L'analyse du génome du virus de la variole du singe suggère qu'il se propage de manière précoce et énigmatique.

L'analyse du génome du virus de la variole du singe suggère qu'il se propage de manière précoce et énigmatique.

Une nouvelle étude publiée sur le serveur de prépublication bioRxiv* rapporte l'identification d'un groupe de génomes de la lignée A.2 du virus de la variole du singe provenant de trois pays, distincts de la lignée B.1 beaucoup plus vaste responsable de l'épidémie actuelle. Ces observations suggèrent que les cas de variole du singe A.2 ne font pas partie de l’épidémie mondiale actuelle de virus de la variole du singe en 2022 et se sont plutôt produits via une chaîne de transmission différente.

Apprendre: Un groupe phylogénétique clair de génomes de variole du singe suggère une propagation précoce et cryptique du virus.Crédit photo : joshimerbin / Shutterstock.com

introduction

Jusqu'à récemment, le virus de la variole du singe était endémique dans plusieurs pays d'Afrique centrale et provoquait généralement des lésions vésiculaires uniques ou multiples qui se résolvaient souvent spontanément. L'infection par le virus de la variole du singe a déjà été associée au contact avec des animaux sauvages ou avec des individus infectés symptomatiques.

Depuis début mai 2022, le virus de la variole du singe a été identifié dans plusieurs régions non endémiques du monde. Ces patients ont rarement signalé avoir voyagé dans des pays d'endémie, avec environ 75 % d'entre eux déclarant avoir récemment voyagé dans un autre pays européen. Les personnes infectées dans l'épidémie actuelle sont presque exclusivement des hommes ayant des rapports sexuels avec des hommes (HSH), le virus se propageant apparemment principalement par contact sexuel.

Le profil des symptômes de l’infection par le Monkeypox au cours de l’épidémie actuelle a également changé par rapport aux phénotypes précédents, ce qui indique des changements significatifs dans la biologie du virus.

La première infection par la variole du singe de l'épidémie actuelle a été attribuée à un événement européen au cours duquel le virus pourrait avoir été transmis à de nombreuses personnes. Le virus s’est ensuite propagé à 75 pays, avec plus de 20 000 nouveaux cas signalés fin juillet. Actuellement, l’épidémie du virus Monkeypox a été classée comme une urgence de santé publique de portée internationale par l’Organisation mondiale de la santé (OMS).

En conséquence, une surveillance génomique accrue et des tests moléculaires ont été effectués, avec plusieurs génomes séquencés téléchargés dans la base de données de l'Initiative mondiale pour le partage de toutes les données sur la grippe (GISAID). Le génome du Monkeypox se compose d'environ 200 paires de kilobases qui englobent son double brin d'acide désoxyribonucléique (ADN).

Récemment, neuf génomes des États-Unis, de Thaïlande et d'Inde provenant de six isolats cliniques attribués à une lignée différente, A.2, ont été téléchargés sur GISAID. Cette lignée se compose de 16 mutations uniques, dont neuf non synonymes.

Suivant le modèle phylogénétique, des chercheurs de l’Institut CSIR de génomique et de biologie intégrative (CSIR-IGIB) ont tenté d’estimer le temps écoulé depuis l’ancêtre commun le plus récent (tMRCA) de cette lignée.

Résultats de l'étude

Le tMRCA de la lignée A.2 était en date du 25 juin 2021. Le taux moyen de substitutions de nucléotides était bien inférieur à celui de la lignée B.1 à 5,53 x 10-5 contre 1,13 x 10-4, le taux de substitution B.1 augmentant.

Par conséquent, la propagation de la lignée A.2 pourrait avoir commencé des années avant l’épidémie début 2022, d’autant plus que le génome le plus ancien provenait d’un échantillon collecté en juillet 2021.

Les génomes analysés dans la présente étude provenaient d’hommes ayant voyagé aux Émirats arabes unis ou au Nigeria. Cela suggère une chaîne de transmission distincte entre les humains, sans transmission zoonotique directe au-delà des frontières internationales. Il est important de noter que cette propagation n’a pas été reconnue avant la présente étude.

Cette chaîne de transmission n’est peut-être pas liée à la grande épidémie de variole du singe en 2022, qui pourrait avoir été découverte grâce à une sensibilisation, une surveillance et une plus grande disponibilité des diagnostics.

Les résultats de l'étude mettent en valeur l'importance de la surveillance génomique de tous les agents pathogènes émergents pour les politiques de santé publique et les connaissances épidémiologiques.

*REMARQUE importante

bioRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui n'ont pas été évalués par des pairs et ne doivent donc pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique/le comportement en matière de santé, ou être traités comme des informations établies.

Références :

• Jolly, B. & Scari, V. (2022). Ein eindeutiger phylogenetischer Cluster von Affenpocken-Genomen deutet auf eine frühe und kryptische Ausbreitung des Virus hin. bioRxiv. doi:10.1101/2022.07.30.502168. https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2022.07.30.502168v1
• Untersuchung des Affenpocken-Ausbruchs in England: Technisches Briefing 1 (2022). Abgerufen von https://www.gov.uk/government/publications/monkeypox-outbreak-technical-briefings/investigation-into-monkeypox-outbreak-in-england-technical-briefing-1. Zugriff am 3. August 2022.

.