Analyses de 11 kits PCR disponibles dans le commerce pour la détection de l'ADN du virus de la variole du singe

Analyses de 11 kits PCR disponibles dans le commerce pour la détection de l'ADN du virus de la variole du singe

Dans une étude récente publiée dans medRxiv * Serveur : Des chercheurs allemands et suisses ont évalué 11 kits commerciaux de réaction en chaîne par polymérase à transcription inverse (RT-PCR) (A à L) pour la détection du virus de la variole du singe (MPXV).

Apprendre: Évaluation de onze kits PCR disponibles dans le commerce pour la détection de l'ADN du virus de la variole du singe. Crédit photo : Salov Evgeniy / Shutterstock

*REMARQUE importante :medRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et ne doivent donc pas être considérés comme concluants, destinés à guider la pratique clinique/le comportement lié à la santé, ou traités comme des informations établies.

arrière-plan

À partir de mai 2022, les cas de MPXV ont commencé à augmenter dans le monde entier, notamment en Europe et aux États-Unis. Auparavant, cette maladie était endémique en Afrique centrale et occidentale depuis près de 50 ans. En conséquence, l’épidémie de MPXV de 2022 a été déclarée urgence de santé publique de portée internationale le 23 juillet 2022.

Par conséquent, la disponibilité de kits RT-PCR pour détecter les orthopoxvirus (OPV), en particulier les MPXV, était négligeable avant 2022. Les laboratoires spécialisés s’appuyaient donc sur des protocoles internes pour le diagnostic. Des kits de test RT-PCR prêts à l’emploi pour le diagnostic du MPXV ne sont disponibles que récemment.

À propos de l'étude

Dans la présente étude, les chercheurs ont évalué 11 kits RT-PCR prêts à l’emploi pour le diagnostic du MPXV à l’aide du flux de travail de diagnostic de référence du Laboratoire consultatif allemand pour les poxvirus. Le panel de référence de 18 échantillons comprenait de l'acide désoxyribonucléique (ADN) du clade I, du clade IIa et du clade IIb du MPXV, d'autres OPV et du virus varicelle-zona (VZV). Plus précisément, il existait une PCR OPV générique, une PCR spécifique au MPXV et une PCR spécifique au clade II du MPXV.

Ces kits ont analysé tous les échantillons en double ; De plus, l’équipe a ajouté un contrôle d’inhibition à ces échantillons avant d’extraire l’ADN viral. L’équipe a assuré un échantillonnage approprié à l’aide d’une réaction RT-PCR spécifique à l’ADN humain.

Les chercheurs ont utilisé le manuel du fabricant pour exécuter ces kits de diagnostic, tous configurés pour obtenir les valeurs de seuil de cycle (CT) les plus basses possibles. De plus, les chercheurs ont assuré la comparabilité des 11 kits de test. Pour ce faire, ils ont exécuté ces kits sur le cycleur en temps réel BioRad CFX 96, compatible avec les fluorophores utilisés dans ces tests.

Pour une caractérisation plus détaillée des kits de test, l’équipe a enregistré les valeurs CT pour chaque échantillon d’ADN par rapport au nombre d’équivalents génomes (GE), tel que déterminé à l’aide d’une courbe standard de plasmide. Enfin, ils ont examiné la pente de la courbe, qui reflète l’efficacité de la RT-PCR, et l’ordonnée à l’origine, qui indique la valeur CT minimale théorique obtenue avec un test.

Résultats de l'étude

Pour l'isolat MPXV de classe II de 2012, à l'exception du kit F, tous les kits ont montré des valeurs CT dans la plage attendue. De plus, ils ont montré une bonne sensibilité analytique avec des valeurs CT de 36, reflétant moins de cinq GE par réaction. Cependant, à une valeur CT de 38, ce qui correspond à moins d’un GE par réaction et à la dilution la plus faible, deux kits et deux PCR génériques de référence pour l’OPV et le MPXV n’ont pas réussi à détecter les deux échantillons. En revanche, six kits n’ont pu détecter qu’un seul des deux doublons ; Trois kits et une RT-PCR de référence spécifique au clade II ont détecté les deux, indiquant une sensibilité analytique élevée. Il convient de noter que l’échec d’un duplicata ne reflète pas nécessairement de mauvaises performances de test.

Pour le clade IIb, ces kits ont montré des taux de détection légèrement meilleurs pour les échantillons présentant des valeurs CT plus élevées. Par conséquent, le kit L n’a pas pu détecter les échantillons avec des valeurs CT de 38, alors que la plupart des kits ont détecté une seule répétition. Encore une fois, le kit K n'a pas réussi à détecter une répétition d'un échantillon avec une valeur CT de 32, tandis que trois kits n'ont pas réussi à détecter même une répétition de la concentration la plus faible avec une valeur CT de 35 contre le clade I MPXV. Ces kits ont atteint des valeurs CT similaires pour la plupart des échantillons, en particulier compte tenu des différents volumes d'échantillons utilisés par réaction. Cela aurait pu contribuer à près de deux à trois changements de valeur CT.

Dans certains manuels de tests, la limite de détection (LOD) était exprimée en copies d'ADN/mL, ce qui ne constitue pas une mesure optimale pour les croûtes et les échantillons secs sur écouvillon. Heureusement, tous les contrôles inclus dans les kits ont fonctionné comme prévu. De plus, ces kits de test ont fonctionné dans la plage spécifiée dans leurs manuels respectifs.

Diplôme

Dans l’ensemble, les 11 kits évalués dans la présente étude ont démontré une sensibilité de détection comparable et élevée pour les ADN des clades I et II du MPXV. Par conséquent, ces kits semblaient adaptés à la détermination des charges d’ADN MPXV cliniquement pertinentes à partir de lésions cutanées correctement échantillonnées. Conformément à leur objectif prévu, ces kits ont démontré une sensibilité analytique supérieure au MPXV ou aux OPV et ont utilisé des échantillons avec moins d'environ cinq GE par réaction ou des valeurs CT de 36.

Les chercheurs ont noté que ces kits et d'autres entrant dans le secteur commercial sont actuellement destinés à des fins de recherche. Davantage de données sont nécessaires avant de pouvoir être utilisées pour détecter de manière fiable le MPXV dans des échantillons cliniques. Ce n’est qu’alors que ces kits pourraient aider les communautés du monde entier à diagnostiquer le MPXV.

*REMARQUE importante :medRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et ne doivent donc pas être considérés comme concluants, destinés à guider la pratique clinique/le comportement lié à la santé, ou traités comme des informations établies.

Référence:

• Vorläufiger wissenschaftlicher Bericht.
  Evaluierung von elf kommerziell erhältlichen PCR-Kits zum Nachweis von Monkeypox-Virus-DNA, Janine Michel, Angelina Targosz, Thomas Rinner, Daniel Bourquain, Annika Brinkmann, Jilian A. Sacks, Lars Schaade, Andreas Nitsche, medRxiv Pre-Print 2022, DOI: https://doi.org/10.1101/2022.10.14.22281096, https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2022.10.14.22281096v1

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