Uuring näitab, et nahkhiired on arenaviiruste jaoks alahinnatud reservuaar

Uuring näitab, et nahkhiired on arenaviiruste jaoks alahinnatud reservuaar

Hiljutises uuringus, mis avaldati USA haiguste tõrje ja ennetamise keskuste (CDC) ajakirjas. Tekkivad nakkushaigused teadlaste meeskond teatas arenaviiruse ribonukleiinhappe (RNA) tuvastamisest erinevatest nahkhiireliikidest, mis võeti Brasiilias aastatel 2007–2011.

Lernen: Sehr unterschiedliche Arenaviren in neotropischen Fledermäusen, Brasilien. Bildnachweis: Kateryna Kon/Shutterstock

taustal

Viiruse perekonna Arenaviridae neljast perekonnast on Mammarenavirus ainus perekond, mis nakatab imetajaid. Perekond jaguneb uue maailma arenaviirusteks ja kooriomeningiidi-Lassa viiruse serokompleksiks, mis on levinud kogu maailmas. Mõned Uue Maailma arenaviirused, nagu Junin, Chapare, Guanarito, Machupo ja Sabia viirused, põhjustavad inimestel hemorraagilist palavikku.

Kui patogeensed arenaviirused kanduvad inimestele üldiselt edasi nakatunud näriliste kaudu, siis nahkhiirtel leiduv ja inimesele mittenakkav Tacaribe mammarynavirus põhjustab anekdootlikult teadaolevalt gripilaadseid sümptomeid. Kuigi nahkhiirtel on teadaolevalt zoonootilised viirused, on nahkhiirte ja arenaviiruste seose kohta piiratud epidemioloogilisi tõendeid, mis koosnevad peamiselt ühest isoleeritud viirusest ja nahkhiirte eksperimentaalsetest nakkustest.

Kuna aga Tacaribe viirus kuulub samasse rühma hemorraagilist palavikku põhjustavate viirustega, millel on samuti immuunsüsteemist kõrvalehoidmine ja rakutropism, ei saa välistada Tacaribe viiruse põhjustatud tõsiste infektsioonide võimalust.

Õppimisest

Käesolevas uuringus kogusid teadlased Brasiilia kaguosast nahkhiirte proove ja analüüsisid proovidest põrna, kopsu, soolestikku, neerusid ja maksakudesid. Nad kogusid kokku 1047 nahkhiirt 32 liigist ja analüüsisid 3670 koeproovi. Arenaviiruse RNA tuvastamiseks viisid nad läbi pöördtranskriptsiooni-polümeraasi ahelreaktsiooni (RT-PCR) modifitseeritud praimeritega, et amplifitseerida Uue Maailma arenaviiruste RNA-sõltuva RNA polümeraasi geeni osalisi järjestusi.

Lisaks kasutasid nad Illumina-põhist sügavsekveneerimist, et saada kahest kogutud nahkhiireliigist täielikud arenaviirust kodeerivad järjestused. RT-PCR-ist saadud järjestusi ja täielikke kodeerivaid järjestusi kasutati fülogeneetilisteks analüüsideks ja homogeensete järjestuste kauguste määramiseks.

Tulemused

Tulemused näitasid arenaviiruse RNA-d 1,62%-l (17-st 1047-st) uuritud nahkhiirtest, kes kuulusid kolme liiki – üks Artibeus planirostris, neli Artibeus lituratus ja 12 Carollia perspicillata. Kahe Artibeuse liigi viirused identifitseeriti kui Tacaribe mammarenavirus, samas kui Carollia perspicillata 12 proovis tuvastatud viirus tuvastati uue liigina, millele autorid panid nimeks Tietê mammarenavirus.

Kõik proovid koguti metsa- ja linnapiirkondades üksteisest 60 km kaugusel, mis viitab võimalikule viiruse reservuaarile piirkonnas nahkhiirtes. Sarnased viiruse tasemed leiti põrna ja kopsu kudedes, mis viitab süsteemsele infektsioonile. Suurim arenaviiruse kontsentratsioon leiti soolestiku koeproovis, mis viitab enteraalsele viiruse eritumisele.

Osalise RNA-st sõltuva RNA polümeraasi geenijärjestuse põhjal tehtud fülogeneetiline rekonstrueerimine paljastas Brasiilias kaks uue maailma arenaviiruste klade. Kahe Artibeuse liigi arenaviirused moodustasid ühe klaadi, samas kui Carollia perspicillata proovide järjestused moodustasid teise kladi. Täielikud kodeerivad järjestused näitasid teiste mammarenaviirustega identset genoomikorraldust ja moodustasid Tacaribe viirusega monofüleetilise rühma, mis oli hästi toetatud.

Maksimaalse tõenäosuse puu, mis kasutas suurte segmentide täielikke geene, taastas kogu klaadi, mis sisaldas Tacaribe viirust ja Brasiiliast pärit järjestusi Junini ja Machupo uue maailma arenaviiruste õena.

Kuid fülogeneetiline analüüs, milles kasutati täielikke väikese segmendi geene, näitas sõsarsuhet Ocozocoautla de Espinosa viiruse ja Brasiilia järjestusi ja Tacaribe viiruse järjestusi sisaldava kladi vahel.

Arvatakse, et Ocozocoautla de Espinosa viirus põhjustas Mehhikos hemorraagilise palaviku puhangu. Lisaks ei näidanud rekombinatsioonianalüüsid ja järjestuste kaugused rekombinatsiooni sündmusi.

Carollia perspicillata proovide uute viiruseliikide taksonoomiline hindamine põhines paaris järjestuste võrdlusel Tacaribe viirusega, mis näitas nukleotiidjärjestuse identsust alla 80% ja nukleokapsiidi valgu aminohapete identsust 88,6% kuni 90% ja erineva peremehe olemasolu. Liik sai nime proovivõtukoha lähedal asuva jõe järgi.

Järeldused

Kokkuvõttes uuriti uuringus Brasiilia edelaosas kogutud nahkhiirte liike arenaviiruse RNA olemasolu suhtes, kasutades järjestuse amplifikatsiooni meetodeid. Tulemused näitasid kolme nahkhiireliigi arenaviiruse RNA olemasolu, mis moodustas 1,62% kogu proovi suurusest.

Fülogeneetilised analüüsid näitasid, et nahkhiirte proovides tuvastatud arenaviirused on tihedalt seotud nahkhiirtest leitud uue maailma arenaviiruse Tacaribe viirusega. Üks avastatud arenaviirustest on uus liik ja kandis nime Tietê Mammarenavirus.

Kuigi uue maailma arenaviirusi leidub üldiselt närilistel, näitavad selle uuringu tulemused, et nahkhiired võivad olla arenaviiruse reservuaarid ja neid tuleb täiendavalt uurida.

Viide:

• Góes LGB, Fischer C, Campos ACA, de Carvalho C, Moreira-Soto A, Ambar G, et al. (2022) Hochgradig vielfältige Arenaviren in neotropischen Fledermäusen, Brasilien. Neu auftretende Infektionskrankheiten. doi: https://doi.org/10.3201/eid2812.220980 https://wwwnc.cdc.gov/eid/article/28/12/22-0980_article

.