISAID. Denne afstamning består af 16 unikke mutationer, hvoraf ni er ikke-synonyme.

Efter den fylogenetiske model forsøgte forskere ved CSIR Institute of Genomics and Integrative Biology (CSIR-IGIB) at estimere tiden fra den seneste fælles forfader (tMRCA) af denne afstamning.

Studieresultater

tMRCA for A.2-linjen var pr. 25. juni 2021. Den gennemsnitlige hastighed af nukleotidsubstitutioner var meget lavere end B.1-linjen ved 5,53 x 10-5 sammenlignet med 1,13 x 10-4 med B.1-substitutionshastigheden stigende.

Derfor kan spredningen af ​​A.2-slægten være begyndt år før udbruddet i begyndelsen af ​​2022, især da det tidligste genom kom fra en prøve indsamlet i juli 2021.

Genomerne analyseret i den aktuelle undersøgelse kom fra mænd, der rejste til De Forenede Arabiske Emirater eller Nigeria. Dette tyder på en særskilt transmissionskæde mellem mennesker uden direkte zoonotisk transmission på tværs af internationale grænser. Det er vigtigt, at denne spredning ikke blev anerkendt før den aktuelle undersøgelse.

Denne transmissionskæde er muligvis ikke forbundet med det store abekoppeudbrud i 2022, som kan være blevet afsløret på grund af øget bevidsthed, overvågning og bredere tilgængelighed af diagnostik."

Undersøgelsens resultater fremhæver vigtigheden af ​​genomisk overvågning af alle nye patogener for folkesundhedspolitik og epidemiologisk viden.

*Vigtig BEMÆRK

bioRxiv udgiver foreløbige videnskabelige rapporter, der ikke er blevet peer-reviewet og derfor ikke bør betragtes som afgørende, vejlede klinisk praksis/sundhedsadfærd eller behandles som etableret information.

Referencer:

• Jolly, B. & Scari, V. (2022). Ein eindeutiger phylogenetischer Cluster von Affenpocken-Genomen deutet auf eine frühe und kryptische Ausbreitung des Virus hin. bioRxiv. doi:10.1101/2022.07.30.502168. https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2022.07.30.502168v1
• Untersuchung des Affenpocken-Ausbruchs in England: Technisches Briefing 1 (2022). Abgerufen von https://www.gov.uk/government/publications/monkeypox-outbreak-technical-briefings/investigation-into-monkeypox-outbreak-in-england-technical-briefing-1. Zugriff am 3. August 2022.

.