11种市售猴痘病毒DNA检测PCR试剂盒的分析

11种市售猴痘病毒DNA检测PCR试剂盒的分析

在最近发表的一项研究中 医学Rxiv * 服务器：德国和瑞士的研究人员评估了 11 种用于检测猴痘病毒 (MPXV) 的商业逆转录聚合酶链反应 (RT-PCR) 试剂盒（A 到 L）。

学习： 11种市售猴痘病毒DNA检测PCR试剂盒的评价 。 照片来源：Salov Evgeniy / Shutterstock

*重要提示：medRxiv 发布未经同行评审的初步科学报告，因此不应被视为结论性报告，旨在指导临床实践/健康相关行为，或被视为既定信息。

背景

从 2022 年 5 月起，MPXV 病例在全球范围内开始增加，特别是在欧洲和美国。 此前，这种疾病在中非和西非流行了近50年。 因此，2022 年 MPXV 疫情于 2022 年 7 月 23 日被宣布为国际关注的突发公共卫生事件。

因此，在 2022 年之前，用于检测正痘病毒 (OPV)（尤其是 MPXV）的 RT-PCR 试剂盒的可用性可以忽略不计。因此，专业实验室依赖于内部协议进行诊断。 用于诊断 MPXV 的即用型 RT-PCR 检测试剂盒最近才上市。

关于该研究

在本研究中，研究人员使用德国痘病毒咨询实验室参考诊断工作流程评估了 11 种用于 MPXV 诊断的即用型 RT-PCR 试剂盒。 18 个样本参考组包括来自 MPXV 进化枝 I、进化枝 IIa 和进化枝 IIb、其他 OPV 和水痘带状疱疹病毒 (VZV) 的脱氧核糖核酸 (DNA)。 更具体地说，有通用 OPV PCR、MPXV 特异性 PCR 和 MPXV clade II 特异性 PCR。

这些试剂盒一式两份地分析所有样品； 此外，该团队还在提取病毒 DNA 之前向这些样本中添加了抑制对照。 该团队使用人类 DNA 特异性 RT-PCR 反应确保正确采样。

研究人员使用制造商的手册来运行这些诊断套件，所有设置都是为了获得尽可能低的循环阈值 (CT)。 此外，研究人员还确保了所有 11 种检测试剂盒的可比性。 为此，他们在 BioRad CFX 96 实时循环仪上运行这些试剂盒，该循环仪与这些测试中使用的荧光团兼容。

为了更详细地表征测试套件，团队记录了每个 DNA 样本相对于基因组当量 (GE) 数量的 CT 值，使用质粒标准曲线确定。 最后，他们检查了曲线的斜率（反映 RT-PCR 效率）和 Y 截距（表示通过测定获得的理论最小 CT 值）。

研究结果

对于2012年II类MPXV分离株，除试剂盒F外，所有试剂盒的CT值均在预期范围内。 此外，它们表现出良好的分析灵敏度，CT 值为 36，反映每个反应少于 5 个 GE。 然而，当 CT 值为 38（相当于每次反应不到 1 GE）且在最低稀释度时，OPV 和 MPXV 的两个试剂盒和两个通用参考 PCR 未能检测到这两个样本。 另一方面，六个试剂盒只能检测到两个重复项中的一个； 三个试剂盒和进化枝 II 特异性参考 RT-PCR 均检测到了这两种情况，表明分析灵敏度很高。 值得注意的是，重复的失败并不一定反映测试性能不佳。

对于进化枝 IIb，这些试剂盒对 CT 值较高的样品显示出稍高的检出率。 因此，Kit L无法检测到CT值为38的样本，而大多数试剂盒只能检测到单个重复。 同样，试剂盒 K 未能检测到 CT 值为 32 的样品的复制品，而三个试剂盒甚至未能检测到针对进化枝 I MPXV 的 CT 值为 35 的最低浓度的复制品。 这些试剂盒对大多数样品实现了相似的 CT 值，特别是考虑到每个反应使用的不同样品体积。 它可能导致了近两到三个 CT 值的变化。

在一些测试手册中，检测限 (LOD) 以 DNA 拷贝数/mL 表示，这对于结皮和干拭子样本来说并不是最佳测量方法。 幸运的是，套件中包含的所有控件都按预期工作。 此外，这些测试套件的性能均在各自手册中指定的范围内。

文凭

Insgesamt zeigten die 11 in der aktuellen Studie bewerteten Kits eine vergleichbare and hohe Nachweisempfindlichkeit für MPXV-Clade-I- und -II-DNAs. 因此，这些试剂盒似乎适合从正确采样的皮肤病变中确定临床相关的 MPXV DNA 载量。 分析套件中的 MPXV 或 OPV 和验证问题，并使用 GE pro Reaktion 或 CT-Werten von 36 进行测试。

研究人员指出，这些试剂盒和其他进入商业领域的试剂盒目前用于研究目的。 需要更多数据才能用于可靠地检测临床样本中的 MPXV。 只有这样，这些试剂盒才能为世界各地的社区提供 MPXV 诊断支持。

*重要提示：medRxiv 发布未经同行评审的初步科学报告，因此不应被视为结论性报告，旨在指导临床实践/健康相关行为，或被视为既定信息。

参考：

• Vorläufiger wissenschaftlicher Bericht.
  Evaluierung von elf kommerziell erhältlichen PCR-Kits zum Nachweis von Monkeypox-Virus-DNA, Janine Michel, Angelina Targosz, Thomas Rinner, Daniel Bourquain, Annika Brinkmann, Jilian A. Sacks, Lars Schaade, Andreas Nitsche, medRxiv Pre-Print 2022, DOI: https://doi.org/10.1101/2022.10.14.22281096, https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2022.10.14.22281096v1

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