Premier rapport sur une recombinaison naturelle du génome du virus de la variole du singe

Premier rapport sur une recombinaison naturelle du génome du virus de la variole du singe

Dans une étude récemment publiée medRxiv * Preprint Server, les chercheurs ont analysé les séquences du virus de la variole du singe (MPXV) au cours de l'épidémie actuelle en 2022 pour déterminer si le MPXV s'adapte pour améliorer la survie et la transmission virale entre humains.

Lernen: Rekombination prägt den Ausbruch der Affenpocken im Jahr 2022. Bildquelle: ART-ur/Shutterstock

*REMARQUE importante :medRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui n'ont pas été évalués par des pairs et ne doivent donc pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique/le comportement lié à la santé, ou être traités comme des informations établies.

arrière-plan

L’épidémie actuelle de MPXV en 2022 représente une transmission du MPXVA dans des zones non endémiques en dehors des régions occidentales et centrales de l’Afrique. Le MPXV a été découvert au Royaume-Uni en mai 2022, et le nombre de cas a ensuite augmenté rapidement en Europe, en Asie, en Afrique, en Océanie et dans le nord et le sud des Amériques.

Par la suite, le MPX a été déclaré urgence de santé publique internationale par l’Organisation mondiale de la santé (OMS) le 23 juillet 2022, et le MPXV a touché plusieurs pays à ce jour. La plupart des séquences virales récupérées lors de l’épidémie de MPXV en cours seraient des séquences du clade B.1 MPXV. Les données sur la recombinaison naturelle du MPXV font défaut.

À propos des études

Dans la présente étude, les chercheurs ont analysé 415 séquences MPXV du clade B.1 dans le monde entier à partir de la base de données du National Center for Biotechnology Information (NCBI) entre le 1er janvier et le 20 juillet 2022, en examinant le déséquilibre de liaison [LD, une analyse basée sur un variant mononucléotidique (SNV)] et les répétitions en tandem (TR), en mettant l'accent sur l'exploration de la variabilité génomique du MPXV par recombinaison pour déterminer les risques probables d'un nouveau MPXV. souches.

La recombinaison MPX a été évaluée par analyse des répétitions en tandem (TR) et une analyse LD a été réalisée pour détecter de nouvelles lignées MPXV et la recombinaison virale dans le génome MPXV en cours de l’épidémie de 2022. Les populations virales ont été divisées en six groupes sur la base des numéros TR (TRN) de TRA/E. Une analyse du polymorphisme nucléotidique unique (SNP) a ensuite été réalisée.

Résultats

Les résultats de l’analyse ont montré que la population MPXV de l’épidémie en cours en 2022 s’est divisée en quatre et 11 lignées et sous-groupes, respectivement, et quatre lignées basées sur les TR et les CN (numéros de copies). De plus, les résultats de l’analyse LD ont montré que MPXV a évolué vers trois nouvelles lignées. L'équipe a identifié six, un et un nouveau MPXV recombinant de Slovénie, d'Italie et d'Australie, respectivement, par analyse des TR et deux et un MPXV recombinant d'Allemagne et d'Espagne, respectivement, par analyse LD.

Six TR avec des nombres de copies différents ont été identifiés, les TR A/E avaient des séquences identiques de 16 paires de bases (pb) avec des TR inversés aux deux extrémités du génome du MPXV. Au total, 378 cas (91 %) et 14 cas (trois pour cent) comprenaient respectivement les TRN 7, 9 et 16 obtenus des États-Unis d'Amérique (USA), de la République tchèque et de la Belgique.

Un cas avec des valeurs TRN de six, quatre et trois a été détecté au Royaume-Uni (UK). L’équipe a identifié 21 cas d’inadéquation avec différentes valeurs de TRN entre les TR E et A. Les résultats ont montré que la diversité génétique pouvait être catégorisée en fonction des polymorphismes TR dans les populations actuelles de l’épidémie de MPXV. TR B, TR C, TR D et TR F se sont révélés être des répétitions directes situées dans les régions intergéniques ou des TR 3′-terminaux (inversés). TR F et TR C comprenaient respectivement trois et une copies de séquence 5′-TATGATGGA 3′-pb.

Alors que la plupart des séquences virales contenaient du TR F (97 %, valeur TRN de 3,5), 51 % et 48 % des échantillons de virus contenaient du TR C avec des valeurs TRN de 10 et 8, respectivement. Sur la base des modèles TR C/F, les populations de MPXV pourraient être classées en quatre lignées (lignées M, U, I et non catégorisées avec 210, 193 et ​​un cas, respectivement).

De plus, en conjonction avec les TRN TR A/E et TR C/F, l’équipe a divisé les populations MPXV en 11 subdivisions virales. TR D contenait la séquence 5′-ATATCATT-3 'de neuf pb avec des CN et des TRN variables compris entre 2,0 et 55, respectivement. Il est intéressant de noter que les séquences virales avec des TRN TR D plus élevés (TRN supérieurs à 30) contenaient également plus de TRN TR A/E (20 cas avec TRN supérieur à 16) dans le groupe U, ce qui suggère une plus grande diversité TR dans la lignée U que dans les autres lignées MPXV.

En utilisant les polymorphismes TR, huit génomes de MPXV avec des croisements viraux recombinants ont été identifiés. Le cas ON755039 (FVG-ITA-01) en provenance d'Italie pourrait provenir de séquences parentales des groupes M et I. Le cas ON631963 (VIDRL01) d'Australie était dérivé de séquences virales parentales des groupes U et M, tout comme six cas slovènes (ON631241, ON838178, ON754986, ON754985, ON609725 et ON754987). Les résultats ont également montré que les six cas en provenance de Slovénie pourraient avoir donné naissance à une nouvelle lignée.

L'analyse LD a montré cinq paires de SNP à G148421A/G34305A, G74357A/C22736T, C188379T/G186153A (huit cas), G189246A/G148421A et G189246A/G34305A avec des valeurs LOD (Log of Odds, supérieures à) élevées 10) et fort LD. Les SNP G74357A/C22736T ont été détectés dans 28 cas MPX, dont 25 cas, un cas, un cas et un cas en Allemagne, en Autriche, au Portugal et au Royaume-Uni, respectivement.

En Allemagne, des paires de SNP C188379T/G186153A ont été détectées dans huit cas. Quatorze cas au Canada incluaient des SNP G148421A/G189246A/G34305A. Les résultats suggèrent une évolution du MPXV vers ≥3 nouvelles lignées. De plus, pour les paires de SNP G5592A/G78031A et C25641T/C70777T, les limites supérieures de l'intervalle de confiance (IC) à 95 % étaient respectivement de 0,9 et 0,3, suggérant fortement une recombinaison MPXV. Les résultats ont montré que deux cas en Allemagne (ON637939 et ON959149) et un cas en Espagne (ON720849) avaient déjà acquis des mutations par recombinaison.

Diplôme

Dans l’ensemble, les résultats de l’étude ont montré que les TR divergeaient fréquemment au cours de la transmission naturelle dans le clade B.1 et que le génome du MPXV évolue et se développe rapidement au cours de l’épidémie actuelle en 2022. De plus, les analyses LD et TR combinées à la surveillance génomique sont des techniques précieuses pour surveiller et suivre la dynamique de transmission de la recombinaison phylogénétique du MPXV.

*REMARQUE importante :medRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui n'ont pas été évalués par des pairs et ne doivent donc pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique/le comportement lié à la santé, ou être traités comme des informations établies.

Référence:

• Vorläufiger wissenschaftlicher Bericht.
  Ja, T. et al. (2022) „Rekombination prägt den Affenpockenausbruch 2022“. medRxiv. doi: 10.1101/2022.08.09.22278589. https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2022.08.09.22278589v3

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