Kromosommikroarrayanalys kan hjälpa till att identifiera orsaken till SIDS eller SUDC hos äldre barn

Kromosommikroarrayanalys kan hjälpa till att identifiera orsaken till SIDS eller SUDC hos äldre barn

Ett genetiskt test känt som kromosomal mikroarrayanalys (CMA) kan hjälpa till att identifiera orsaken till plötslig spädbarnsdöd (SIDS) eller dess motsvarighet hos äldre barn, känd som plötslig oförklarad död i barndomen (SUDC), finner en studie ledd av Boston Children's Hospital.

Forskarna, ledda av Richard Goldstein, MD, Ingrid Holm, MD, MPH, och Catherine Brownstein, MPH, PhD, kräver att CMA ska göras rutin i utvärderingen av SIDS och SUDC. De publicerade sina studieresultat online den 7 november i tidskriften Advanced Genetics.

"Vi tror att vi har tillräckligt med information för att säga att CMA är värt att överväga när ett barn har dött utan förklaring och är värt att undersöka vidare för att bättre förstå dessa dödsfall", säger Goldstein, som leder Roberts Sudden Unexpected Death in Pediatrics Program vid Boston Children's och var senior författare till studien.

Teamet använde CMA för att testa prover från 116 avlidna spädbarn och småbarn upp till 28 månader gamla vars dödsfall klassificerades som SIDS eller SUDC. Hos 14 barn (12 procent) identifierade CMA deletioner eller dupliceringar av segment av barnets DNA eller små DNA-omarrangemang som var patogena eller "gynnsamt patogena".

CMA används redan rutinmässigt för barn med tillstånd som autism, utvecklingsförsening och flera medfödda anomalier, såväl som barn med odiagnostiserade medicinska tillstånd.”

Ingrid Holm, medförfattare till studien

För att ytterligare validera sina resultat jämförde forskarna CMA-resultaten hos SIDS/SUDC-patienter med de i kontrollgrupperna av gemenskapsbarn och två kohorter av barn med autismspektrumstörning. Vid bedömning av sannolikheten för potentiellt påverkande kromosomförändringar i CMA, fick gruppen SIDS/SUDC signifikant högre poäng än kontrollgruppen men hade liknande poäng som barn med autismspektrumstörning (ASD).

Många av CMA-fynden hade inget tydligt samband med SIDS/SUDC och kräver ytterligare undersökning. Till exempel hade två barn odiagnostiserat Klinefelters syndrom, där pojkar föds med en extra X-kromosom men i allmänhet har en normal livslängd. Flera identifierade kromosomala deletioner/duplikationer har också kopplats till neuroutvecklingstillstånd, inklusive kramper, ASD, utvecklingsförsening och schizofreni.

Lägger till testarsenalen

Genetik och genomik e-bok

Sammanställning av de bästa intervjuerna, artiklarna och nyheterna från det senaste året. Ladda ner en gratis kopia

I tidigare arbeten använde forskare vid Boston Children's helexomsekvensering (sekvensering av 1 till 2 procent av genomet som kodar för proteiner) för att utvärdera barn vars dödsfall klassificerades som SIDS eller SUDC. I denna studie hade 11 procent av barnen genetiska varianter (förändringar) som sannolikt spelade en roll i deras död. Det återstår att se i vilken utsträckning CMA skulle bidra till dessa resultat och hur mycket överlappning det finns mellan generna som befunnits förändras av exomsekvensering och generna som påverkas av DNA-deletioner/duplikationer.

Teamet hoppas att deras resultat kommer att uppmuntra medicinska utredare som undersöker SIDS-dödsfall att be dem om hjälp.

"Medicinska utredare är intresserade av genetiska tester, men de saknar resurser, särskilt när det gäller att tolka resultaten", säger Goldstein. "Vi försöker flytta den här bollen framåt och ge användbar information."

Förutom exomsekvensering och kromosomavvikelser i CMA, fick forskare nyligen ett anslag från amerikanska SIDS Institute för att studera mer komplexa strukturella förändringar i kromosomer som kan bidra till SIDS och SUDC, med hjälp av en avancerad genomikplattform som heter Bionano Saphyr för att avbilda extremt långa DNA-strängar.

"Den här tekniken ger oss möjligheten att hitta strukturella variationer som är för stora för att fångas upp av traditionell DNA-sekvensering men för små för att upptäckas med kromosomala mikroarrayer", säger Brownstein, huvudförfattare till studien och vetenskaplig chef för Manton Center for Orphan Disease Research Gene Discovery Core vid Boston Children's. "Vi kan också upptäcka fall där ett DNA-segment "vänder" till en annan plats på kromosomen.

På lång sikt, när kostnaden för DNA-sekvensering minskar, vill forskare använda helgenomsekvensering för att studera SIDS och SUDC, ett enda test som kan minska behovet av CMA.

Källa:

Boston barnsjukhus

Hänvisning:

Brownstein, CA, et al. (2022) Variation i antal kopior och strukturella genomiska fynd i 116 fall av plötslig oförklarlig död mellan 1 och 28 månader. Avancerad genetik. doi.org/10.1002/ggn2.202200012.

.