Beždžionių raupų viruso genomų analizė rodo, kad jis plinta anksti ir paslaptingai

Beždžionių raupų viruso genomų analizė rodo, kad jis plinta anksti ir paslaptingai

Naujas tyrimas, paskelbtas išankstinio spausdinimo serveryje bioRxiv* praneša, kad buvo nustatyta beždžionių raupų viruso A.2 linijos genomų grupė iš trijų šalių, kurios skiriasi nuo daug didesnės B.1 linijos, atsakingos už dabartinį protrūkį. Šie stebėjimai rodo, kad A.2 beždžionių raupų atvejai nėra dabartinio pasaulinio beždžionių raupų viruso protrūkio 2022 m. dalis, o įvyko per kitą perdavimo grandinę.

Sužinokite: Aiški beždžionių raupų genomų filogenetinė grupė rodo ankstyvą ir paslaptingą viruso plitimą.Bildnachweis: joshimerbin / Shutterstock.com

įžanga

Dar visai neseniai beždžionių raupų virusas buvo endeminis keliose Centrinės Afrikos šalyse ir paprastai sukeldavo pavienius ar kelis vezikulinius pažeidimus, kurie dažnai išnykdavo savaime. Infekcija beždžionių raupų virusu anksčiau buvo siejama su sąlyčiu su laukiniais gyvūnais arba užsikrėtusiais simptomus turinčiais asmenimis.

Since early May 2022, monkeypox virus has been identified in several non-endemic regions of the world. Šie pacientai retai pranešė apie kelionių į endemines šalis istoriją, maždaug 75% pranešė apie neseniai keliavusius į kitą Europos šalį. Užsikrėtusieji šiuo protrūkiu yra beveik vien vyrai, turintys lytinių santykių su vyrais (MSM), o virusas, matyt, plinta daugiausia per lytinius santykius.

Beždžionių raupų infekcijos simptomų profilis dabartinio protrūkio metu taip pat pasikeitė, palyginti su ankstesniais fenotipais, o tai rodo reikšmingus viruso biologijos pokyčius.

Pirmoji dabartinio protrūkio beždžionių raupų infekcija buvo atsekta Europoje, kai virusas galėjo būti perduotas daugeliui žmonių. Tada virusas išplito į 75 šalis, o liepos pabaigoje užregistruota daugiau nei 20 000 naujų atvejų. Šiuo metu Pasaulio sveikatos organizacija (PSO) beždžionių raupų viruso protrūkį priskyrė tarptautinio susirūpinimo visuomenės sveikatos krizei.

Dėl to buvo atlikta sustiprinta genomo priežiūra ir molekuliniai tyrimai, keli sekvenuoti genomai buvo įkelti į pasaulinę iniciatyvą dėl dalijimosi visais gripo duomenimis (GISAID). Beždžionių raupų genomas susideda iš maždaug 200 kilobazių porų, apimančių jo dvigubą dezoksiribonukleino rūgšties (DNR) grandinę.

Neseniai į GISAID buvo įkelti devyni genomai iš Jungtinių Valstijų, Tailando ir Indijos iš šešių klinikinių izoliatų, priskirtų kitai linijai A.2. Ši linija susideda iš 16 unikalių mutacijų, iš kurių devynios nėra sinonimai.

Remdamiesi filogenetiniu modeliu, CSIR genomikos ir integracinės biologijos instituto (CSIR-IGIB) tyrėjai bandė įvertinti laiką nuo naujausio šios linijos bendro protėvio (tMRCA).

Studijų rezultatai

A.2 linijos tMRCA buvo 2021 m. birželio 25 d. Vidutinis nukleotidų pakeitimų dažnis buvo daug mažesnis nei B.1 linijos 5,53 x 10-5, palyginti su 1,13 x 10-4, kai B.1 pakeitimų dažnis didėja.

Todėl A.2 linijos plitimas galėjo prasidėti prieš metus iki protrūkio 2022 m. pradžioje, ypač todėl, kad ankstyviausias genomas buvo gautas iš mėginio, paimto 2021 m. liepos mėn.

Šiame tyrime analizuoti genomai buvo gauti iš vyrų, kurie keliavo į Jungtinius Arabų Emyratus arba Nigeriją. Tai rodo atskirą perdavimo tarp žmonių grandinę be tiesioginio zoonozinio perdavimo per tarptautines sienas. Svarbu tai, kad šis plitimas nebuvo pripažintas iki dabartinio tyrimo.

Ši perdavimo grandinė gali būti nesusieta su dideliu 2022 m. beždžionių raupų protrūkiu, kuris galėjo būti atskleistas dėl padidėjusio informuotumo, stebėjimo ir platesnės diagnostikos.

Tyrimo rezultatai pabrėžia visų naujų patogenų genominės priežiūros svarbą visuomenės sveikatos politikai ir epidemiologinėms žinioms.

*Svarbi PASTABA

bioRxiv skelbia preliminarias mokslines ataskaitas, kurios nebuvo recenzuotos, todėl neturėtų būti laikomos įtikinamais, vadovaujasi klinikine praktika/sveikatos elgesiu arba laikomos nustatyta informacija.

Nuorodos:

• Jolly, B. & Scari, V. (2022). Ein eindeutiger phylogenetischer Cluster von Affenpocken-Genomen deutet auf eine frühe und kryptische Ausbreitung des Virus hin. bioRxiv. doi:10.1101/2022.07.30.502168. https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2022.07.30.502168v1
• Untersuchung des Affenpocken-Ausbruchs in England: Technisches Briefing 1 (2022). Abgerufen von https://www.gov.uk/government/publications/monkeypox-outbreak-technical-briefings/investigation-into-monkeypox-outbreak-in-england-technical-briefing-1. Zugriff am 3. August 2022.

.