التقرير الأول عن إعادة التركيب الطبيعي لجينوم فيروس جدري القرود

التقرير الأول عن إعادة التركيب الطبيعي لجينوم فيروس جدري القرود

في دراسة نشرت مؤخرا medRxiv * خادم الطباعة المسبقة، قام الباحثون بتحليل تسلسلات فيروس جدري القرود (MPXV) أثناء تفشي المرض الحالي في عام 2022 للتحقيق في ما إذا كان فيروس MPXV يتكيف لتحسين البقاء على قيد الحياة وانتقال الفيروس بين البشر.

Lernen: Rekombination prägt den Ausbruch der Affenpocken im Jahr 2022. Bildquelle: ART-ur/Shutterstock

*ملاحظة هامة:ينشر medRxiv تقارير علمية أولية لم تخضع لمراجعة النظراء، وبالتالي لا ينبغي اعتبارها قاطعة، أو توجيه الممارسة السريرية/السلوك المتعلق بالصحة، أو التعامل معها على أنها معلومات ثابتة.

خلفية

يمثل تفشي فيروس MPXV المستمر في عام 2022 انتقال فيروس MPXVA في المناطق غير الموبوءة خارج الأجزاء الغربية والوسطى من أفريقيا. تم اكتشاف فيروس MPXV في المملكة المتحدة في مايو 2022، وبعد ذلك زادت أعداد الحالات بسرعة في أوروبا وآسيا وأفريقيا وأوقيانوسيا والأجزاء الشمالية والجنوبية من الأمريكتين.

بعد ذلك، تم إعلان MPX كحالة طوارئ صحية عامة دولية من قبل منظمة الصحة العالمية (WHO) في 23 يوليو 2022، وقد أثر فيروس MPXV على العديد من الدول حتى الآن. تم الإبلاغ عن أن معظم التسلسلات الفيروسية المستردة من تفشي MPXV المستمر هي تسلسلات فرعية B.1 MPXV. لا توجد بيانات حول إعادة التركيب الطبيعي لـ MPXV.

عن الدراسة

في الدراسة الحالية، قام الباحثون بتحليل 415 تسلسل B.1 لـ MPXV في جميع أنحاء العالم من قاعدة بيانات المركز الوطني لمعلومات التكنولوجيا الحيوية (NCBI) بين 1 يناير و20 يوليو 2022، من خلال فحص اختلال الارتباط [LD، تحليل قائم على متغير النوكليوتيدات المفرد (SNV)] والتكرارات الترادفية (TRs)، مع التركيز على استكشاف التباين الجيني لـ MPXV من خلال إعادة التركيب لتحديد المخاطر المحتملة لفيروس MPXV. سلالات MPXV الجديدة.

تم تقييم إعادة تركيب MPX من خلال تحليل التكرارات الترادفية (TRs)، وتم إجراء تحليل LD للكشف عن سلالات MPXV الجديدة وإعادة التركيب الفيروسي في جينوم MPXV المستمر لتفشي عام 2022. تم تقسيم المجموعات الفيروسية إلى ست مجموعات بناءً على أرقام TR (TRNs) الخاصة بـ TRA/E. ثم تم إجراء تحليل تعدد الأشكال النوكليوتيدات الفردية (SNPs).

نتائج

أظهرت نتائج التحليل أن سكان فيروس MPXV في الفاشية المستمرة في عام 2022 قد انقسموا إلى أربع و11 سلالة ومجموعة فرعية، على التوالي، وأربعة سلالات على أساس TRs وCNs (أرقام النسخ). علاوة على ذلك، أظهرت نتائج تحليل LD أن MPXV تطور إلى ثلاث سلالات جديدة. حدد الفريق ستة، واحد وواحد من فيروسات MPXV المؤتلفة الجديدة من سلوفينيا وإيطاليا وأستراليا، على التوالي، من خلال تحليل TRs واثنين وواحد من فيروسات MPXV المؤتلف من ألمانيا وإسبانيا، على التوالي، من خلال تحليل LD.

تم تحديد ستة TRs بأرقام نسخ مختلفة، وكان TR A/E له تسلسلات متطابقة مكونة من 16 زوجًا أساسيًا (bp) مع TRs مقلوبة عند طرفي الجينوم MPXV. في المجمل، شملت 378 حالة (91%) و14 حالة (3%) أرقام التسجيل الضريبية 7,9 و16 على التوالي، والتي تم الحصول عليها من الولايات المتحدة الأمريكية (الولايات المتحدة الأمريكية)، وجمهورية التشيك، وبلجيكا.

تم اكتشاف حالة بقيم TRN ستة وأربعة وثلاثة في المملكة المتحدة. حدد الفريق 21 حالة عدم تطابق مع قيم TRN مختلفة بين TRs E وA. وأظهرت النتائج أنه يمكن تصنيف التنوع الجيني بناءً على تعدد أشكال TR في مجموعات تفشي فيروس MPXV الحالية. تم العثور على أن TR B وTR C وTR D وTR F عبارة عن تكرارات مباشرة تقع في المناطق بين الجينات أو TRs ذات 3 أطراف (مقلوبة). يتألف TR F وTR C من ثلاث نسخ تسلسلية 5′-TATGATGGA 3′-bp، على التوالي.

في حين أن معظم تسلسلات الفيروسات تحتوي على TR F (97%، قيمة TRN تبلغ 3.5)، فإن 51% و48% من عينات الفيروسات تحتوي على TR C مع قيم TRN تبلغ 10 و8 على التوالي. استنادًا إلى أنماط TR C/F، يمكن تصنيف مجموعات فيروس MPXV إلى أربعة سلالات (M وU وI وسلالات غير مصنفة مع 210 و193 وحالة واحدة على التوالي.

علاوة على ذلك، وبالاشتراك مع TR A/E وTR C/F TRNs، قام الفريق بتقسيم مجموعات فيروس MPXV إلى 11 قسمًا فرعيًا فيروسيًا. يحتوي TR D على تسلسل bp 5′-ATATCATT-3′ التسعة مع CNs وTRNs متفاوتة تتراوح بين 2.0 و55 على التوالي. ومن المثير للاهتمام، أن التسلسلات الفيروسية ذات TR D TRNs الأعلى (TRN أكبر من 30) تحتوي أيضًا على المزيد من TR A/E TRNs (20 حالة مع TRN أكبر من 16) في المجموعة U، مما يشير إلى تنوع TR أكبر في سلالة U مقارنة بخطوط MPXV الأخرى.

وباستخدام تعدد أشكال TR، تم تحديد ثمانية جينومات لفيروس MPXV مع تهجينات فيروسية مؤتلفة. يمكن أن تنشأ الحالة ON755039 (FVG-ITA-01) من إيطاليا من تسلسلات المجموعة الأبوية M وI. تم اشتقاق الحالة ON631963 (VIDRL01) من أستراليا من التسلسل الفيروسي الأبوي لمجموعتي U وM، كما كانت الحال مع ست حالات سلوفينية (ON631241، ON838178، ON754986، ON754985، ON609725، وON754987). وأظهرت النتائج أيضًا أن الحالات الست الواردة من سلوفينيا ربما تكون قد أدت إلى ظهور سلالة جديدة.

أظهر تحليل LD خمسة أزواج SNP في G148421A/G34305A وG74357A/C22736T وC188379T/G186153A (ثماني حالات) وG189246A/G148421A وG189246A/G34305A مع قيم LOD عالية (سجل الصعاب، أكبر من) 10) و LD قوي. تم اكتشاف G74357A / C22736T SNPs في 28 حالة MPX، بما في ذلك 25 حالة وحالة واحدة وحالة واحدة وحالة واحدة في ألمانيا والنمسا والبرتغال والمملكة المتحدة على التوالي.

في ألمانيا، تم اكتشاف أزواج SNP من C188379T/G186153A في ثماني حالات. أربعة عشر حالة في كندا شملت G148421A / G189246A / G34305A SNPs. أشارت النتائج إلى تطور MPXV إلى ≥3 سلالات جديدة. علاوة على ذلك، بالنسبة لأزواج SNP G5592A/G78031A وC25641T/C70777T، كانت الحدود العليا لفاصل الثقة 95% (CI) 0.9 و0.3 على التوالي، مما يشير بقوة إلى إعادة التركيب MPXV. وأظهرت النتائج أن حالتين في ألمانيا (ON637939 وON959149) وحالة واحدة في إسبانيا (ON720849) اكتسبتا بالفعل طفرات من خلال إعادة التركيب.

دبلوم

بشكل عام، أظهرت نتائج الدراسة أن TRs تباعدت بشكل متكرر أثناء الانتقال الطبيعي في المجموعة B.1 وأن ​​جينوم MPXV يتطور ويتوسع بسرعة خلال الفاشية الحالية في عام 2022. علاوة على ذلك، تعد تحليلات LD وTR جنبًا إلى جنب مع المراقبة الجينومية تقنيات قيمة لرصد وتتبع ديناميكيات انتقال إعادة التركيب التطوري لـ MPXV.

*ملاحظة هامة:ينشر medRxiv تقارير علمية أولية لم تخضع لمراجعة النظراء، وبالتالي لا ينبغي اعتبارها قاطعة، أو توجيه الممارسة السريرية/السلوك المتعلق بالصحة، أو التعامل معها على أنها معلومات ثابتة.

مرجع:

• Vorläufiger wissenschaftlicher Bericht.
  Ja, T. et al. (2022) „Rekombination prägt den Affenpockenausbruch 2022“. medRxiv. doi: 10.1101/2022.08.09.22278589. https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2022.08.09.22278589v3

.