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Une nouvelle étude suggère que la pandémie de COVID trouve son origine dans le marché aux animaux de Wuhan
Rédigez une courte méta-description pour un article sur « La pandémie de COVID a finalement commencé chez les animaux du marché de Wuhan, suggère la dernière étude », en allemand. L'article contient le contenu suivant : "
La recherche de l’origine de la pandémie de COVID-19 ouvre de nouvelles pistes. Les chercheurs ont identifié une demi-douzaine d'espèces animales qui auraient pu transmettre le SRAS-CoV-2, le coronavirus responsable du COVID-19, aux humains, en réanalysant les génomes collectés sur un marché d'animaux à Wuhan, en Chine1. L'étude établit la présence d'animaux et du virus sur le marché, même si elle ne confirme pas si les animaux eux-mêmes ont été infectés par le virus.
La plupart des premiers cas de COVID-19 étaient liés au Marché de gros des fruits de mer de Huanan, et c'est ainsi qu'il est devenu une priorité dans la recherche de l'origine de la pandémie. L'étude, publiée aujourd'hui dans Cell, est la dernière d'une série d'analyses d'échantillons de marché. Les chercheurs affirment que leur réanalyse ajoute plus de poids au marché étant donné qu’il a été le site des premiers événements de retombée, au cours desquels des animaux porteurs du virus ont infecté des personnes, déclenchant la pandémie. Cela s'étend sur une analyse préliminaire sur un sous-ensemble de données du China CDC, que la même équipe a publiée dans Mars 2023.
Cependant, la conclusion de l'équipe diffère de la première évaluation par les pairs. analyse des données, publiée dans Nature2 en avril de l'année dernière, dans laquelle une équipe distincte a également identifié plusieurs animaux et le virus, mais a conclu que le rôle du marché dans l'origine de la pandémie n'était pas clair.
La recherche de la façon dont la pandémie a commencé a été extrêmement controversée. La plupart des chercheurs affirment que le virus provient de chauves-souris qui ont infecté des humains, très probablement par l'intermédiaire d'un animal intermédiaire, comme cela s'est produit avec other pathogènes apparus chez l'homme. Mais l'absence de preuves solides en faveur d'un hôte intermédiaire a conduit certains chercheurs à affirmer que le virus aurait pu s'échapper - délibérément ou accidentellement - de l'Institut de virologie de Wuhan.
Les étals du marchéLes données génomiques utilisées dans Cell, Nature et d'autres analyses ont été collectées par des chercheurs du Centre chinois de contrôle et de prévention des maladies (CDC chinois) peu après la fermeture du marché le 1er janvier 2020. Pendant plusieurs semaines, le personnel du CDC chinois s'est rendu sur le marché à plusieurs reprises pour prélever des échantillons sur les étals et les déchets. poubelles, toilettes, eaux usées, animaux errants et produits animaux congelés abandonnés. Les échantillons contenaient beaucoup d'ADN et d'ARN provenant de sources multiples que les chercheurs ont dû séquencer et trier.
« Il s'agit de l'un des ensembles de données les plus importants sur le début de la pandémie et sur l'origine du SRAS-CoV-2 », explique Florence Débarre, biologiste évolutionniste au CNRS et co-auteur de l'analyse cellulaire.
Lorsque des chercheurs du China CDC ont publié leur analyse dans Nature en avril dernier, ils ont signalé des échantillons contenant le SRAS-CoV-2. et provenaient d'animaux sauvages présents sur le marché, notamment des chiens viverrins (Nyctereutes procyonoides), qui sont sensibles au SRAS-CoV-2 et peuvent transmettre le virus à d'autres animaux. Mais l’équipe a noté qu’il n’y avait aucun moyen d’établir que les animaux étaient infectés par le SRAS-CoV-2. Même s'ils avaient été infectés, ils auraient pu contracter l'infection auprès d'une personne qui a apporté le virus sur le marché, ce qui laisse ouverte la possibilité que le marché n'ait pas été le site de l'émergence de la pandémie.
Nouvelles techniquesLa dernière étude a utilisé des techniques génomiques plus sophistiquées pour identifier les espèces représentées dans les échantillons, y compris une demi-douzaine d'animaux qui, selon l'équipe, sont de possibles hôtes intermédiaires du SRAS-Cov-2. Les hôtes les plus probables sont les chiens viverrins et la civette palmiste masquée (Paguma larvata), qui pourraient également être sensibles au virus. Parmi les autres hôtes possibles figurent les rats bambous cendrés (Rhizomys pruinosus), le hérisson de l'Amour (Erinaceus amurensis) et le porc-épic malais (Hystrix brachyura), mais il n'est pas clair si ces animaux peuvent attraper le SRAS-CoV-2 et propager l'infection. L'équipe affirme que le muntjac de Reeves (Muntiacus reevesi) et la marmotte de l'Himalaya (Marmota himalayana) pourraient également être porteurs, mais sont moins susceptibles que les autres espèces.
La colocalisation de matériel génétique viral et animal "suggère fortement" que les animaux ont été infectés, explique Gigi Gronvall, spécialiste de la biosécurité à l'Université Johns Hopkins de Baltimore, Maryland. "J'ai été très étonnée par le nombre d'animaux présents", dit-elle.
Les chauves-souris, dont est probablement issu l'ancêtre du SRAS-CoV-2, n'ont pas été détectées dans les données génétiques. L'absence d'ADN de chauve-souris n'est pas surprenante, explique Alice Hughes, biologiste de la conservation à l'Université de Hong Kong qui étudie les chauves-souris et le commerce des espèces sauvages. Bien que les chauves-souris soient couramment consommées dans le sud de la Chine, elles ne sont généralement pas vendues sur les marchés du pays.
Les auteurs de l’étude Cell affirment également que la diversité virale présente sur le marché suggère que c’est là que la pandémie est apparue. En particulier, ils affirment que la présence de deux lignées du SRAS-CoV-2 – connues sous les noms A et B – circulant sur le marché suggère que le virus data-track-category="body text link">est passé deux fois des animaux aux humains. Les chercheurs concluent que, même s’il est possible que des humains infectés aient introduit le virus sur le marché à deux reprises, il s’agit d’un scénario beaucoup moins probable que celui où le virus sauterait deux fois des animaux, d’autant plus que leur analyse suggère que très peu de personnes auraient été infectées à ce moment-là et qu’il est peu probable qu’une seule personne ait semé les deux lignées. "Cela correspond tout à fait à cette infection continue dans les populations animales qui s'est propagée à plusieurs reprises aux humains", explique Gronvall.
L'équipe de presse de Nature's a contacté les auteurs du journal Nature, leur demandant quels étaient les résultats et les conclusions de la dernière étude, mais n'a pas reçu de réponse avant la date limite.
Sud de la ChineLa dernière étude suggère également que les chiens viverrins du marché de Huanan étaient probablement plus étroitement liés aux chiens viverrins sauvages collectés sur d'autres marchés de la même province, et non aussi étroitement liés aux animaux d'élevage trouvés dans les provinces du nord de la Chine, ce qui suggère qu'ils pourraient provenir du centre ou du sud de la Chine. Les les plus proches parents connus du SRAS-CoV-2 ont été isolés chez des chauves-souris dans le sud de la Chine, Laos et d'autres pays du Asie du Sud-Est.
La prochaine étape serait de suivre certaines de ces pistes en étudiant les animaux impliqués dans le commerce des espèces sauvages, » déclare Joshua Levy, co-auteur de l'étude, mathématicien appliqué au Scripps Research Institute de La Jolla, en Californie. Le document fournit des informations exploitables sur la manière de prévenir les retombées futures, dit-il, par exemple en traquant les marchands et en testant les animaux pour détecter les virus étroitement liés au SRAS-CoV-2, ainsi qu'en menant des études sur la sensibilité des mammifères sauvages trouvés sur le marché au SRAS-CoV-2, et si ces animaux peuvent facilement transmettre le virus.
Pour Hughes, les résultats démontrent que le commerce d'animaux sauvages doit être mieux réglementé pour minimiser le risque de propagation d'agents pathogènes.
Crits-Christoph, A. et al. Cellule 187, 5468-5482 (2024).
Liu, W. J. et al. Nature 631, 402-408 (2024).
La recherche de l’origine de la pandémie de COVID-19 ouvre de nouvelles pistes. Les chercheurs ont identifié une demi-douzaine d'espèces animales qui auraient pu transmettre le SRAS-CoV-2, le coronavirus responsable du COVID-19, aux humains, en réanalysant les génomes collectés sur un marché d'animaux à Wuhan, en Chine1. L'étude établit la présence d'animaux et du virus sur le marché, même si elle ne confirme pas si les animaux eux-mêmes ont été infectés par le virus.
La plupart des premiers cas de COVID-19 étaient liés au Marché de gros des fruits de mer de Huanan, et c'est ainsi qu'il est devenu une priorité dans la recherche de l'origine de la pandémie. L'étude, publiée aujourd'hui dans Cell, est la dernière d'une série d'analyses d'échantillons de marché. Les chercheurs affirment que leur réanalyse ajoute plus de poids au marché étant donné qu’il a été le site des premiers événements de retombée, au cours desquels des animaux porteurs du virus ont infecté des personnes, déclenchant la pandémie. Cela s'étend sur une analyse préliminaire sur un sous-ensemble de données du China CDC, que la même équipe a publiée dans Mars 2023.
Cependant, la conclusion de l'équipe diffère de la première évaluation par les pairs. analyse des données, publiée dans Nature2 en avril de l'année dernière, dans laquelle une équipe distincte a également identifié plusieurs animaux et le virus, mais a conclu que le rôle du marché dans l'origine de la pandémie n'était pas clair.
La recherche de la façon dont la pandémie a commencé a été extrêmement controversée. La plupart des chercheurs affirment que le virus provient de chauves-souris qui ont infecté des humains, très probablement par l'intermédiaire d'un animal intermédiaire, comme cela s'est produit avec other pathogènes apparus chez l'homme. Mais l'absence de preuves solides en faveur d'un hôte intermédiaire a conduit certains chercheurs à affirmer que le virus aurait pu s'échapper - délibérément ou accidentellement - de l'Institut de virologie de Wuhan.
Les étals du marchéLes données génomiques utilisées dans Cell, Nature et d'autres analyses ont été collectées par des chercheurs du Centre chinois de contrôle et de prévention des maladies (CDC chinois) peu après la fermeture du marché le 1er janvier 2020. Pendant plusieurs semaines, le personnel du CDC chinois s'est rendu sur le marché à plusieurs reprises pour prélever des échantillons sur les étals et les déchets. poubelles, toilettes, eaux usées, animaux errants et produits animaux congelés abandonnés. Les échantillons contenaient beaucoup d'ADN et d'ARN provenant de sources multiples que les chercheurs ont dû séquencer et trier.
« Il s'agit de l'un des ensembles de données les plus importants sur le début de la pandémie et sur l'origine du SRAS-CoV-2 », explique Florence Débarre, biologiste évolutionniste au CNRS et co-auteur de l'analyse cellulaire.
Lorsque des chercheurs du China CDC ont publié leur analyse dans Nature en avril dernier, ils ont signalé des échantillons contenant le SRAS-CoV-2. et provenaient d'animaux sauvages présents sur le marché, notamment des chiens viverrins (Nyctereutes procyonoides), qui sont sensibles au SRAS-CoV-2 et peuvent transmettre le virus à d'autres animaux. Mais l’équipe a noté qu’il n’y avait aucun moyen d’établir que les animaux étaient infectés par le SRAS-CoV-2. Même s'ils avaient été infectés, ils auraient pu contracter l'infection auprès d'une personne qui a apporté le virus sur le marché, ce qui laisse ouverte la possibilité que le marché n'ait pas été le site de l'émergence de la pandémie.
Nouvelles techniquesLa dernière étude a utilisé des techniques génomiques plus sophistiquées pour identifier les espèces représentées dans les échantillons, y compris une demi-douzaine d'animaux qui, selon l'équipe, sont de possibles hôtes intermédiaires du SRAS-Cov-2. Les hôtes les plus probables sont les chiens viverrins et la civette palmiste masquée (Paguma larvata), qui pourraient également être sensibles au virus. Parmi les autres hôtes possibles figurent les rats bambous cendrés (Rhizomys pruinosus), le hérisson de l'Amour (Erinaceus amurensis) et le porc-épic malais (Hystrix brachyura), mais il n'est pas clair si ces animaux peuvent attraper le SRAS-CoV-2 et propager l'infection. L'équipe affirme que le muntjac de Reeves (Muntiacus reevesi) et la marmotte de l'Himalaya (Marmota himalayana) pourraient également être porteurs, mais sont moins susceptibles que les autres espèces.
La colocalisation de matériel génétique viral et animal "suggère fortement" que les animaux ont été infectés, explique Gigi Gronvall, spécialiste de la biosécurité à l'Université Johns Hopkins de Baltimore, Maryland. "J'ai été très étonnée par le nombre d'animaux présents", dit-elle.
Les chauves-souris, dont est probablement issu l'ancêtre du SRAS-CoV-2, n'ont pas été détectées dans les données génétiques. L'absence d'ADN de chauve-souris n'est pas surprenante, explique Alice Hughes, biologiste de la conservation à l'Université de Hong Kong qui étudie les chauves-souris et le commerce des espèces sauvages. Bien que les chauves-souris soient couramment consommées dans le sud de la Chine, elles ne sont généralement pas vendues sur les marchés du pays.
Les auteurs de l’étude Cell affirment également que la diversité virale présente sur le marché suggère que c’est là que la pandémie est apparue. En particulier, ils affirment que la présence de deux lignées du SRAS-CoV-2 – connues sous les noms A et B – circulant sur le marché suggère que le virus data-track-category="body text link">est passé deux fois des animaux aux humains. Les chercheurs concluent que, même s’il est possible que des humains infectés aient introduit le virus sur le marché à deux reprises, il s’agit d’un scénario beaucoup moins probable que celui où le virus sauterait deux fois des animaux, d’autant plus que leur analyse suggère que très peu de personnes auraient été infectées à ce moment-là et qu’il est peu probable qu’une seule personne ait semé les deux lignées. "Cela correspond tout à fait à cette infection continue dans les populations animales qui s'est propagée à plusieurs reprises aux humains", explique Gronvall.
L'équipe de presse de Nature's a contacté les auteurs du journal Nature, leur demandant quels étaient les résultats et les conclusions de la dernière étude, mais n'a pas reçu de réponse avant la date limite.
Sud de la ChineLa dernière étude suggère également que les chiens viverrins du marché de Huanan étaient probablement plus étroitement liés aux chiens viverrins sauvages collectés sur d'autres marchés de la même province, et non aussi étroitement liés aux animaux d'élevage trouvés dans les provinces du nord de la Chine, ce qui suggère qu'ils pourraient provenir du centre ou du sud de la Chine. Les les plus proches parents connus du SRAS-CoV-2 ont été isolés chez des chauves-souris dans le sud de la Chine, Laos et d'autres pays du Asie du Sud-Est.
La prochaine étape serait de suivre certaines de ces pistes en étudiant les animaux impliqués dans le commerce des espèces sauvages, » déclare Joshua Levy, co-auteur de l'étude, mathématicien appliqué au Scripps Research Institute de La Jolla, en Californie. Le document fournit des informations exploitables sur la manière de prévenir les retombées futures, dit-il, par exemple en traquant les marchands et en testant les animaux pour détecter les virus étroitement liés au SRAS-CoV-2, ainsi qu'en menant des études sur la sensibilité des mammifères sauvages trouvés sur le marché au SRAS-CoV-2, et si ces animaux peuvent facilement transmettre le virus.
Pour Hughes, les résultats démontrent que le commerce d'animaux sauvages doit être mieux réglementé pour minimiser le risque de propagation d'agents pathogènes.
Crits-Christoph, A. et al. Cellule 187, 5468-5482 (2024).
Liu, W. J. et al. Nature 631, 402-408 (2024).
Une nouvelle étude suggère que la pandémie de COVID trouve son origine dans le marché aux animaux de Wuhan
La recherche de l’origine de la pandémie de COVID-19 a révélé de nouveaux indices. Les chercheurs ont identifié une poignée d’espèces animales susceptibles d’avoir transmis le SRAS-CoV-2, le coronavirus responsable du COVID-19, aux humains. Cela a été réalisé en réanalysant les génomes collectés sur un marché d'animaux à Wuhan, en Chine. 1. L’étude démontre la présence d’animaux et du virus sur le marché, sans toutefois confirmer si les animaux eux-mêmes ont été infectés par le virus.
Bon nombre des premiers cas de COVID-19 étaient associés à la Marché de gros des fruits de mer de Huanan connectée dans la ville, c’est pourquoi elle est devenue une priorité dans la recherche de l’origine de la pandémie. L'étude, publiée aujourd'hui dans la revue Cell, est la dernière en date Rangée d'analyses d'échantillons de marché. Les chercheurs affirment que leur réanalyse ajoute du poids à l’hypothèse selon laquelle le marché aurait été le site des premiers événements de transmission, au cours desquels des animaux porteurs du virus auraient infecté des humains et déclenché la pandémie. Cela en élargit un analyse préliminaire partie des données du CDC Chine que la même équipe a publiées en mars 2023.
Cependant, la conclusion de l'équipe diffère de celle première analyse évaluée par des pairs des données publiées l'année dernière dans la revue Nature 2 dans lequel une équipe distincte a également identifié plusieurs animaux et le virus, mais a conclu que le rôle du marché dans les origines de la pandémie n'était pas clair.
La recherche de l’origine de la pandémie est très controversée. La plupart des chercheurs disent que le virus provenait probablement de chauves-souris qui ont infecté les humains, probablement par l'intermédiaire d'un animal hôte intermédiaire, comme dans autres agents pathogènes ce qui s'est produit chez l'homme était le cas. Mais l’absence de preuves solides d’un hôte intermédiaire a conduit certains chercheurs à affirmer que le virus pourrait s’être échappé de l’Institut de virologie de Wuhan, intentionnellement ou accidentellement.
Les données génomiques utilisées dans les analyses de Cell, Nature et d'autres ont été collectées par des chercheurs du Centre chinois de contrôle et de prévention des maladies (CDC chinois) peu après la fermeture du marché le 1er janvier 2020. Pendant plusieurs semaines, le personnel du CDC chinois s'est rendu fréquemment sur le marché pour ramasser les étals, les poubelles, les toilettes, les eaux usées, les animaux errants et les produits animaux congelés abandonnés. Les échantillons contenaient beaucoup d’ADN et d’ARN provenant de diverses sources, que les chercheurs ont dû séquencer et trier.
"Il s'agit de l'un des ensembles de données les plus importants sur le début de la pandémie et l'origine du SRAS-CoV-2", explique Florence Débarre, biologiste évolutionniste au service de recherche français CNRS et co-auteur de l'analyse dans Cell.
Lorsque les chercheurs du China CDC ont publié leur analyse dans Nature en avril dernier, ils ont signalé des échantillons contenant le SRAS-CoV-2 obtenus sur des animaux sauvages du marché, en particulier des chiens viverrins (Nyctereutes procyonoides), qui sont sensibles au SRAS-CoV-2 et peuvent transmettre le virus à d'autres animaux. Cependant, l’équipe a noté qu’il n’existait aucun moyen de déterminer si les animaux étaient infectés par le SRAS-CoV-2. Même s'ils étaient infectés, ils auraient pu contracter l'infection auprès d'une personne qui a apporté le virus sur le marché, laissant ouverte la possibilité que le marché n'ait pas été le lieu de l'apparition de la pandémie.
La dernière étude a utilisé des techniques génomiques plus avancées pour identifier les espèces représentées dans les échantillons, y compris une poignée d'animaux qui, selon l'équipe, sont de possibles hôtes intermédiaires du SRAS-CoV-2. Les hôtes les plus probables sont les chiens viverrins et la civette palmiste masquée (Paguma larvata), qui pourraient également être sensibles au virus. Parmi les autres hôtes possibles figurent les rats de bambou poussiéreux (Rhizomys pruinosus), les hérissons de l'Amour (Erinaceus amurensis) et le porc-épic de Malaisie (Hystrix brachyura), mais il n'est pas clair si ces animaux peuvent attraper le SRAS-CoV-2 et transmettre l'infection. L'équipe affirme que le muntjac de Reeves (Muntiacus reevesi) et la marmotte de l'Himalaya (Marmota himalayana) pourraient également être des vecteurs, mais moins probables que les autres espèces.
La colocalisation de matière génétique virale et animale « suggère fortement » que les animaux ont été infectés, explique Gigi Gronvall, spécialiste de la biosécurité à l'Université Johns Hopkins de Baltimore, Maryland. «J'ai été vraiment surprise du nombre d'animaux qu'il y avait», dit-elle.
Les chauves-souris, dont est probablement issu le précurseur du SRAS-CoV-2, n’ont pas été trouvées dans les données génétiques. L'absence d'ADN de chauve-souris n'est pas surprenante, explique Alice Hughes, biologiste de la conservation à l'Université de Hong Kong qui étudie les chauves-souris et le commerce des espèces sauvages. Bien que les chauves-souris soient couramment consommées en Corée du Sud, elles ne sont généralement pas vendues sur les marchés du pays.
Les auteurs de l'étude Cell affirment également que la diversité virale présente sur le marché suggère que c'est là que la pandémie a éclaté. Plus précisément, ils affirment que la présence de deux lignées du SRAS-CoV-2 – connues sous les noms de A et B – qui circulent sur le marché suggère que le virus deux fois sauté des animaux aux gens. Les chercheurs concluent que s’il est possible que des personnes infectées aient introduit le virus sur le marché à deux reprises, il s’agit d’un scénario beaucoup moins probable que celui où le virus aurait sauté deux fois des animaux, d’autant plus que leur analyse suggère que très peu de personnes auraient été infectées à ce moment-là et qu’il est peu probable qu’une seule personne ait donné naissance aux deux lignées. "Cela correspond vraiment à cette infection continue dans les populations animales qui s'est transmise à plusieurs reprises aux humains", explique Gronvall.
L'équipe de presse de Nature a contacté les auteurs de l'article de Nature et les a interrogés sur les résultats et les conclusions de la dernière étude, mais n'a pas reçu de réponse avant la date limite.
La dernière étude suggère également que les chiens viverrins du marché de Huanan sont probablement plus étroitement liés, voire moins, aux chiens viverrins sauvages collectés sur d'autres marchés de la même province. animaux élevés, qui ont été trouvés dans les provinces du nord de la Chine, ce qui suggère qu'ils pourraient provenir du centre ou du sud de la Chine. Le parents connus les plus proches du SRAS-CoV-2 ont été isolés chez des chauves-souris du sud de la Chine, Laos et d'autres pays dans Asie du Sud-Est été isolé.
La prochaine étape consisterait à approfondir certains de ces indices en étudiant les animaux sauvages, explique Joshua Levy, co-auteur de l'étude et mathématicien appliqué au Scripps Research Institute de La Jolla, en Californie. L'étude fournit des informations exploitables sur la manière de prévenir les transmissions futures en suivant les propriétaires d'écuries et en testant les animaux pour détecter les virus étroitement liés au SRAS-CoV-2, ainsi qu'en menant des études sur la sensibilité des mammifères sauvages trouvés sur le marché au SRAS-CoV-2 et si ces animaux peuvent facilement transmettre le virus.
Pour Hughes, les résultats montrent que le Commerce de gibier doit être mieux réglementé pour minimiser le risque de propagation d’agents pathogènes.
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Crits-Christoph, A. et al. Cellule 187, 5468-5482 (2024).
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Liu, W.J. et coll. Nature 631, 402-408 (2024).