Kromosomimikrosiruanalyysi voi auttaa tunnistamaan SIDS:n tai SUDC:n syyn vanhemmilla lapsilla

Kromosomimikrosiruanalyysi voi auttaa tunnistamaan SIDS:n tai SUDC:n syyn vanhemmilla lapsilla

Geneettinen testi, joka tunnetaan nimellä kromosomaalinen mikrosiruanalyysi (CMA), voi auttaa tunnistamaan äkillisen lapsen äkillisen kuoleman oireyhtymän (SIDS) tai sen vastineen syyn vanhemmilla lapsilla, joka tunnetaan nimellä äkillinen selittämätön lapsuuskuolema (SUDC), toteaa Bostonin lastensairaalan johtama tutkimus.

Tutkijat, joita johtivat Richard Goldstein, MD, Ingrid Holm, MD, MPH, ja Catherine Brownstein, MPH, PhD, vaativat, että CMA tulee rutiiniksi SIDS:n ja SUDC:n arvioinnissa. He julkaisivat tutkimustuloksensa verkossa 7. marraskuuta Advanced Genetics -lehdessä.

"Uskomme, että meillä on tarpeeksi tietoa sanoaksemme, että CMA on harkitsemisen arvoinen, kun lapsi on kuollut ilman selitystä, ja sitä kannattaa tutkia tarkemmin näiden kuolemantapausten ymmärtämiseksi paremmin", sanoo Goldstein, joka johtaa Robertin äkillistä odottamatonta kuolemaa lastenlääkäriohjelmassa Boston Children'sissä ja oli tutkimuksen vanhempi kirjoittaja.

Tiimi käytti CMA:ta testatakseen näytteitä 116:sta kuolleesta lapsesta ja taaperosta, jotka olivat enintään 28 kuukauden ikäisiä, ja joiden kuolemat luokiteltiin SIDS:iksi tai SUDC:iksi. 14 lapsella (12 prosenttia) CMA havaitsi lapsen DNA-segmenttien deleetioita tai kaksoiskappaleita tai pieniä DNA:n uudelleenjärjestelyjä, jotka olivat patogeenisiä tai "suotuisasti patogeenisiä".

CMA:ta käytetään jo rutiininomaisesti lapsille, joilla on esimerkiksi autismia, kehitysviiveitä ja useita synnynnäisiä epämuodostumia, sekä lapsille, joilla on diagnosoimattomia sairauksia.

Ingrid Holm, tutkimuksen toinen vanhempi kirjoittaja

Vahvistaakseen havaintojaan tutkijat vertasivat SIDS/SUDC-potilaiden CMA-tuloksia yhteisön lasten kontrolliryhmiin ja kahteen autismikirjon häiriöstä kärsivien lasten kohorttiin. Arvioitaessa mahdollisesti vaikuttavien kromosomimuutosten todennäköisyyttä CMA:ssa, SIDS/SUDC-ryhmä sai merkittävästi korkeammat pisteet kuin kontrolliryhmä, mutta niillä oli samanlaiset pisteet kuin lapsilla, joilla on autismispektrihäiriö (ASD).

Monilla CMA-löydöillä ei ollut ilmeistä yhteyttä SIDS/SUDC:hen, ja ne vaativat lisätutkimuksia. Esimerkiksi kahdella lapsella oli diagnosoimaton Klinefelterin oireyhtymä, jossa pojilla on ylimääräinen X-kromosomi, mutta heillä on yleensä normaali elinikä. Useat tunnistetut kromosomaaliset deleetiot/kaksoisuudet on myös yhdistetty hermoston kehityssairauksiin, mukaan lukien kohtaukset, ASD, kehitysviive ja skitsofrenia.

Lisäys testausarsenaaliin

Genetiikka ja genomiikka e-kirja

Kokoelma viime vuoden huippuhaastatteluista, artikkeleista ja uutisista. Lataa ilmainen kopio

Aiemmassa työssä Boston Children'sin tutkijat käyttivät koko eksomin sekvensointia (sekvensoimalla 1-2 prosenttia proteiineja koodaavasta genomista) arvioidakseen lapsia, joiden kuolemat luokiteltiin SIDS:ksi tai SUDC:ksi. Tässä tutkimuksessa 11 prosentilla lapsista oli geneettisiä muunnelmia (muutoksia), jotka todennäköisesti vaikuttivat heidän kuolemaansa. Nähtäväksi jää, missä määrin CMA vaikuttaisi näihin tuloksiin ja kuinka paljon päällekkäisyyttä on geenien välillä, joiden on havaittu muuttuneen eksomin sekvensoinnin seurauksena, ja geenien, joihin DNA-deleetiot/kaksoisuudet vaikuttavat.

Ryhmä toivoo, että heidän havainnot rohkaisevat SIDS-kuolemia tutkivia lääketieteellisiä tutkijoita pyytämään heiltä apua.

"Lääkärit ovat kiinnostuneita geneettisestä testauksesta, mutta heillä ei ole resursseja, varsinkin kun on kyse tulosten tulkinnasta", Goldstein sanoo. "Yritämme viedä tätä palloa eteenpäin ja tarjota hyödyllistä tietoa."

CMA:n eksomien sekvensoinnin ja kromosomipoikkeavuuksien lisäksi tutkijat saivat äskettäin apurahan American SIDS Institutelta tutkiakseen monimutkaisempia kromosomien rakennemuutoksia, jotka voivat edistää SIDS:ää ja SUDC:tä, käyttämällä kehittynyttä genomiikkaalustaa nimeltä Bionano Saphyr erittäin pitkien DNA-säikeiden kuvaamiseen.

"Tämä tekniikka antaa meille mahdollisuuden löytää rakenteellisia muunnelmia, jotka ovat liian suuria havaittaviksi perinteisellä DNA-sekvensoinnilla, mutta liian pieniä havaittavaksi kromosomaalisilla mikrosiruilla", sanoo Brownstein, tutkimuksen johtava kirjoittaja ja Manton Center for Orphan Disease Research Gene Discovery Coren tieteellinen johtaja Boston Children'sissä. "Voimme myös havaita tapauksia, joissa DNA-segmentti "kääntyy" eri kohtaan kromosomissa.

Pitkällä aikavälillä, kun DNA-sekvensoinnin kustannukset laskevat, tutkijat haluavat käyttää koko genomin sekvensointia SIDS:n ja SUDC:n tutkimiseen. Yksi testi voi vähentää CMA:n tarvetta.

Lähde:

Bostonin lastensairaala

Viite:

Brownstein, CA, et ai. (2022) Kopioiden lukumäärän vaihtelu ja rakenteelliset genomilöydöt 116 selittämättömän äkillisen kuoleman tapauksessa 1–28 kuukauden välillä. Edistynyt genetiikka. doi.org/10.1002/ggn2.202200012.

.