Az első jelentés a majomhimlő vírus genomjának természetes rekombinációjáról

Az első jelentés a majomhimlő vírus genomjának természetes rekombinációjáról

Egy nemrég megjelent tanulmányban medRxiv * A Preprint Server segítségével a kutatók a majomhimlő vírus (MPXV) szekvenciáit elemezték a jelenlegi 2022-es járvány idején, hogy megvizsgálják, vajon az MPXV alkalmazkodik-e a jobb túléléshez és a vírusátvitelhez az emberek között.

Lernen: Rekombination prägt den Ausbruch der Affenpocken im Jahr 2022. Bildquelle: ART-ur/Shutterstock

*Fontos MEGJEGYZÉS:A medRxiv olyan előzetes tudományos jelentéseket tesz közzé, amelyeket nem vizsgáltak át, és ezért nem tekinthetők meggyőzőnek, nem irányadóak a klinikai gyakorlatban/egészségügyi viselkedésben, és nem kezelhetők megalapozott információként.

háttér

A folyamatban lévő MPXV-járvány 2022-ben az MPXVA átvitelét jelentette Afrika nyugati és középső részén kívüli, nem endémiás területeken. Az MPXV-t 2022 májusában fedezték fel az Egyesült Királyságban (Egyesült Királyság), és ezt követően az esetek száma gyorsan nőtt Európában, Ázsiában, Afrikában, Óceániában, valamint Amerika északi és déli részein.

Ezt követően az Egészségügyi Világszervezet (WHO) 2022. július 23-án nemzetközi közegészségügyi vészhelyzetnek nyilvánította az MPX-et, és az MPXV a mai napig több nemzetet érintett. A folyamatban lévő MPXV-járványból visszanyert legtöbb vírusszekvenciáról számoltak be, hogy B.1 MPXV klád szekvenciák. Hiányoznak az MPXV természetes rekombinációjára vonatkozó adatok.

A tanulásról

A jelen tanulmányban a kutatók 415 B.1 klade MPXV szekvenciát elemeztek világszerte a National Center for Biotechnology Information (NCBI) adatbázisából 2022. január 1. és július 20. között a kapcsolódási egyensúlyhiány [LD, egy nukleotid variáns (SNV) alapú elemzés] és a tandem ismétlődések (TR-ek) vizsgálatával, az MPX genomikai variabilitásának vizsgálatával. új MPXV törzsek.

Az MPX-rekombinációt tandem ismétlődések (TR-ek) elemzésével értékelték, és LD-analízist végeztek az új MPXV-vonalak és a vírusrekombináció kimutatására a 2022-es járvány folyamatban lévő MPXV-genomjában. A víruspopulációkat hat csoportra osztották a TRA/E TR-számai (TRN-ek) alapján. Ezután egy nukleotid polimorfizmus (SNP) elemzést végeztünk.

Eredmények

Az elemzési eredmények azt mutatták, hogy a 2022-ben folyamatban lévő járvány MPXV-populációja négy, illetve 11 leszármazási vonalra és alcsoportra, valamint a TR-ek és CN-ek (másolatszámok) alapján négy leszármazási vonalra oszlott. Továbbá az LD-elemzés eredményei azt mutatták, hogy az MPXV három új vonallá fejlődött. A csapat hat, egy és egy új rekombináns MPXV-t azonosított Szlovéniából, Olaszországból és Ausztráliából a TR-ek elemzésével, valamint két és egy MPXV rekombinánst Németországból és Spanyolországból LD-analízissel.

Hat különböző kópiaszámú TR-t azonosítottunk, a TR A/E 16 bázispárból (bp) azonos szekvenciákkal rendelkezett, mindkét MPXV genom végén fordított TR-ekkel. Összesen 378 eset (91%) és 14 eset (3 százalék) tartalmazott 7, 9 és 16 TRN-t, amelyeket az Amerikai Egyesült Államokból (USA), a Cseh Köztársaságból és Belgiumból szereztek be.

Hat, négy és három TRN-értékkel rendelkező esetet észleltek az Egyesült Királyságban (Egyesült Királyság). A csapat 21 eltérést azonosított az E és A TR-ek különböző TRN-értékeivel. Az eredmények azt mutatták, hogy a genetikai sokféleség kategorizálható a TR polimorfizmusok alapján a jelenlegi MPXV-járványpopulációkban. A TR B, TR C, TR D és TR F direkt ismétlődések az intergenikus régiókban vagy a 3'-terminális (invertált) TR-ekben. A TR F és a TR C három, illetve egy 5′-TATGATGGA 3′-bp szekvenciamásolatot tartalmazott.

Míg a legtöbb vírusszekvencia TR F-et tartalmazott (97%, TRN-érték 3,5), addig a vírusminták 51%-a és 48%-a tartalmazott TR C-t 10-es, illetve 8-as TRN-értékkel. A TR C/F minták alapján az MPXV populációkat négy vonalba lehetett besorolni (M, U, I és kategorizálatlan származásúak 210, 193 és egy esettel).

Ezenkívül a TR A/E és TR C/F TRN-ekkel együtt a csapat az MPXV populációkat 11 vírus alosztályra osztotta. A TR D a kilenc bázispárból álló 5′-ATATCATT-3′ szekvenciát tartalmazta változó CN-ekkel és TRN-ekkel, amelyek 2,0 és 55 között voltak. Érdekes módon a magasabb TR D TRN-t mutató vírusszekvenciák (30-nál nagyobb TRN) több TR A/E TRN-t (20 esetben 16-nál nagyobb TRN-rel) is tartalmaztak az U-csoportban, ami nagyobb TR diverzitásra utal az U-vonalban, mint a többi MPXV-vonalban.

TR polimorfizmusok felhasználásával nyolc MPXV genomot azonosítottak rekombináns vírus keresztezésekkel. Az olaszországi ON755039 (FVG-ITA-01) eset a szülői M és I csoport szekvenciáiból származhat. Az Ausztráliából származó ON631963 (VIDRL01) eset az U és M csoport szülői vírusszekvenciájából származik, csakúgy, mint hat szlovén eset (ON631241, ON838178, ON754986, ON754985, ON609725 és ON754987). Az eredmények azt is kimutatták, hogy a hat szlovéniai eset új származást eredményezhetett.

Az LD-analízis öt SNP-párt mutatott ki a G148421A/G34305A, G74357A/C22736T, C188379T/G186153A (nyolc eset), G189246A/G148421A és G189246A/A L (nagyobb L,305d-vel, mint O305d) értékek 10) és erős LD. A G74357A/C22736T SNP-ket 28 MPX-esetben észlelték, ebből 25 esetben, egy esetben egy esetben, egy esetben pedig Németországban, Ausztriában, Portugáliában és az Egyesült Királyságban.

Németországban nyolc esetben észleltek C188379T/G186153A SNP-párt. Kanadában tizennégy eset tartalmazott G148421A/G189246A/G34305A SNP-ket. Az eredmények azt sugallták, hogy az MPXV ≥3 új leszármazási vonalba fejlődött. Ezenkívül a G5592A/G78031A és C25641T/C70777T SNP-párok esetében a 95%-os konfidencia intervallum (CI) felső határa 0,9 és 0,3 volt, ami erősen MPXV rekombinációra utal. Az eredmények azt mutatták, hogy két németországi eset (ON637939 és ON959149), valamint egy spanyolországi eset (ON720849) már rekombináció révén szerzett mutációkat.

Oklevél

Összességében a vizsgálati eredmények azt mutatták, hogy a TR-ek gyakran eltértek a természetes átvitel során a B.1 kládban, és hogy az MPXV genom gyorsan fejlődik és bővül a jelenlegi 2022-es járvány idején. Ezen túlmenően, az LD- és TR-elemzések genomi megfigyeléssel kombinálva értékes technikák az MPXV-rekombinációs filogenetikus transzmissziós dinamikájának nyomon követésére és nyomon követésére.

*Fontos MEGJEGYZÉS:A medRxiv olyan előzetes tudományos jelentéseket tesz közzé, amelyeket nem vizsgáltak át, és ezért nem tekinthetők meggyőzőnek, nem irányadóak a klinikai gyakorlatban/egészségügyi viselkedésben, és nem kezelhetők megalapozott információként.

Referencia:

• Vorläufiger wissenschaftlicher Bericht.
  Ja, T. et al. (2022) „Rekombination prägt den Affenpockenausbruch 2022“. medRxiv. doi: 10.1101/2022.08.09.22278589. https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2022.08.09.22278589v3

.