Ahvirõugeviiruse genoomide analüüs viitab sellele, et see levib varakult ja krüptiliselt

Ahvirõugeviiruse genoomide analüüs viitab sellele, et see levib varakult ja krüptiliselt

Eeltrükiserveris avaldatud uus uuring bioRxiv* teatab ahvirõugete viiruse A.2 liini genoomide rühma tuvastamisest kolmest riigist, mis erinevad praeguse puhangu põhjustanud palju suuremast B.1 liinist. Need tähelepanekud viitavad sellele, et A.2 ahvirõugete juhtumid ei ole osa praegusest ülemaailmsest ahvirõugeviiruse puhangust 2022. aastal ja toimusid hoopis teise ülekandeahela kaudu.

Õppige: Ahvirõugete genoomide selge filogeneetiline klaster viitab viiruse varasele ja salapärasele levikule.Foto krediit: joshimerbin / Shutterstock.com

sissejuhatus

Kuni viimase ajani oli ahvirõugeviirus endeemiline mitmes Kesk-Aafrika riigis ja põhjustas tavaliselt üksikuid või mitut vesikulaarset kahjustust, mis sageli taandusid spontaanselt. Ahvirõugete viirusega nakatumist on varem seostatud kokkupuutel metsloomade või nakatunud sümptomitega isikutega.

Alates 2022. aasta mai algusest on ahvirõugete viirust tuvastatud mitmes mitte-endeemilises piirkonnas maailmas. Need patsiendid teatasid harva endeemilistesse riikidesse reisimisest, umbes 75% neist teatasid hiljutisest reisist mõnda teise Euroopa riiki. Praeguse haiguspuhanguga nakatunud on peaaegu eranditult mehed, kes seksivad meestega (MSM), kusjuures viirus levib ilmselt peamiselt seksuaalse kontakti kaudu.

Ahvirõugete nakkuse sümptomite profiil praeguse puhangu ajal on samuti muutunud võrreldes varasemate fenotüüpidega, mis näitab olulisi muutusi viiruse bioloogias.

Praeguse haiguspuhangu esimene ahvirõugete nakatumine on leitud Euroopa sündmusest, kus viirus võis paljudele inimestele edasi kanduda. Viirus levis seejärel 75 riiki, juuli lõpuks teatati üle 20 000 uue juhtumi. Praegu on Maailma Terviseorganisatsioon (WHO) klassifitseerinud ahvirõugete viirusepuhangu rahvusvahelise murega rahvatervise hädaolukorraks.

Selle tulemusel viidi läbi suurem genoomne järelevalve ja molekulaarsed testid, kusjuures mitmed järjestatud genoomid laaditi üles andmebaasi Global Initiative on Sharing All Influenza Data (GISAID). Ahvirõugete genoom koosneb ligikaudu 200 kiloaluspaarist, mis hõlmavad selle desoksüribonukleiinhappe (DNA) kaheahelalist ahelat.

Hiljuti laaditi GISAIDi üles üheksa genoomi USA-st, Taist ja Indiast kuuest kliinilisest isolaadist, mis olid määratud erinevale liinile A.2. See sugupuu koosneb 16 unikaalsest mutatsioonist, millest üheksa ei ole sünonüümid.

Fülogeneetilist mudelit järgides püüdsid CSIR-i genoomika ja integreeriva bioloogia instituudi (CSIR-IGIB) teadlased hinnata aega selle liini kõige uuemast ühisest esivanemast (tMRCA).

Uuringu tulemused

A.2 liini tMRCA oli 25. juuni 2021 seisuga. Nukleotiidide asenduste keskmine määr oli palju madalam kui B.1 liinil, 5,53 x 10-5, võrreldes 1,13 x 10-4-ga, kusjuures B.1 asendusmäär suurenes.

Seetõttu võis A.2 liini levik alata aastaid enne haiguspuhangut 2022. aasta alguses, eriti kuna varaseim genoom pärines 2021. aasta juulis kogutud proovist.

Käesolevas uuringus analüüsitud genoomid pärinesid meestelt, kes reisisid Araabia Ühendemiraatidesse või Nigeeriasse. See viitab eraldiseisvale inimestevahelisele levikuahelale ilma otsese zoonootilise levikuta üle rahvusvaheliste piiride. Oluline on see, et seda levikut ei tuvastatud kuni praeguse uuringuni.

See levikuahel ei pruugi olla seotud 2022. aasta suure ahvipuhanguga, mis võis avastada suurenenud teadlikkuse, jälgimise ja diagnostika laiema kättesaadavuse tõttu.

Uuringu tulemused rõhutavad kõigi esilekerkivate patogeenide genoomseire tähtsust rahvatervise poliitika ja epidemioloogiliste teadmiste jaoks.

*Oluline MÄRKUS

bioRxiv avaldab esialgseid teaduslikke aruandeid, mida ei ole eelretsenseeritud ja seetõttu ei tohiks neid pidada veenvateks, juhinduda kliinilisest praktikast/tervisekäitumisest ega käsitleda väljakujunenud teabena.

Viited:

• Jolly, B. & Scari, V. (2022). Ein eindeutiger phylogenetischer Cluster von Affenpocken-Genomen deutet auf eine frühe und kryptische Ausbreitung des Virus hin. bioRxiv. doi:10.1101/2022.07.30.502168. https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2022.07.30.502168v1
• Untersuchung des Affenpocken-Ausbruchs in England: Technisches Briefing 1 (2022). Abgerufen von https://www.gov.uk/government/publications/monkeypox-outbreak-technical-briefings/investigation-into-monkeypox-outbreak-in-england-technical-briefing-1. Zugriff am 3. August 2022.

.