Primul raport al recombinării naturale a genomului virusului variolei maimuței

Primul raport al recombinării naturale a genomului virusului variolei maimuței

Într-un studiu publicat recent medRxiv * Preprint Server, cercetătorii au analizat secvențele virusului variola maimuței (MPXV) în timpul focarului actual din 2022 pentru a investiga dacă MPXV se adaptează pentru o supraviețuire îmbunătățită și transmitere virală între oameni.

Lernen: Rekombination prägt den Ausbruch der Affenpocken im Jahr 2022. Bildquelle: ART-ur/Shutterstock

*NOTA importanta:medRxiv publică rapoarte științifice preliminare care nu au fost revizuite de colegi și, prin urmare, nu ar trebui să fie considerate concludente, să ghideze practica clinică/comportamentul legat de sănătate sau tratate ca informații stabilite.

fundal

Focarul MPXV aflat în desfășurare în 2022 a reprezentat transmiterea MPXVA în zone neendemice din afara părților de vest și centrale ale Africii. MPXV a fost descoperit în Regatul Unit (Marea Britanie) în mai 2022, iar ulterior numărul cazurilor a crescut rapid în Europa, Asia, Africa, Oceania și părțile de nord și de sud ale Americii.

Ulterior, MPX a fost declarată urgență internațională de sănătate publică de către Organizația Mondială a Sănătății (OMS) pe 23 iulie 2022, iar MPXV a afectat mai multe națiuni până în prezent. Cele mai multe secvențe virale recuperate din focarul MPXV în curs au fost raportate a fi secvențe de cladă B.1 MPXV. Lipsesc date despre recombinarea naturală a MPXV.

Despre studiu

În studiul de față, cercetătorii au analizat 415 secvențe MPXV ale cladei B.1 din întreaga lume din baza de date a Centrului Național pentru Informații Biotehnologice (NCBI) între 1 ianuarie și 20 iulie 2022, examinând dezechilibrul legăturii [LD, o analiză bazată pe o singură variantă de nucleotidă (SNV)] și analiza în tandem a repetărilor geno-MPX prin recombinare prin recombinare a repetărilor MPX (TRs). pentru a determina riscurile probabile ale noilor tulpini MPXV.

Recombinarea MPX a fost evaluată prin analiza repetărilor în tandem (TR), iar analiza LD a fost efectuată pentru a detecta noi linii MPXV și recombinarea virală în genomul MPXV aflat în curs de desfășurare a focarului din 2022. Populațiile virale au fost împărțite în șase grupuri pe baza numerelor TR (TRN) ale TRA/E. Apoi a fost efectuată analiza polimorfismului cu un singur nucleotidă (SNP).

Rezultate

Rezultatele analizei au arătat că populația MPXV a focarului aflat în curs de desfășurare în 2022 s-a împărțit în patru și, respectiv, 11 linii și subgrupuri, și patru linii bazate pe TR și CN (numere de copiere). În plus, rezultatele analizei LD au arătat că MPXV a evoluat în trei linii noi. Echipa a identificat șase, unul și un nou MPXV recombinant din Slovenia, Italia și, respectiv, Australia, prin analiza TR și, respectiv, doi și, respectiv, un MPXV recombinant din Germania și Spania, prin analiza LD.

Au fost identificate șase TR-uri cu numere de copii diferite, TR A/E a avut secvențe identice de 16 perechi de baze (bp) cu TR-uri inversate la ambele capete ale genomului MPXV. În total, 378 de cazuri (91%) și 14 cazuri (trei la sută) au inclus TRN-urile 7, 9 și, respectiv, 16, obținute din Statele Unite ale Americii (SUA), Republica Cehă și Belgia.

Un caz cu valori TRN de șase, patru și trei a fost detectat în Regatul Unit (Marea Britanie). Echipa a identificat 21 de cazuri de nepotrivire cu diferite valori TRN între TRs E și A. Rezultatele au arătat că diversitatea genetică ar putea fi clasificată pe baza polimorfismelor TR în populațiile actuale ale focarelor MPXV. TR B, TR C, TR D și TR F s-au dovedit a fi repetări directe situate în regiunile intergenice sau TR-uri 3′-terminale (inversate). TR F și TR C au cuprins trei și, respectiv, o copie a secvenței 5′-TATGATGGA 3′-bp.

În timp ce cele mai multe secvențe de virus au conținut TR F (97%, valoarea TRN de 3,5), 51% și 48% din probele de virus au conținut TR C cu valori TRN de 10 și, respectiv, 8. Pe baza modelelor TR C/F, populațiile MPXV ar putea fi clasificate în patru linii (M, U, I și linii necategorizate cu 210, 193 și, respectiv, un caz).

În plus, împreună cu TR A/E și TR C/F TRN, echipa a împărțit populațiile MPXV în 11 subdiviziuni virale. TR D conținea secvența de nouă bp 5′-ATATCATT-3′ cu diferite CN și TRN variind între 2,0 și, respectiv, 55. Interesant, secvențele virale cu TR D TRN mai mari (TRN mai mare de 30) au conținut, de asemenea, mai multe TR A/E TRN (20 de cazuri cu TRN mai mare de 16) în grupul U, sugerând o mai mare diversitate TR în linia U decât alte linii MPXV.

Folosind polimorfisme TR, au fost identificate opt genomi de MPXV cu încrucișări virale recombinante. Cazul ON755039 (FVG-ITA-01) din Italia ar putea proveni din secvențele parentale ale grupului M și I. Cazul ON631963 (VIDRL01) din Australia a fost derivat din secvențele virale parentale ale grupurilor U și M, la fel ca șase cazuri slovene (ON631241, ON838178, ON754986, ON754985, ON609725 și ON754987). Rezultatele au arătat, de asemenea, că cele șase cazuri din Slovenia ar fi putut da naștere la o nouă descendență.

Analiza LD a arătat cinci perechi SNP la G148421A/G34305A, G74357A/C22736T, C188379T/G186153A (opt cazuri), G189246A/G148421A și G189246A/G346A/G346A/G34 cu valori Ldd05 mai mari decât LDD3 10) și LD puternic. SNP-urile G74357A/C22736T au fost detectate în 28 de cazuri MPX, inclusiv 25 de cazuri, un caz, un caz și un caz în Germania, Austria, Portugalia și, respectiv, Regatul Unit.

În Germania, perechile SNP de C188379T/G186153A au fost detectate în opt cazuri. Paisprezece cazuri din Canada au inclus SNP-uri G148421A/G189246A/G34305A. Rezultatele au sugerat evoluția MPXV în ≥3 linii noi. În plus, pentru perechile SNP G5592A/G78031A și C25641T/C70777T, limitele superioare ale intervalului de încredere (CI) de 95% au fost 0,9 și, respectiv, 0,3, sugerând puternic recombinarea MPXV. Rezultatele au arătat că două cazuri din Germania (ON637939 și ON959149) și un caz din Spania (ON720849) au dobândit deja mutații prin recombinare.

Diplomă

În general, rezultatele studiului au arătat că TR-urile s-au divergent frecvent în timpul transmiterii naturale în clada B.1 și că genomul MPXV evoluează și se extinde rapid în timpul focarului actual din 2022. În plus, analizele LD și TR combinate cu supravegherea genomică sunt tehnici valoroase pentru monitorizarea și urmărirea dinamicii de transmitere a recombinării filogenetice MPX.

*NOTA importanta:medRxiv publică rapoarte științifice preliminare care nu au fost revizuite de colegi și, prin urmare, nu ar trebui să fie considerate concludente, să ghideze practica clinică/comportamentul legat de sănătate sau tratate ca informații stabilite.

Referinţă:

• Vorläufiger wissenschaftlicher Bericht.
  Ja, T. et al. (2022) „Rekombination prägt den Affenpockenausbruch 2022“. medRxiv. doi: 10.1101/2022.08.09.22278589. https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2022.08.09.22278589v3

.