Bevis A.2 abekopper linje muteret

Bevis A.2 abekopper linje muteret

I en nyligt offentliggjort undersøgelse bioRxiv* Preprint Server, et team af forskere fra Indien analyserede hele genomsekvenserne af abekoppevirus isoleret fra abekoppepatienter med og uden international rejsehistorie for at forstå de fylogenetiske forhold og den genomiske udvikling af virussen, der kunne bidrage til højere transmissionshastigheder.

Genetik og genomik e-bog

Samling af de bedste interviews, artikler og nyheder fra det sidste år.

Download en kopi i dag

Lære: Genomkarakterisering af abekopper påvist i Indien: Identifikation af tre subclusters inden for A.2-linjen. Fotokredit: NIAID

baggrund

Ligesom variola-virussen, der forårsager kopper, er abekoppevirus en type ortopoksevirus, der tilhører familien Poxviridae. Det er et dobbeltstrenget deoxyribonukleinsyre (DNA) virus med et genom, der koder for omkring 190 gener.

Det første kendte tilfælde af abekopper hos mennesker opstod i 1970 i Den Demokratiske Republik Congo, som spredte sig til lande i Vest- og Centralafrika, med efterfølgende udbrud i USA (USA) i 2003 og Storbritannien (UK) i 2018. De genomiske undersøgelser udført af Verdenssundhedsorganisationen (WHO) anerkendte to store clade I clade I og Congo II. clade), med to underklædning i klade II. Det globale udbrud af abekopper i 2022 er blevet forbundet med clade IIb.

Vira fra familien Poxviridae har vist høje inter- og intra-species rekombinationsfrekvenser. Clades I og II havde en genetisk afstand på 900 bp. De genetiske ændringer kan give virusoverførsel og infektion fordele. Derfor er hel-genomanalyser af cirkulerende abekoppevirusstammer afgørende for overvågning af sygdommen.

Om at studere

Denne undersøgelse indsamlede prøver af nasopharyngeale og oropharyngeale podninger, læsionsskorper og væsker fra 96 ​​personer med mistanke om abekopper. De positive tilfælde blev identificeret ved real-time polymerase kædereaktion (PCR) ved anvendelse af abekopper-specifikke primere.

Det endelige prøvesæt omfattede fem prøver fra Kerala (med internationale rejsehistorier) og fem fra Delhi (uden internationale rejsehistorier). De negative prøver blev yderligere screenet for enterovirus og varicella-zoster-virus.

Næste generations sekventering blev brugt til den genomiske karakterisering af de positive prøver. Derudover blev fylogenetiske analyser udført på et endeligt datasæt bestående af genomsekvenser genereret i denne undersøgelse og 75 sekvenser fra NCBI (National Center for Biotechnology Information) og GISAID (Global Initiative on Sharing Avian Influenza Data) databaser prægenereret. og abekoppeudbrud efter 2022.

Resultater

I undersøgelsen blev 90% til 99% af abekopper-genomet genvundet fra læsionsskorpen og væskeprøver af alle positive tilfælde. De fylogenetiske træer placerede de 10 prøver fra Indien i clade IIb linje A.2 sammen med otte yderligere prøver fra USA, Thailand og Storbritannien

Den genom-baserede analyse opdelte A.2-afstamningen i tre sub-klynger med syv sekvenser (fem fra Kerala og to fra Delhi), som forgrener sig med stammer UK-2022 OP331335.1 og USA-2022 ON674051.1, der danner en sub-cluster. Slægtsdefinerende mutationer i positionerne C 179537 T, C 25072 T og A 140492 C klassificerede yderligere de fem sekvenser fra Kerala som sublineage A.2.1.

De resterende tre sekvenser fra Delhi forgrenede sig med USA-2022 stamme ON675438.1 og dannede den anden subcluster. Den tredje subcluster bestod af sekvenser fra andre amerikanske og britiske stammer og prøver fra Thailand.

Undersøgelser har knyttet den kortsigtede udvikling af abekoppevirus til mutationer i apolipoprotein B-redigeringskomplekset (APOBEC3) gener, der resulterer i cytidindeaminaseaktivitet. Den genomiske analyse af denne undersøgelse afslørede 13 nye APOBEC3-mutationer og 16 enkeltnukleotidpolymorfismer (SNP'er), som forfatterne mener er afstamningsdefinerende ændringer inden for A.2-linjen. Undersøgelsen identificerede også 25 yderligere APOBEC3-mutationer i abekopper-stammer, der cirkulerer i Indien.

Abekoppesekvenserne fra Indien adskilte sig fra tidligere slægter såsom B.1 fra europæiske lande som Tyskland, Italien og Frankrig og 2017-2018 A.1 slægten fra Nigeria, Singapore og Israel.

Konklusioner

Som konklusion rapporterer undersøgelsen 13 nye mutationer i abekoppevirus APOBEC3-genet, der kan være involveret i udviklingen af ​​virussen. Derudover afslørede resultaterne også 16 nye SNP'er, der sammen med APOBEC3-mutationerne førte til, at prøver fra Indien dannede afstamning A.2.1. Forfatterne mener, at mutationer i orthopoxvirus-generne er forbundet med øget virulens gennem immunsuppression i værten.

Derudover er gener i den terminale region af abekoppevirus og andre orthopoxvirusarter ansvarlige for værtsadaptation og transmission. Derfor er genomomfattende undersøgelser for at forstå rollen af ​​disse gener og overvågning af nye mutationer afgørende for at begrænse spredningen af ​​abekopper.

*Vigtig BEMÆRK

bioRxiv udgiver foreløbige videnskabelige rapporter, der ikke er blevet peer-reviewet og derfor ikke bør betragtes som afgørende, vejlede klinisk praksis/sundhedsadfærd eller behandles som etableret information.

Reference:

• Genomcharakterisierung von in Indien entdeckten Affenpockenfällen: Identifizierung von drei Unterclustern in der A.2-Linie: Anita M. Shete, Pragya D. Yadav, Abhinendra Kumar, Savita Patil, Deepak Y. Patil, Yash Joshi, Triparna Majumdar, Vineet Relhan, Rima R. Sahay , Meenakshy Vasu, Pranita Gawande, Ajay Verma, Arbind Kumar, Shivram Dhakad, Anukumar Bala Krishnan, Shubin Chenayil, Suresh Kumar und Priya Abraham. bioRxiv. 2022. DOI: https://doi.org/10.1101/2022.09.16.507742, https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2022.09.16.507742v1

.