Primer informe de recombinación natural del genoma del virus de la viruela del simio

Primer informe de recombinación natural del genoma del virus de la viruela del simio

En un estudio publicado recientemente medRxiv * Preprint Server, los investigadores analizaron secuencias del virus de la viruela del simio (MPXV) durante el brote actual en 2022 para investigar si el MPXV se adapta para mejorar la supervivencia y la transmisión viral entre humanos.

Lernen: Rekombination prägt den Ausbruch der Affenpocken im Jahr 2022. Bildquelle: ART-ur/Shutterstock

*NOTA IMPORTANTE:medRxiv publica informes científicos preliminares que no han sido revisados ​​por pares y, por lo tanto, no deben considerarse concluyentes, ni guiar la práctica clínica ni el comportamiento relacionado con la salud, ni tratarse como información establecida.

fondo

El brote actual de MPXV en 2022 ha representado la transmisión de MPXVA en áreas no endémicas fuera de las partes occidental y central de África. MPXV se descubrió en el Reino Unido en mayo de 2022 y, posteriormente, el número de casos aumentó rápidamente en Europa, Asia, África, Oceanía y el norte y sur de América.

Posteriormente, el MPX fue declarado emergencia de salud pública internacional por la Organización Mundial de la Salud (OMS) el 23 de julio de 2022, y el MPXV ha afectado a varias naciones hasta la fecha. Se ha informado que la mayoría de las secuencias virales recuperadas del brote actual de MPXV son secuencias del clado B.1 MPXV. Faltan datos sobre la recombinación natural de MPXV.

Sobre estudiar

En el presente estudio, los investigadores analizaron 415 secuencias de MPXV del clado B.1 en todo el mundo de la base de datos del Centro Nacional de Información Biotecnológica (NCBI) entre el 1 de enero y el 20 de julio de 2022, examinando el desequilibrio de ligamiento [LD, un análisis basado en una variante de un solo nucleótido (SNV)] y las repeticiones en tándem (TR), con un enfoque en explorar la variabilidad genómica de MPXV a través de la recombinación para determinar los riesgos probables de nuevas cepas de MPXV.

La recombinación de MPX se evaluó mediante análisis de repeticiones en tándem (TR) y se realizó un análisis de LD para detectar nuevos linajes de MPXV y recombinación viral en el genoma de MPXV en curso del brote de 2022. Las poblaciones virales se dividieron en seis grupos según los números TR (TRN) de TRA/E. Luego se realizó un análisis de polimorfismo de un solo nucleótido (SNP).

Resultados

Los resultados del análisis mostraron que la población de MPXV del brote en curso en 2022 se ha dividido en cuatro y 11 linajes y subgrupos, respectivamente, y cuatro linajes basados ​​en los TR y CN (números de copias). Además, los resultados del análisis LD mostraron que MPXV evolucionó hacia tres nuevos linajes. El equipo identificó seis, uno y un nuevo MPXV recombinante de Eslovenia, Italia y Australia, respectivamente, mediante análisis de TR y dos y un MPXV recombinante de Alemania y España, respectivamente, mediante análisis de LD.

Se identificaron seis TR con diferentes números de copias, TR A/E tenía secuencias idénticas de 16 pares de bases (pb) con TR invertidos en ambos extremos del genoma MPXV. En total, 378 casos (91%) y 14 casos (tres por ciento) incluyeron TRN 7,9 y 16, respectivamente, obtenidos de los Estados Unidos de América (EE.UU.), la República Checa y Bélgica.

En el Reino Unido (UK) se detectó un caso con valores de TRN de seis, cuatro y tres. El equipo identificó 21 casos de discrepancia con diferentes valores de TRN entre los TR E y A. Los resultados mostraron que la diversidad genética podría clasificarse en función de los polimorfismos de TR en las poblaciones del brote actual de MPXV. Se encontró que TR B, TR C, TR D y TR F eran repeticiones directas ubicadas en las regiones intergénicas o TR 3'-terminales (invertidas). TR F y TR C comprendían tres y una copias de la secuencia 5′-TATGATGGA 3′-bp, respectivamente.

Si bien la mayoría de las secuencias de virus contenían TR F (97 %, valor de TRN de 3,5), el 51 % y el 48 % de las muestras de virus contenían TR C con valores de TRN de 10 y 8, respectivamente. Según los patrones TR C/F, las poblaciones de MPXV podrían clasificarse en cuatro linajes (M, U, I y linajes no categorizados con 210, 193 y un caso, respectivamente).

Además, junto con los TRN TR A/E y TR C/F, el equipo dividió las poblaciones de MPXV en 11 subdivisiones virales. TR D contenía la secuencia 5′-ATATCATT-3 'de nueve pb con CN y TRN variables que oscilaban entre 2,0 y 55, respectivamente. Curiosamente, las secuencias virales con TR D TRN más altos (TRN mayor que 30) también contenían más TR ​​A/E TRN (20 casos con TRN mayor que 16) en el grupo U, lo que sugiere una mayor diversidad de TR en el linaje U que otras líneas MPXV.

Utilizando polimorfismos TR, se identificaron ocho genomas de MPXV con cruces virales recombinantes. El caso ON755039 (FVG-ITA-01) de Italia podría originarse a partir de secuencias parentales de los grupos M e I. El caso ON631963 (VIDRL01) de Australia se derivó de secuencias virales parentales de los grupos U y M, al igual que seis casos eslovenos (ON631241, ON838178, ON754986, ON754985, ON609725 y ON754987). Los resultados también mostraron que los seis casos de Eslovenia pueden haber dado lugar a un nuevo linaje.

El análisis LD mostró cinco pares de SNP en G148421A/G34305A, G74357A/C22736T, C188379T/G186153A (ocho casos), G189246A/G148421A y G189246A/G34305A con valores altos de LOD (Log of Odds, mayor que). 10) y LD fuerte. Se detectaron SNP G74357A/C22736T en 28 casos de MPX, incluidos 25 casos, un caso, un caso y un caso en Alemania, Austria, Portugal y el Reino Unido, respectivamente.

En Alemania, se detectaron pares de SNP C188379T/G186153A en ocho casos. Catorce casos en Canadá incluyeron SNP G148421A/G189246A/G34305A. Los resultados sugirieron la evolución de MPXV en ≥3 linajes nuevos. Además, para los pares de SNP G5592A/G78031A y C25641T/C70777T, los límites superiores del intervalo de confianza (IC) del 95% fueron 0,9 y 0,3, respectivamente, lo que sugiere fuertemente la recombinación de MPXV. Los resultados mostraron que dos casos en Alemania (ON637939 y ON959149) y un caso en España (ON720849) ya adquirieron mutaciones mediante recombinación.

Diploma

En general, los resultados del estudio mostraron que los TR divergieron con frecuencia durante la transmisión natural en el clado B.1 y que el genoma del MPXV está evolucionando y expandiéndose rápidamente durante el brote actual en 2022. Además, los análisis de LD y TR combinados con la vigilancia genómica son técnicas valiosas para monitorear y rastrear la dinámica de transmisión de la recombinación filogenética del MPXV.

*NOTA IMPORTANTE:medRxiv publica informes científicos preliminares que no han sido revisados ​​por pares y, por lo tanto, no deben considerarse concluyentes, ni guiar la práctica clínica ni el comportamiento relacionado con la salud, ni tratarse como información establecida.

Referencia:

• Vorläufiger wissenschaftlicher Bericht.
  Ja, T. et al. (2022) „Rekombination prägt den Affenpockenausbruch 2022“. medRxiv. doi: 10.1101/2022.08.09.22278589. https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2022.08.09.22278589v3

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