Analyse van de genomen van het apenpokkenvirus suggereert dat het zich vroeg en cryptisch verspreidt

Analyse van de genomen van het apenpokkenvirus suggereert dat het zich vroeg en cryptisch verspreidt

Een nieuwe studie gepubliceerd op de preprint-server bioRxiv* rapporteert de identificatie van een groep apenpokkenvirus A.2-lijngenomen uit drie landen die verschillen van de veel grotere B.1-lijn die verantwoordelijk is voor de huidige uitbraak. Deze waarnemingen suggereren dat gevallen van A.2-apenpokken geen deel uitmaken van de huidige wereldwijde uitbraak van het apenpokkenvirus in 2022 en in plaats daarvan plaatsvonden via een andere transmissieketen.

Leren: Een duidelijke fylogenetische cluster van apenpokkengenomen suggereert een vroege en cryptische verspreiding van het virus.Fotocredit: joshimerbin / Shutterstock.com

invoering

Tot voor kort was het apenpokkenvirus endemisch in verschillende Centraal-Afrikaanse landen en veroorzaakte het doorgaans enkelvoudige of meervoudige vesiculaire laesies die vaak spontaan verdwenen. Infectie met het apenpokkenvirus is eerder in verband gebracht met contact met wilde dieren of met geïnfecteerde symptomatische personen.

Sinds begin mei 2022 is het apenpokkenvirus geïdentificeerd in verschillende niet-endemische regio's van de wereld. Deze patiënten rapporteerden zelden een geschiedenis van reizen naar endemische landen, waarbij ongeveer 75% recente reizen naar een ander Europees land rapporteerde. Degenen die bij de huidige uitbraak besmet zijn, zijn vrijwel uitsluitend mannen die seks hebben met mannen (MSM), waarbij het virus zich blijkbaar voornamelijk via seksueel contact verspreidt.

Het symptoomprofiel van de apenpokkeninfectie tijdens de huidige uitbraak is ook veranderd ten opzichte van eerdere fenotypes, wat wijst op significante veranderingen in de virusbiologie.

De eerste apenpokkeninfectie van de huidige uitbraak is terug te voeren op een Europese gebeurtenis waarbij het virus mogelijk op veel mensen is overgedragen. Het virus verspreidde zich vervolgens naar 75 landen, waarbij eind juli ruim 20.000 nieuwe gevallen werden gemeld. Momenteel is de uitbraak van het apenpokkenvirus door de Wereldgezondheidsorganisatie (WHO) geclassificeerd als een noodsituatie op het gebied van de volksgezondheid van internationaal belang.

Als gevolg hiervan werden er meer genomische surveillance en moleculaire tests uitgevoerd, waarbij verschillende genomen waarvan de sequentie werd bepaald, werden geüpload naar de database van het Global Initiative on Sharing All Influenza Data (GISAID). Het apenpokkengenoom bestaat uit ongeveer 200 kilobasenparen die de dubbele streng deoxyribonucleïnezuur (DNA) omvatten.

Onlangs zijn negen genomen uit de Verenigde Staten, Thailand en India van zes klinische isolaten toegewezen aan een andere lijn, A.2, geüpload naar GISAID. Deze lijn bestaat uit 16 unieke mutaties, waarvan er negen niet-synoniem zijn.

Volgens het fylogenetische model probeerden onderzoekers van het CSIR Institute of Genomics and Integrative Biology (CSIR-IGIB) de tijd te schatten vanaf de meest recente gemeenschappelijke voorouder (tMRCA) van deze lijn.

Studieresultaten

De tMRCA van de A.2-lijn was van 25 juni 2021. De gemiddelde snelheid van nucleotidesubstituties was veel lager dan die van de B.1-lijn, namelijk 5,53 x 10-5 vergeleken met 1,13 x 10-4, waarbij de B.1-substitutiesnelheid toenam.

Daarom kan de verspreiding van de A.2-lijn al jaren vóór de uitbraak begin 2022 zijn begonnen, vooral omdat het vroegste genoom afkomstig was van een monster dat in juli 2021 was verzameld.

De genomen die in het huidige onderzoek zijn geanalyseerd, waren afkomstig van mannen die naar de Verenigde Arabische Emiraten of Nigeria waren gereisd. Dit suggereert een aparte keten van overdracht tussen mensen zonder directe zoönotische overdracht over internationale grenzen heen. Belangrijk is dat deze spreiding pas in het huidige onderzoek werd onderkend.

Deze keten van overdracht houdt mogelijk geen verband met de grote uitbraak van apenpokken in 2022, die mogelijk aan het licht is gekomen dankzij het toegenomen bewustzijn, het toezicht en de bredere beschikbaarheid van diagnostiek.”

De onderzoeksresultaten benadrukken het belang van genomische surveillance van alle opkomende pathogenen voor het volksgezondheidsbeleid en epidemiologische kennis.

*Belangrijke OPMERKING

bioRxiv publiceert voorlopige wetenschappelijke rapporten die niet door vakgenoten zijn beoordeeld en daarom niet als overtuigend mogen worden beschouwd, de klinische praktijk/gezondheidsgedrag niet kunnen begeleiden of als gevestigde informatie moeten worden behandeld.

Referenties:

• Jolly, B. & Scari, V. (2022). Ein eindeutiger phylogenetischer Cluster von Affenpocken-Genomen deutet auf eine frühe und kryptische Ausbreitung des Virus hin. bioRxiv. doi:10.1101/2022.07.30.502168. https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2022.07.30.502168v1
• Untersuchung des Affenpocken-Ausbruchs in England: Technisches Briefing 1 (2022). Abgerufen von https://www.gov.uk/government/publications/monkeypox-outbreak-technical-briefings/investigation-into-monkeypox-outbreak-in-england-technical-briefing-1. Zugriff am 3. August 2022.

.