Suche
Mein Konto
تحليل 11 مجموعة PCR متاحة تجارياً للكشف عن الحمض النووي لفيروس جدري القرود
في دراسة حديثة نُشرت على خادم medRxiv*: قام باحثون في ألمانيا وسويسرا بتقييم 11 مجموعة من تفاعل البوليميراز المتسلسل للنسخ العكسي (RT-PCR) (من A إلى L) للكشف عن فيروس جدري القرود (MPXV). التعلم: تقييم إحدى عشرة مجموعة من أدوات تفاعل البوليميراز المتسلسل (PCR) المتاحة تجارياً للكشف عن الحمض النووي لفيروس جدري القرود. مصدر الصورة: Salov Evgeniy / Shutterstock *ملاحظة مهمة: ينشر medRxiv تقارير علمية أولية لم تخضع لمراجعة النظراء، وبالتالي لا ينبغي اعتبارها قاطعة، أو تهدف إلى توجيه الممارسة السريرية/السلوك المتعلق بالصحة، أو التعامل معها على أنها معلومات ثابتة. الخلفية: منذ مايو 2022، بدأت حالات فيروس MPXV في الزيادة في جميع أنحاء العالم، وخاصة في أوروبا والولايات المتحدة. قبل …
تحليل 11 مجموعة PCR متاحة تجارياً للكشف عن الحمض النووي لفيروس جدري القرود
وفي دراسة حديثة نشرت في medRxiv * الخادم: قام باحثون في ألمانيا وسويسرا بتقييم 11 مجموعة من أدوات تفاعل البلمرة المتسلسل للنسخ العكسي (RT-PCR) (من A إلى L) للكشف عن فيروس جدري القرود (MPXV).
*ملاحظة هامة:ينشر medRxiv تقارير علمية أولية لا تخضع لمراجعة النظراء، وبالتالي لا ينبغي اعتبارها نهائية، أو تهدف إلى توجيه الممارسة السريرية/السلوك المتعلق بالصحة، أو التعامل معها على أنها معلومات ثابتة.
خلفية
اعتبارًا من مايو 2022، بدأت حالات فيروس MPXV في الزيادة في جميع أنحاء العالم، وخاصة في أوروبا والولايات المتحدة. وفي السابق، كان هذا المرض متوطناً في وسط وغرب أفريقيا لمدة 50 عاماً تقريباً. ونتيجة لذلك، تم إعلان تفشي فيروس MPXV لعام 2022 كحالة طوارئ صحية عامة تثير قلقًا دوليًا في 23 يوليو 2022.
لذلك، كان توفر مجموعات RT-PCR للكشف عن فيروسات الأرثوبوكس (OPVs)، وخاصة فيروسات MPXV، ضئيلًا قبل عام 2022. لذلك، اعتمدت المختبرات المتخصصة على البروتوكولات الداخلية للتشخيص. أصبحت مجموعات اختبار RT-PCR الجاهزة للاستخدام لتشخيص فيروس MPXV متاحة مؤخرًا فقط.
حول الدراسة
في هذه الدراسة، قام الباحثون بتقييم 11 مجموعة RT-PCR جاهزة للاستخدام لتشخيص فيروس MPXV باستخدام سير العمل التشخيصي المرجعي للمختبر الاستشاري الألماني لفيروسات الجدري. تضمنت اللوحة المرجعية المكونة من 18 عينة الحمض النووي الريبي منقوص الأكسجين (DNA) من النوع MPXV clade I، وclade IIa، وclade IIb، وOPVs الأخرى، وفيروس الحماق النطاقي (VZV). وبشكل أكثر تحديدًا، كان هناك PCR عام لـ OPV، وPCR خاص بـ MPXV، وPCR خاص بـ MPXV clade II.
قامت هذه المجموعات بتحليل جميع العينات في نسختين؛ بالإضافة إلى ذلك، أضاف الفريق عنصر تحكم تثبيط إلى هذه العينات قبل استخراج الحمض النووي الفيروسي. وتأكد الفريق من أخذ العينات المناسبة باستخدام تفاعل RT-PCR الخاص بالحمض النووي البشري.
استخدم الباحثون دليل الشركة المصنعة لتشغيل هذه المجموعات التشخيصية، وكلها معدة للحصول على أقل قيم ممكنة لعتبة الدورة (CT). بالإضافة إلى ذلك، تأكد الباحثون من إمكانية مقارنة جميع مجموعات الاختبار الـ 11. وللقيام بذلك، قاموا بتشغيل هذه المجموعات على جهاز التدوير BioRad CFX 96 في الوقت الحقيقي، والذي يتوافق مع الفلوروفورات المستخدمة في هذه الاختبارات.
للحصول على توصيف أكثر تفصيلاً لمجموعات الاختبار، سجل الفريق قيم الأشعة المقطعية لكل عينة من الحمض النووي بالنسبة لعدد مكافئات الجينوم (GE)، على النحو المحدد باستخدام منحنى البلازميد القياسي. أخيرًا، قاموا بفحص ميل المنحنى، الذي يعكس كفاءة RT-PCR، والتقاطع Y، الذي يشير إلى الحد الأدنى النظري لقيمة CT التي تم الحصول عليها من خلال الفحص.
نتائج الدراسة
بالنسبة لعزل MPXV من الفئة II لعام 2012، باستثناء المجموعة F، أظهرت جميع المجموعات قيم CT في النطاق المتوقع. علاوة على ذلك، فقد أظهروا حساسية تحليلية جيدة مع قيم CT تبلغ 36، مما يعكس أقل من خمسة GE لكل تفاعل. ومع ذلك، عند قيمة CT البالغة 38، والتي تقابل أقل من GE واحد لكل تفاعل وبأقل تخفيف، فشلت مجموعتان واثنان من PCRs المرجعية العامة لـ OPV وMPXV في اكتشاف كلتا العينتين. من ناحية أخرى، لم تتمكن ستة مجموعات من اكتشاف سوى واحدة من التكرارتين؛ اكتشفت ثلاث مجموعات ومرجع RT-PCR الخاص بالفرع الثاني كليهما، مما يشير إلى حساسية تحليلية عالية. تجدر الإشارة إلى أن فشل النسخة المكررة لا يعكس بالضرورة ضعف أداء الاختبار.
بالنسبة إلى clade IIb، أظهرت هذه المجموعات معدلات اكتشاف أفضل قليلاً للعينات ذات قيم الأشعة المقطعية الأعلى. لذلك، لم تتمكن Kit L من اكتشاف العينات ذات قيم CT البالغة 38، بينما اكتشفت معظم المجموعات نسخة متماثلة واحدة. مرة أخرى، فشلت المجموعة K في اكتشاف نسخة متماثلة لعينة بقيمة CT تبلغ 32، بينما فشلت ثلاث مجموعات في اكتشاف حتى نسخة متماثلة من أدنى تركيز بقيمة CT تبلغ 35 مقابل clade I MPXV. حققت هذه المجموعات قيم CT مماثلة لمعظم العينات، خاصة بالنظر إلى أحجام العينات المختلفة المستخدمة لكل تفاعل. ربما ساهم في ما يقرب من اثنين إلى ثلاثة تحولات في قيمة CT.
في بعض أدلة الاختبار، تم التعبير عن حد الكشف (LOD) بنسخ الحمض النووي/مل، وهو ليس قياسًا مثاليًا للقشور وعينات المسحة الجافة. ولحسن الحظ، عملت جميع عناصر التحكم المضمنة في المجموعة كما هو متوقع. بالإضافة إلى ذلك، يتم إجراء مجموعات الاختبار هذه ضمن النطاق المحدد في الأدلة الخاصة بها.
دبلوم
بشكل عام، أظهرت المجموعات الـ 11 التي تم تقييمها في الدراسة الحالية حساسية كشف عالية وقابلة للمقارنة لـ MPXV clade I وII DNA. ولذلك، يبدو أن هذه المجموعات مناسبة لتحديد أحمال الحمض النووي لـ MPXV ذات الصلة سريريًا من الآفات الجلدية التي تم أخذ عينات منها بشكل صحيح. واتساقًا مع الغرض المقصود منها، أظهرت هذه المجموعات حساسية تحليلية فائقة تجاه MPXV أو OPVs واستخدمت عينات تحتوي على أقل من خمسة GE تقريبًا لكل تفاعل أو قيم CT تبلغ 36.
وأشار الباحثون إلى أن هذه المجموعات وغيرها التي تدخل القطاع التجاري مخصصة حاليًا للأغراض البحثية. ويلزم توفير المزيد من البيانات قبل استخدامها للكشف بشكل موثوق عن فيروس MPXV في العينات السريرية. عندها فقط ستدعم هذه المجموعات المجتمعات حول العالم بتشخيص فيروس MPXV.
*ملاحظة هامة:ينشر medRxiv تقارير علمية أولية لا تخضع لمراجعة النظراء، وبالتالي لا ينبغي اعتبارها نهائية، أو تهدف إلى توجيه الممارسة السريرية/السلوك المتعلق بالصحة، أو التعامل معها على أنها معلومات ثابتة.
مرجع:
- Vorläufiger wissenschaftlicher Bericht.
Evaluierung von elf kommerziell erhältlichen PCR-Kits zum Nachweis von Monkeypox-Virus-DNA, Janine Michel, Angelina Targosz, Thomas Rinner, Daniel Bourquain, Annika Brinkmann, Jilian A. Sacks, Lars Schaade, Andreas Nitsche, medRxiv Pre-Print 2022, DOI: https://doi.org/10.1101/2022.10.14.22281096, https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2022.10.14.22281096v1
.