Analiza genomów wirusa ospy małpiej sugeruje, że rozprzestrzenia się on wcześnie i w sposób tajemniczy

Analiza genomów wirusa ospy małpiej sugeruje, że rozprzestrzenia się on wcześnie i w sposób tajemniczy

Nowe badanie opublikowane na serwerze preprintów bioRxiv* donosi o identyfikacji grupy genomów linii A.2 wirusa ospy małpiej z trzech krajów, które różnią się od znacznie większej linii B.1 odpowiedzialnej za obecną epidemię. Obserwacje te sugerują, że przypadki ospy małpiej A.2 nie są częścią obecnej globalnej epidemii wirusa ospy małpiej w 2022 r., a zamiast tego wystąpiły poprzez inny łańcuch przenoszenia.

Uczyć się: Wyraźny klaster filogenetyczny genomów ospy małpiej sugeruje wczesne i tajemnicze rozprzestrzenianie się wirusa.Źródło zdjęcia: joshimerbin / Shutterstock.com

wstęp

Do niedawna wirus ospy małpiej występował endemicznie w kilku krajach Afryki Środkowej i zazwyczaj powodował pojedyncze lub liczne zmiany pęcherzykowe, które często ustępowały samoistnie. Zakażenie wirusem ospy małpiej było wcześniej łączone z kontaktem z dzikimi zwierzętami lub zakażonymi osobnikami z objawami.

Od początku maja 2022 r. w kilku nieendemicznych regionach świata wykryto wirusa ospy małpiej. Pacjenci ci rzadko zgłaszali podróże do krajów endemicznych – około 75% zgłaszało niedawne podróże do innego kraju europejskiego. Osoby zarażone obecną epidemią to prawie wyłącznie mężczyźni utrzymujący kontakty seksualne z mężczyznami (MSM), przy czym wirus najwyraźniej rozprzestrzenia się głównie poprzez kontakty seksualne.

Profil objawów zakażenia ospą małpią podczas obecnej epidemii również zmienił się w porównaniu z poprzednimi fenotypami, co wskazuje na istotne zmiany w biologii wirusa.

Pierwsze zakażenie ospą małpią w ramach obecnej epidemii zostało powiązane z wydarzeniem europejskim, podczas którego wirus mógł zostać przeniesiony na wiele osób. Następnie wirus rozprzestrzenił się na 75 krajów, a do końca lipca zgłoszono ponad 20 000 nowych przypadków. Obecnie epidemia wirusa ospy małpiej została sklasyfikowana przez Światową Organizację Zdrowia (WHO) jako zagrożenie zdrowia publicznego o zasięgu międzynarodowym.

W rezultacie przeprowadzono wzmożony nadzór genomiczny i badania molekularne, a kilka zsekwencjonowanych genomów przesłano do bazy danych Global Initiative on Sharing All Influenza Data (GISAID). Genom ospy małpiej składa się z około 200 kilopar zasad, które obejmują podwójną nić kwasu dezoksyrybonukleinowego (DNA).

Niedawno do GISAID przesłano dziewięć genomów ze Stanów Zjednoczonych, Tajlandii i Indii z sześciu izolatów klinicznych przypisanych do innej linii A.2. Linia ta składa się z 16 unikalnych mutacji, z których dziewięć nie jest synonimicznych.

Kierując się modelem filogenetycznym, naukowcy z Instytutu Genomiki i Biologii Integracyjnej CSIR (CSIR-IGIB) próbowali oszacować czas od ostatniego wspólnego przodka (tMRCA) tej linii.

Wyniki badań

Wartość tMRCA linii A.2 wynosiła 25 czerwca 2021 r. Średni współczynnik podstawień nukleotydów był znacznie niższy niż w przypadku linii B.1 i wynosił 5,53 x 10-5 w porównaniu z 1,13 x 10-4 przy rosnącej szybkości podstawienia B.1.

W związku z tym rozprzestrzenianie się linii A.2 mogło rozpocząć się na wiele lat przed wybuchem epidemii na początku 2022 r., zwłaszcza że najwcześniejszy genom pochodził z próbki pobranej w lipcu 2021 r.

Genomy analizowane w bieżącym badaniu pochodziły od mężczyzn, którzy podróżowali do Zjednoczonych Emiratów Arabskich lub Nigerii. Sugeruje to odrębny łańcuch przenoszenia między ludźmi bez bezpośredniego przenoszenia odzwierzęcego przez granice międzynarodowe. Co ważne, rozrzut ten został rozpoznany dopiero w obecnym badaniu.

Ten łańcuch przenoszenia może nie być powiązany z epidemią dużej ospy małpiej w 2022 r., która mogła zostać wykryta dzięki zwiększonej świadomości, nadzorowi i szerszej dostępności diagnostyki”.

Wyniki badania podkreślają znaczenie nadzoru genomicznego wszystkich pojawiających się patogenów dla polityki zdrowia publicznego i wiedzy epidemiologicznej.

*Ważna UWAGA

bioRxiv publikuje wstępne raporty naukowe, które nie zostały poddane recenzji naukowej i dlatego nie należy ich uważać za rozstrzygające, stanowiące wytyczne dla praktyki klinicznej/zachowań zdrowotnych ani traktowane jako ustalone informacje.

Referencje:

• Jolly, B. & Scari, V. (2022). Ein eindeutiger phylogenetischer Cluster von Affenpocken-Genomen deutet auf eine frühe und kryptische Ausbreitung des Virus hin. bioRxiv. doi:10.1101/2022.07.30.502168. https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2022.07.30.502168v1
• Untersuchung des Affenpocken-Ausbruchs in England: Technisches Briefing 1 (2022). Abgerufen von https://www.gov.uk/government/publications/monkeypox-outbreak-technical-briefings/investigation-into-monkeypox-outbreak-in-england-technical-briefing-1. Zugriff am 3. August 2022.

.