Apinarokkoviruksen genomien analyysi viittaa siihen, että se leviää aikaisin ja kryptisesti

Apinarokkoviruksen genomien analyysi viittaa siihen, että se leviää aikaisin ja kryptisesti

Uusi tutkimus julkaistu preprint-palvelimella bioRxiv* raportoi ryhmän apinapoxviruksen A.2-linjan genomien tunnistamisesta kolmesta maasta, jotka eroavat nykyisestä taudinpurkauksesta vastaavasta paljon suuremmasta B.1-linjasta. Nämä havainnot viittaavat siihen, että A.2-apinarokkotapaukset eivät ole osa nykyistä maailmanlaajuista apinarokkovirusepidemiaa vuonna 2022, vaan ne tapahtuivat eri tartuntaketjun kautta.

Oppia: Selkeä apinarokkogenomien fylogeneettinen klusteri viittaa viruksen varhaiseen ja salaperäiseen leviämiseen.Kuvan luotto: joshimerbin / Shutterstock.com

esittely

Viime aikoihin asti apinarokkovirus oli endeeminen useissa Keski-Afrikan maissa ja aiheutti tyypillisesti yksittäisiä tai useita vesikulaarisia vaurioita, jotka usein paranivat spontaanisti. Apinarokkoviruksen aiheuttama infektio on aiemmin liitetty kosketukseen villieläinten tai tartunnan saaneiden oireellisten yksilöiden kanssa.

Toukokuun 2022 alusta lähtien apinarokkovirusta on tunnistettu useilla ei-endeemisillä alueilla maailmassa. Nämä potilaat ilmoittivat harvoin matkustaneensa endeemisiin maihin, ja noin 75 % ilmoitti äskettäin matkustaneensa toiseen Euroopan maahan. Nykyisessä epidemiassa tartunnan saaneet ovat lähes yksinomaan miehiä, jotka harrastavat seksiä miesten kanssa (MSM), ja virus ilmeisesti leviää pääasiassa seksuaalisen kontaktin kautta.

Myös apinarokkoinfektion oireprofiili nykyisen epidemian aikana on muuttunut aikaisemmista fenotyypeistä, mikä viittaa merkittäviin muutoksiin virusbiologiassa.

Nykyisen epidemian ensimmäinen apinarokkotartunta on jäljitetty eurooppalaiseen tapahtumaan, jossa virus on saattanut tarttua moniin ihmisiin. Virus levisi sitten 75 maahan, ja heinäkuun loppuun mennessä raportoitiin yli 20 000 uutta tapausta. Tällä hetkellä Maailman terveysjärjestö (WHO) on luokitellut apinarokkoviruksen epidemian kansainvälisesti huolestuttavaksi kansanterveyden hätätilanteeksi.

Tämän seurauksena suoritettiin lisääntynyt genomivalvonta ja molekyylitestaukset, ja useita sekvensoituja genomeja ladattiin Global Initiative on Sharing All Influenza Data (GISAID) -tietokantaan. Apinarokkogenomi koostuu noin 200 kiloemäsparista, jotka sisältävät sen kaksinkertaisen deoksiribonukleiinihapon (DNA) juosteen.

Äskettäin GISAIDiin ladattiin yhdeksän genomia Yhdysvalloista, Thaimaasta ja Intiasta kuudesta kliinisestä isolaatista, jotka on osoitettu eri linjaan, A.2. Tämä linja koostuu 16 ainutlaatuisesta mutaatiosta, joista yhdeksän ei ole synonyymejä.

Fylogeneettisen mallin mukaisesti CSIR-instituutin genomiikan ja integroivan biologian (CSIR-IGIB) tutkijat yrittivät arvioida aikaa tämän linjan viimeisimmästä yhteisestä esi-isästä (tMRCA).

Tutkimustulokset

A.2-linjan tMRCA oli 25. kesäkuuta 2021. Nukleotidisubstituutioiden keskimääräinen nopeus oli paljon pienempi kuin B.1-linjan 5,53 x 10-5 verrattuna 1,13 x 10-4:ään B.1-substituutioasteen noustessa.

Siksi A.2-suvun leviäminen on saattanut alkaa vuosia ennen taudinpurkausta vuoden 2022 alussa, varsinkin kun varhaisin genomi tuli heinäkuussa 2021 kerätystä näytteestä.

Tässä tutkimuksessa analysoidut genomit olivat peräisin miehiltä, ​​jotka matkustivat Yhdistyneisiin arabiemiirikuntiin tai Nigeriaan. Tämä viittaa erilliseen tartuntaketjuun ihmisten välillä ilman suoraa zoonoositartuntaa yli kansainvälisten rajojen. Tärkeää on, että tämä leviäminen tunnistettiin vasta nykyisessä tutkimuksessa.

Tämä tartuntaketju ei välttämättä liity vuoden 2022 laajaan apinarokkoepidemiaan, joka on saatettu paljastua lisääntyneen tietoisuuden, valvonnan ja diagnostiikan laajemman saatavuuden vuoksi.

Tutkimustulokset korostavat kaikkien uusien taudinaiheuttajien genomisen seurannan merkitystä kansanterveyspolitiikan ja epidemiologisen tietämyksen kannalta.

*Tärkeä HUOMAUTUS

bioRxiv julkaisee alustavia tieteellisiä raportteja, joita ei ole vertaisarvioitu ja joita ei siksi pidä pitää vakuuttavana, ohjaavana kliinistä käytäntöä/terveyskäyttäytymistä tai käsitellä vakiintuneena tietona.

Viitteet:

• Jolly, B. & Scari, V. (2022). Ein eindeutiger phylogenetischer Cluster von Affenpocken-Genomen deutet auf eine frühe und kryptische Ausbreitung des Virus hin. bioRxiv. doi:10.1101/2022.07.30.502168. https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2022.07.30.502168v1
• Untersuchung des Affenpocken-Ausbruchs in England: Technisches Briefing 1 (2022). Abgerufen von https://www.gov.uk/government/publications/monkeypox-outbreak-technical-briefings/investigation-into-monkeypox-outbreak-in-england-technical-briefing-1. Zugriff am 3. August 2022.

.