对猴痘病毒基因组的分析表明它传播得很早且神秘

对猴痘病毒基因组的分析表明它传播得很早且神秘

预印本服务器上发布的一项新研究 生物Rxiv* 报告鉴定了来自三个国家的一组猴痘病毒 A.2 谱系基因组，这些病毒与造成当前疫情的更大的 B.1 谱系不同。 这些观察结果表明，A.2 猴痘病例并不是当前 2022 年全球猴痘病毒爆发的一部分，而是通过不同的传播链发生的。

学习： 猴痘基因组的清晰系统发育簇表明该病毒的早期且隐秘的传播。照片来源：joshimerbin / Shutterstock.com

介绍

直到最近，猴痘病毒在几个中非国家流行，通常会引起单个或多个水疱性病变，这些病变通常会自行消退。 猴痘病毒感染此前曾被认为与接触野生动物或有症状的受感染个体有关。

自 2022 年 5 月上旬以来，已在世界多个非流行地区发现了猴痘病毒。 这些患者很少报告去过流行国家的旅行史，大约 75% 的患者报告最近去过另一个欧洲国家。 当前疫情中的感染者几乎都是男男性行为者（MSM），病毒显然主要通过性接触传播。

此次暴发期间猴痘感染的症状特征也较之前的表型发生了变化，表明病毒生物学发生了显着变化。

当前爆发的首例猴痘感染可追溯到欧洲的一次事件，该病毒可能已传播给许多人。 该病毒随后传播到 75 个国家，截至 7 月底报告新增病例超过 20,000 例。 目前，猴痘病毒疫情已被世界卫生组织（WHO）列为国际关注的突发公共卫生事件。

因此，加强了基因组监测和分子测试，多个测序基因组已上传至全球流感数据共享倡议 (GISAID) 数据库。 猴痘基因组由大约 200 个碱基对组成，包含脱氧核糖核酸 (DNA) 双链。

最近，来自美国、泰国和印度的 6 个临床分离株的 9 个基因组被上传到 GISAID，这些分离株被分配到不同的谱系 A.2。 该谱系由 16 个独特的突变组成，其中 9 个是非同义的。

根据系统发育模型，CSIR 基因组学和整合生物学研究所 (CSIR-IGIB) 的研究人员试图估计该谱系最近共同祖先 (tMRCA) 的时间。

研究结果

A.2系的tMRCA截至2021年6月25日。随着B.1取代率的增加，核苷酸取代率的平均水平远低于B.1系，为5.53 x 10-5，而B.1系的平均取代率为1.13 x 10-4。

因此，A.2谱系的传播可能早在2022年初疫情爆发前几年就开始了，特别是因为最早的基因组来自于2021年7月收集的样本。

当前研究中分析的基因组来自前往阿拉伯联合酋长国或尼日利亚的男性。 这表明人与人之间存在单独的传播链，没有直接跨越国际边界的人畜共患病传播。 重要的是，直到当前的研究才认识到这种传播。

这一传播链可能与 2022 年大规模猴痘爆发无关，由于认识的提高、监测和诊断方法的广泛应用，该疫情可能已被发现。”

研究结果强调了对所有新出现的病原体进行基因组监测对于公共卫生政策和流行病学知识的重要性。

*重要注意事项

bioRxiv 发布未经同行评审的初步科学报告，因此不应被视为结论性的、指导临床实践/健康行为的报告，或被视为既定信息。

参考：

• Jolly, B. & Scari, V. (2022). Ein eindeutiger phylogenetischer Cluster von Affenpocken-Genomen deutet auf eine frühe und kryptische Ausbreitung des Virus hin. bioRxiv. doi:10.1101/2022.07.30.502168. https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2022.07.30.502168v1
• Untersuchung des Affenpocken-Ausbruchs in England: Technisches Briefing 1 (2022). Abgerufen von https://www.gov.uk/government/publications/monkeypox-outbreak-technical-briefings/investigation-into-monkeypox-outbreak-in-england-technical-briefing-1. Zugriff am 3. August 2022.

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