Chromosomų mikromatricos analizė gali padėti nustatyti SIDS arba SUDC priežastį vyresniems vaikams

Chromosomų mikromatricos analizė gali padėti nustatyti SIDS arba SUDC priežastį vyresniems vaikams

Genetinis testas, žinomas kaip chromosomų mikrogardelių analizė (CMA), gali padėti nustatyti staigios kūdikių mirties sindromo (SIDS) priežastį arba jo atitikmenį vyresniems vaikams, žinomą kaip staigi nepaaiškinama mirtis vaikystėje (SUDC), rodo Bostono vaikų ligoninės vadovaujamas tyrimas.

Mokslininkai, vadovaujami Richard Goldstein, MD, Ingrid Holm, MD, MPH, ir Catherine Brownstein, MPH, PhD, ragina CMA įprastu būdu vertinant SIDS ir SUDC. Savo tyrimo rezultatus jie paskelbė internete lapkričio 7 d. žurnale Advanced Genetics.

„Manome, kad turime pakankamai informacijos, kad galėtume pasakyti, kad CMA verta svarstyti, kai vaikas mirė be paaiškinimo, ir verta toliau tirti, kad geriau suprastume šias mirtis“, – sako Goldsteinas, vadovaujantis Roberto staigios netikėtos mirties pediatrijos programai Bostono vaikų mokykloje ir buvęs vyresnysis tyrimo autorius.

Komanda naudojo CMA, kad išbandytų 116 mirusių kūdikių ir kūdikių iki 28 mėnesių amžiaus, kurių mirtis buvo klasifikuojama kaip SIDS arba SUDC, mėginius. 14 vaikų (12 proc.) CMA nustatė vaiko DNR segmentų ištrynimus arba dubliavimus arba nedidelius DNR pertvarkymus, kurie buvo patogeniški arba „palankiai patogeniški“.

CMA jau įprastai naudojamas vaikams, sergantiems tokiomis ligomis kaip autizmas, vystymosi sulėtėjimas ir daugybinės įgimtos anomalijos, taip pat vaikams, kurių sveikatos būklė nenustatyta.

Ingrid Holm, viena iš vyresniųjų tyrimo autorių

Norėdami dar labiau patvirtinti savo išvadas, mokslininkai palygino SIDS / SUDC pacientų CMA rezultatus su bendruomenės vaikų kontrolinėmis grupėmis ir dviem vaikų, turinčių autizmo spektro sutrikimą, grupėmis. Vertinant galimai įtakingų CMA chromosomų pokyčių tikimybę, SIDS/SUDC grupė gavo žymiai aukštesnius balus nei kontrolinė grupė, bet turėjo panašius balus kaip vaikų, sergančių autizmo spektro sutrikimu (ASD).

Daugelis CMA išvadų neturėjo akivaizdaus ryšio su SIDS / SUDC ir reikalauja tolesnio tyrimo. Pavyzdžiui, du vaikai turėjo nediagnozuotą Klinefelterio sindromą, kai berniukai gimsta su papildoma X chromosoma, bet paprastai gyvena normaliai. Keletas nustatytų chromosomų ištrynimų / dubliavimosi taip pat buvo susiję su neurologinio vystymosi sąlygomis, įskaitant traukulius, ASD, vystymosi vėlavimą ir šizofreniją.

Papildymas bandymų arsenalu

Genetika ir genomika e-knyga

Populiariausių praėjusių metų interviu, straipsnių ir naujienų rinkinys. Atsisiųsti nemokamą kopiją

Ankstesniame darbe „Boston Children's“ mokslininkai naudojo viso egzomo sekos nustatymą (sekvenavimą nuo 1 iki 2 procentų genomo, koduojančio baltymus), kad įvertintų vaikus, kurių mirtis buvo klasifikuojama kaip SIDS arba SUDC. Šiame tyrime 11 procentų vaikų turėjo genetinių variantų (pokyčių), kurie greičiausiai turėjo įtakos jų mirčiai. Dar reikia pamatyti, kiek CMA prisidėtų prie šių rezultatų ir kiek sutampa genai, kurie, kaip nustatyta, buvo pakeisti dėl egzomų sekos, ir genai, paveikti DNR delecijos / dubliavimosi.

Komanda tikisi, kad jų išvados paskatins medicinos tyrėjus, tiriančius SIDS mirtis, prašyti jų pagalbos.

"Medicinos tyrėjai domisi genetiniais tyrimais, tačiau jiems trūksta išteklių, ypač kai reikia interpretuoti rezultatus", - sako Goldsteinas. „Stengiamės perkelti šį kamuolį į priekį ir suteikti naudingos informacijos.

Be egzomų sekos nustatymo ir chromosomų anomalijų CMA, mokslininkai neseniai gavo dotaciją iš Amerikos SIDS instituto, kad ištirtų sudėtingesnius struktūrinius chromosomų pokyčius, kurie gali prisidėti prie SIDS ir SUDC, naudojant pažangią genomikos platformą, vadinamą Bionano Saphyr, kad būtų galima atvaizduoti itin ilgas DNR grandines.

„Šis metodas suteikia mums galimybę rasti struktūrinius variantus, kurie yra per dideli, kad juos būtų galima nustatyti naudojant tradicinę DNR seką, bet per maži, kad juos būtų galima aptikti naudojant chromosomų mikromatricas“, – sako Brownsteinas, tyrimo pagrindinis autorius ir Bostono vaikų organizacijos Mantono retųjų ligų tyrimų centro genų atradimo centro mokslinis direktorius. „Mes taip pat galime aptikti atvejus, kai DNR segmentas „persiverčia“ į kitą chromosomos vietą.

Ilgainiui, mažėjant DNR sekos nustatymo kainoms, mokslininkai nori naudoti viso genomo sekos nustatymą, kad ištirtų SIDS ir SUDC – vieną testą, kuris galėtų sumažinti CMA poreikį.

Šaltinis:

Bostono vaikų ligoninė

Nuoroda:

Brownstein, CA ir kt. (2022) Kopijų skaičiaus kitimas ir struktūriniai genomo radiniai 116 staigios nepaaiškinamos mirties atvejų nuo 1 iki 28 mėnesių. Išplėstinė genetika. doi.org/10.1002/ggn2.202200012.

.