Chromosoommicroarray-analyse zou kunnen helpen de oorzaak van wiegendood of SUDC bij oudere kinderen te identificeren

Chromosoommicroarray-analyse zou kunnen helpen de oorzaak van wiegendood of SUDC bij oudere kinderen te identificeren

Een genetische test die bekend staat als chromosomale microarray-analyse (CMA) zou kunnen helpen bij het identificeren van de oorzaak van wiegendood (SIDS) of de tegenhanger ervan bij oudere kinderen, bekend als plotselinge onverklaarde dood in de kindertijd (SUDC), vindt een studie onder leiding van het Boston Children's Hospital.

De onderzoekers, onder leiding van Richard Goldstein, MD, Ingrid Holm, MD, MPH, en Catherine Brownstein, MPH, PhD, roepen op om CMA routine te maken bij de evaluatie van wiegendood en SUDC. Ze publiceerden hun studieresultaten online op 7 november in het tijdschrift Advanced Genetics.

“Wij geloven dat we genoeg informatie hebben om te zeggen dat CMA het overwegen waard is als een kind zonder uitleg is overleden en dat het de moeite waard is om verder onderzoek te doen om deze sterfgevallen beter te begrijpen”, zegt Goldstein, hoofdauteur van Robert’s Sudden Unexpected Death in Pediatrics Program bij Boston Children’s en senior auteur van het onderzoek.

Het team gebruikte CMA om monsters te testen van 116 overleden baby's en peuters tot 28 maanden oud, van wie de sterfgevallen werden geclassificeerd als wiegendood of SUDC. Bij 14 kinderen (12 procent) identificeerde CMA deleties of duplicaties van segmenten van het DNA van het kind of kleine DNA-herschikkingen die pathogeen of ‘gunstig pathogeen’ waren.

CMA wordt al routinematig gebruikt voor kinderen met aandoeningen zoals autisme, ontwikkelingsachterstand en meerdere aangeboren afwijkingen, evenals voor kinderen met niet-gediagnosticeerde medische aandoeningen.”

Ingrid Holm, co-senior auteur van het onderzoek

Om hun bevindingen verder te valideren, vergeleken de onderzoekers de CMA-resultaten bij SIDS/SUDC-patiënten met die in controlegroepen van gemeenschapskinderen en twee cohorten van kinderen met een autismespectrumstoornis. Bij het beoordelen van de waarschijnlijkheid van potentieel impactvolle chromosomale veranderingen bij CMA scoorde de SIDS/SUDC-groep aanzienlijk hoger dan de controlegroep, maar had vergelijkbare scores als kinderen met een autismespectrumstoornis (ASS).

Veel van de bevindingen van de CMA hadden geen duidelijk verband met wiegendood/SUDC en vereisen verder onderzoek. Twee kinderen hadden bijvoorbeeld het niet-gediagnosticeerde Klinefelter-syndroom, waarbij jongens worden geboren met een extra X-chromosoom, maar over het algemeen een normale levensduur hebben. Verschillende geïdentificeerde chromosomale deleties/duplicaties zijn ook in verband gebracht met neurologische ontwikkelingsstoornissen, waaronder toevallen, ASS, ontwikkelingsachterstand en schizofrenie.

Toevoeging aan het testarsenaal

Genetica en genomica eBook

Compilatie van de beste interviews, artikelen en nieuws van het afgelopen jaar. Download een gratis exemplaar

In eerder werk gebruikten onderzoekers van Boston Children's 'whole-exome sequencing' (het sequencen van de 1 tot 2 procent van het genoom dat voor eiwitten codeert) om kinderen te evalueren wier sterfgevallen werden geclassificeerd als SIDS of SUDC. In dit onderzoek had 11 procent van de kinderen genetische varianten (veranderingen) die waarschijnlijk een rol speelden bij hun overlijden. Het valt nog te bezien in welke mate CMA zou bijdragen aan deze resultaten en hoeveel overlap er is tussen de genen waarvan is vastgesteld dat ze zijn veranderd door exome-sequencing en de genen die zijn beïnvloed door DNA-deleties/duplicaties.

Het team hoopt dat hun bevindingen medische onderzoekers die sterfgevallen door wiegendood onderzoeken, zullen aanmoedigen om hen om hulp te vragen.

“Medische onderzoekers zijn geïnteresseerd in genetische testen, maar ze beschikken niet over de middelen, vooral als het gaat om het interpreteren van de resultaten”, zegt Goldstein. “We proberen deze bal vooruit te brengen en nuttige informatie te verstrekken.”

Naast exoomsequencing en chromosomale afwijkingen bij CMA hebben onderzoekers onlangs een subsidie ​​ontvangen van het Amerikaanse SIDS Institute om complexere structurele veranderingen in chromosomen te bestuderen die kunnen bijdragen aan SIDS en SUDC, met behulp van een geavanceerd genomicsplatform genaamd Bionano Saphyr om extreem lange DNA-strengen in beeld te brengen.

“Deze techniek geeft ons de mogelijkheid om structurele variaties te vinden die te groot zijn om te worden opgepikt door traditionele DNA-sequencing, maar te klein om te detecteren met chromosomale microarrays”, zegt Brownstein, hoofdauteur van de studie en wetenschappelijk directeur van het Manton Center for Orphan Disease Research Gene Discovery Core bij Boston Children’s. “We kunnen ook gevallen detecteren waarin een DNA-segment naar een andere locatie op het chromosoom ‘flipt’.

Op de lange termijn, naarmate de kosten van DNA-sequencing afnemen, willen onderzoekers sequencing van het hele genoom gebruiken om SIDS en SUDC te bestuderen, een enkele test die de behoefte aan CMA zou kunnen verminderen.

Bron:

Boston Kinderziekenhuis

Referentie:

Brownstein, CA, et al. (2022) Kopieeraantalvariatie en structurele genomische bevindingen in 116 gevallen van plotselinge onverklaarde dood tussen 1 en 28 maanden. Geavanceerde genetica. doi.org/10.1002/ggn2.202200012.

.