Dovada A.2 linia variolei maimuțelor a suferit mutații

Dovada A.2 linia variolei maimuțelor a suferit mutații

Într-un studiu publicat recent bioRxiv* Preprint Server, o echipă de cercetători din India a analizat secvențele întregului genom al virusului variolei maimuței izolate de la pacienții cu variola maimuței, cu sau fără istoric de călătorie internațională, pentru a înțelege relațiile filogenetice și evoluția genomică a virusului care ar putea contribui la rate mai mari de transmitere.

Carte electronică Genetică și Genomică

Compilare a celor mai bune interviuri, articole și știri din ultimul an.

Descărcați o copie astăzi

Învăţa: Caracterizarea genomului cazurilor de variola maimuțelor detectate în India: identificarea a trei subclustere în cadrul liniei A.2. Credit foto: NIAID

fundal

La fel ca virusul variolei care provoacă variola, virusul variolei maimuțelor este un tip de ortopoxvirus care aparține familiei Poxviridae. Este un virus dublu catenar al acidului dezoxiribonucleic (ADN) cu un genom care codifică aproximativ 190 de gene.

Primul caz cunoscut de variola a maimuței la om a avut loc în 1970 în Republica Democrată Congo, care s-a răspândit în țările din Africa de Vest și Centrală, cu focare ulterioare în Statele Unite (SUA) în 2003 și în Regatul Unit (Marea Britanie) în 2018. Studiile genomice efectuate de Organizația Mondială a Sănătății (OMS) au recunoscut două clades-clade majore (Congo) și Clade I. clada II (clada Africii de Vest), cu două subcladele din clada II. Focarul global de variola maimuțelor din 2022 a fost asociat cu clada IIb.

Virușii din familia Poxviridae au prezentat frecvențe mari de recombinare între și intra-specii. Cladele I și II au avut o distanță genetică de 900 bp. Modificările genetice ar putea oferi avantaje transmiterii virusului și infecției. Prin urmare, analizele întregului genom ale tulpinilor circulante ale virusului variolei maimuțelor sunt esențiale pentru monitorizarea bolii.

Despre studiu

Studiul de față a colectat mostre de tampoane nazofaringiene și orofaringiene, cruste leziunilor și fluide de la 96 de indivizi suspectați de variola maimuță. Cazurile pozitive au fost identificate prin reacția în lanț a polimerazei (PCR) în timp real folosind primeri specifici variolei maimuței.

Setul final de eșantion a inclus cinci mostre din Kerala (cu istoric de călătorie internațional) și cinci din Delhi (fără istoric de călătorie internațională). Probele negative au fost testate în continuare pentru enterovirus și virusul varicelo-zosterian.

Secvențierea de generație următoare a fost utilizată pentru caracterizarea genomică a probelor pozitive. În plus, analizele filogenetice au fost efectuate pe un set de date final format din secvențe de genom generate în acest studiu și 75 de secvențe din bazele de date NCBI (National Center for Biotechnology Information) și GISAID (Global Initiative on Sharing Avian Influenza Data) pregenerate. și focar de variola a maimuțelor după 2022.

Rezultate

În studiu, 90% până la 99% din genomul variolei maimuței a fost recuperat din crusta leziunii și din probele de lichid ale tuturor cazurilor pozitive. Arborii filogenetici au plasat cele 10 eșantioane din India în clada IIb descendență A.2, împreună cu opt mostre suplimentare din SUA, Thailanda și Marea Britanie

Analiza bazată pe genom a împărțit descendența A.2 în trei sub-clustere cu șapte secvențe (cinci din Kerala și două din Delhi), care se ramifică cu tulpinile UK-2022 OP331335.1 și USA-2022 ON674051.1, formând un sub-cluster. Mutațiile definitorii de linie la pozițiile C 179537 T, C 25072 T și A 140492 C au clasificat în continuare cele cinci secvențe din Kerala ca sublinie A.2.1.

Celelalte trei secvențe din Delhi s-au ramificat cu tulpina USA-2022 ON675438.1 și au format al doilea subcluster. Al treilea subcluster a constat din secvențe de la alte tulpini din SUA și Marea Britanie și mostre din Thailanda.

Studiile au legat evoluția pe termen scurt a virusului variolei maimuțelor de mutații ale genelor complexului de editare a apolipoproteinei B (APOBEC3) care au ca rezultat activitatea citidin deaminazei. Analiza genomică a prezentului studiu a evidențiat 13 mutații noi APOBEC3 și 16 polimorfisme de nucleotidă unică (SNP), despre care autorii cred că sunt schimbări definitorii de linie în cadrul liniei A.2. Studiul a identificat, de asemenea, 25 de mutații APOBEC3 suplimentare la tulpinile de variola maimuțelor care circulă în India.

Secvențele de variola a maimuțelor din India au fost diferite de descendența anterioară, cum ar fi B.1 din țări europene precum Germania, Italia și Franța și descendența A.1 din 2017-2018 din Nigeria, Singapore și Israel.

Concluzii

În concluzie, studiul raportează 13 noi mutații ale genei APOBEC3 ale virusului variolei maimuței care pot fi implicate în evoluția virusului. În plus, rezultatele au dezvăluit, de asemenea, 16 noi SNP care, împreună cu mutațiile APOBEC3, au condus probe din India să formeze descendența A.2.1. Autorii cred că mutațiile genelor orthopoxvirus sunt asociate cu virulență crescută prin imunosupresie la gazdă.

În plus, genele din regiunea terminală a virusului variola maimuței și a altor specii de virus ortopox sunt responsabile pentru adaptarea și transmiterea gazdei. Prin urmare, studiile la nivelul genomului pentru a înțelege rolul acestor gene și pentru a monitoriza mutațiile emergente sunt esențiale pentru a limita răspândirea variolei maimuțelor.

*NOTA importanta

bioRxiv publică rapoarte științifice preliminare care nu au fost revizuite de colegi și, prin urmare, nu ar trebui să fie considerate concludente, să ghideze practica clinică/comportamentul de sănătate sau să fie tratate ca informații stabilite.

Referinţă:

• Genomcharakterisierung von in Indien entdeckten Affenpockenfällen: Identifizierung von drei Unterclustern in der A.2-Linie: Anita M. Shete, Pragya D. Yadav, Abhinendra Kumar, Savita Patil, Deepak Y. Patil, Yash Joshi, Triparna Majumdar, Vineet Relhan, Rima R. Sahay , Meenakshy Vasu, Pranita Gawande, Ajay Verma, Arbind Kumar, Shivram Dhakad, Anukumar Bala Krishnan, Shubin Chenayil, Suresh Kumar und Priya Abraham. bioRxiv. 2022. DOI: https://doi.org/10.1101/2022.09.16.507742, https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2022.09.16.507742v1

.