Le séquençage du génome entier pourrait aider à freiner la propagation de bactéries résistantes aux médicaments dans les hôpitaux

Le séquençage du génome entier pourrait aider à freiner la propagation de bactéries résistantes aux médicaments dans les hôpitaux

La propagation des bactéries résistantes aux antibiotiques dans les hôpitaux a été considérablement réduite grâce aux recherches de l’Université du Queensland et du Queensland Health.

Une équipe comprenantDr Patrick Harris etDr Brian Forde de l'UQLe Centre de recherche clinique a utilisé le séquençage du génome entier comme outil de surveillance pour identifier, suivre et perturber rapidement les agents pathogènes à l'origine de graves infections nosocomiales (IAS).

Le Dr Harris a déclaré que les IAS sont courantes et associées à de moins bons résultats pour les patients et à des coûts excessifs liés aux soins de santé.

Plus de 9 pour cent des personnes admises à l’hôpital en Australie souffrent d’une IAS, et le coût du traitement met à rude épreuve un système de santé débordé.

Les impacts sont exacerbés par la résistance croissante aux antimicrobiens.

Si les bactéries résistantes provoquent des maladies graves telles que des infections du sang, le taux de mortalité peut atteindre 20 pour cent.

Dr Patrick Harris, Centre de recherche clinique de l'UQ

L'étude de quatre ans a comparé les bactéries résistantes aux antibiotiques collectées auprès de patients dans les hôpitaux du Queensland afin d'identifier les connexions génomiques et donc la transmission de patient à patient.

« Les méthodes traditionnelles de contrôle des infections et de diagnostic ne peuvent pas suivre avec précision les bactéries qui causent ces infections ni détecter les événements de transmission dans les hôpitaux », a déclaré le Dr Harris.

"Mais les tests génomiques peuvent potentiellement prévenir des centaines d'infections, économiser des millions de dollars en coûts de santé excessifs et, à terme, réduire les souffrances et les décès des patients."

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L’équipe de recherche a séquencé et comparé les génomes de plus de 3 000 bactéries différentes pour fournir une notification précoce du regroupement, un marqueur clé d’une transmission probable à l’hôpital.

Le Dr Forde a déclaré que la clé du succès du projet réside dans l'utilisation continue de la génomique comme outil de surveillance.

« En utilisant le séquençage de cette manière, nous avons pu identifier, suivre et interrompre la transmission de ces bactéries en temps réel », a déclaré le Dr Forde.

« En utilisant la génomique avec les données épidémiologiques disponibles, nous avons également pu faire la distinction entre la transmission hospitalière et communautaire et diriger les efforts de contrôle des infections là où ils étaient le plus nécessaires. »

Le projet, financé par Queensland Health, a démontré qu'il est possible d'utiliser en routine la surveillance génomique en temps réel des IAS.

« Bien que difficiles à mettre en œuvre, les stratégies de prévention des infections basées sur la génomique sont susceptibles de devenir la nouvelle référence », a déclaré le Dr Forde.

« Les coûts importants associés à l’exploitation de ce service en tant que service seraient justifiés par les économies potentielles pour le système de santé et par une meilleure prévention des IAS chez les patients vulnérables. »

La recherche, financée par le programme Queensland Genomics de Queensland Health, a été publiée dansMaladies infectieuses cliniques.

Source:

L'Université du Queensland

Référence:

Forde, BM et coll. (2022) Mise en œuvre clinique du séquençage de routine du génome entier pour le contrôle des infections hospitalières d’agents pathogènes multirésistants. Maladies infectieuses cliniques. est ce que je.org/10.1093/cid/ciac726.

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