Analýza genómov vírusu opičích kiahní naznačuje, že sa šíri skoro a krypticky

Analýza genómov vírusu opičích kiahní naznačuje, že sa šíri skoro a krypticky

Nová štúdia zverejnená na predtlačovom serveri bioRxiv* uvádza identifikáciu skupiny genómov vírusu opičích kiahní A.2 z troch krajín, ktoré sa líšia od oveľa väčšej línie B.1 zodpovednej za súčasné prepuknutie. Tieto pozorovania naznačujú, že prípady opičích kiahní A.2 nie sú súčasťou súčasného globálneho prepuknutia vírusu opičích kiahní v roku 2022 a namiesto toho sa vyskytli prostredníctvom iného reťazca prenosu.

Naučte sa: Jasný fylogenetický zhluk genómov opičích kiahní naznačuje skoré a záhadné šírenie vírusu.Fotografický kredit: joshimerbin / Shutterstock.com

úvod

Až donedávna bol vírus opičích kiahní endemický v niekoľkých krajinách strednej Afriky a typicky spôsoboval jednotlivé alebo viaceré vezikulárne lézie, ktoré často spontánne ustúpili. Infekcia vírusom opičích kiahní bola v minulosti spojená s kontaktom s voľne žijúcimi zvieratami alebo s infikovanými symptomatickými jedincami.

Od začiatku mája 2022 bol vírus opičích kiahní identifikovaný v niekoľkých neendemických oblastiach sveta. Títo pacienti zriedkavo hlásili, že v minulosti cestovali do endemických krajín, pričom približne 75 % uviedlo nedávne cestovanie do inej európskej krajiny. Infikovaní sú v súčasnej epidémii takmer výlučne muži, ktorí majú sex s mužmi (MSM), pričom vírus sa zjavne šíri predovšetkým sexuálnym kontaktom.

Profil symptómov infekcie opičích kiahní počas súčasného prepuknutia sa tiež zmenil v porovnaní s predchádzajúcimi fenotypmi, čo naznačuje významné zmeny v biológii vírusu.

Prvá infekcia opičím kiahňam súčasného prepuknutia sa dala vystopovať k európskej udalosti, kde sa vírus mohol preniesť na mnoho ľudí. Vírus sa potom rozšíril do 75 krajín, pričom do konca júla bolo hlásených viac ako 20 000 nových prípadov. V súčasnosti je prepuknutie vírusu opičích kiahní Svetovou zdravotníckou organizáciou (WHO) klasifikované ako ohrozenie verejného zdravia medzinárodného významu.

V dôsledku toho sa vykonal zvýšený genómový dohľad a molekulárne testovanie, pričom niekoľko sekvenovaných genómov bolo nahraných do databázy Global Initiative on Sharing All Influenza Data (GISAID). Genóm opičích kiahní pozostáva z približne 200 kilobázových párov, ktoré zahŕňajú jeho dvojreťazec deoxyribonukleovej kyseliny (DNA).

Nedávno bolo do GISAID nahraných deväť genómov zo Spojených štátov, Thajska a Indie zo šiestich klinických izolátov priradených k inej línii, A.2. Táto línia pozostáva zo 16 jedinečných mutácií, z ktorých deväť je nesynonymných.

Podľa fylogenetického modelu sa výskumníci z CSIR Institute of Genomics and Integrative Biology (CSIR-IGIB) pokúsili odhadnúť čas od najnovšieho spoločného predka (tMRCA) tejto línie.

Výsledky štúdie

tMRCA línie A.2 bola k 25. júnu 2021. Priemerná miera substitúcií nukleotidov bola oveľa nižšia ako v prípade línie B.1 5,53 x 10-5 v porovnaní s 1,13 x 10-4 so zvyšujúcou sa mierou substitúcie B.1.

Šírenie línie A.2 sa preto mohlo začať roky pred vypuknutím na začiatku roku 2022, najmä preto, že najskorší genóm pochádza zo vzorky zozbieranej v júli 2021.

Genómy analyzované v súčasnej štúdii pochádzajú od mužov, ktorí cestovali do Spojených arabských emirátov alebo Nigérie. To naznačuje samostatný reťazec prenosu medzi ľuďmi bez priameho zoonotického prenosu cez medzinárodné hranice. Dôležité je, že toto rozšírenie nebolo rozpoznané až do súčasnej štúdie.

Tento reťazec prenosu nemusí súvisieť s veľkou epidémiou opičích kiahní v roku 2022, ktorá mohla byť odhalená vďaka zvýšenému povedomiu, dohľadu a širšej dostupnosti diagnostiky.“

Výsledky štúdie zdôrazňujú dôležitosť genómového dohľadu nad všetkými novými patogénmi pre politiku verejného zdravia a epidemiologické poznatky.

*Dôležitá POZNÁMKA

bioRxiv publikuje predbežné vedecké správy, ktoré neboli recenzované, a preto by sa nemali považovať za presvedčivé, usmerňujú klinickú prax/správanie v oblasti zdravia, ani by sa nemali považovať za overené informácie.

Referencie:

• Jolly, B. & Scari, V. (2022). Ein eindeutiger phylogenetischer Cluster von Affenpocken-Genomen deutet auf eine frühe und kryptische Ausbreitung des Virus hin. bioRxiv. doi:10.1101/2022.07.30.502168. https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2022.07.30.502168v1
• Untersuchung des Affenpocken-Ausbruchs in England: Technisches Briefing 1 (2022). Abgerufen von https://www.gov.uk/government/publications/monkeypox-outbreak-technical-briefings/investigation-into-monkeypox-outbreak-in-england-technical-briefing-1. Zugriff am 3. August 2022.

.