Manger uniquement des aliments sauvages transforme votre microbiome intestinal en quelques semaines seulement, selon une étude

Manger uniquement des aliments sauvages transforme votre microbiome intestinal en quelques semaines seulement, selon une étude

Un régime entièrement sauvage déclenche une refonte microbienne de l’intestin qui favorise les bactéries fibreuses et remodèle l’écosystème d’une manière qui dure même après le retour à une alimentation normale.

Dans une étude récemment publiée dans la revueRapports scientifiquesLes chercheurs ont examiné comment un régime alimentaire composé uniquement d’aliments sauvages affecte la composition, la structure et la persistance des changements dans le microbiome intestinal (GM) chez l’homme moderne.

arrière-plan

Que se passe-t-il lorsque nous arrêtons de manger quelque chose de cultivé ou transformé ? De nombreuses populations urbaines consomment des aliments riches en sucre et pauvres en fibres, ce qui peut perturber l’équilibre des OGM. En revanche, les populations « traditionnelles » qui consomment des aliments riches en fibres et peu transformés ont tendance à présenter une plus grande diversité microbienne, associée à une meilleure immunité et à une inflammation plus faible.

Des recherches antérieures montrent que les changements alimentaires peuvent remodeler les OGM, mais la plupart des études restent dans les limites des régimes industriels basés sur des aliments domestiqués. Étant donné que les premiers humains dépendaient d’aliments sauvages, l’étude de ce modèle peut offrir un aperçu de notre biologie évolutive. Des recherches supplémentaires sont nécessaires pour valider ces résultats dans différentes populations.

À propos de l'étude

Viande de venaison par rapport à la viande de supermarché : les repas comprenaient du gibier sauvage plus maigre, comme le chevreuil et le poisson de mer, qui ont des profils de graisse différents de ceux de la viande domestiquée, un moteur subtil des changements du microbiome.

Un homme adulte en bonne santé âgé de 46 ans a suivi un protocole alimentaire d'auto-surveillance de huit semaines divisé en trois phases : deux semaines de régime alimentaire normal, quatre semaines de régime alimentaire sauvage uniquement et deux semaines de retour à un régime alimentaire normal.

Les aliments sauvages disponibles en Europe du Nord à l’automne étaient récoltés et préparés à l’aide de techniques primitives telles que la cuisson ouverte et le broyage de pierres. Le participant a maintenu son mode de vie habituel et a vécu dans sa propre maison et a isolé l'influence alimentaire d'autres variables. C'était un butineur expérimenté et sa santé et son bien-être étaient surveillés quotidiennement, et toute sa consommation alimentaire était méticuleusement enregistrée.

Des échantillons de selles ont été collectés quotidiennement et conservés à -20 ° C. L'acide désoxyribonucléique (ADN) microbien a été extrait et les régions V3-V4 du gène de l'acide ribonucléique ribosomal (ARNr) 16S ont été séquencées à l'aide de la plateforme Illumina Miseq. Les variantes de séquence d'amplicons (ASV) ont été déterminées à l'aide de l'algorithme de débruitage d'amplicon divisif 2 (DADA2) et classées taxonomiquement à l'aide de la base de données Systematic Initiative for Large-Scale Verification of Alignments (SILVA).

L'analyse au niveau des espèces a utilisé les génomes des microbiomes du sol terrestre (GEM). Des réseaux de co-highance ont été construits à l'aide de la corrélation de Kendall et visualisés dans Cytoscape pour identifier les taxons clés.

Le potentiel fonctionnel a été déduit de l'étude phylogénétique des communautés par la reconstruction d'états inobservés (Picrust2) et de l'analyse orthologique de l'Encyclopédie de Kyoto des gènes et des génomes (KEGG). L’analyse comparative comprenait les microbiomes des populations de chasseurs-cueilleurs, rurales et urbaines-industrielles.

Des tests statistiques, notamment Kruskal-Wallis et Wilcoxon Rank-Sum, ont été appliqués et des ajustements pour plusieurs tests ont été effectués à l'aide de la méthode Benjamini-Hochberg avec un taux de fausses découvertes ≤0,05.

Résultats de l'étude

Préparation primitive, touche moderne : Alors que la plupart des aliments étaient cuits sur des feux ouverts ou traités avec des pierres, l'étude a permis de hacher la viande de manière unique, soulignant comment même de petites commodités technologiques pouvaient influencer les expériences nutritionnelles.

En suivant un régime exclusivement alimentaire, le GM du participant a subi des changements importants en termes de structure et de variété. Les communautés microbiennes initiales étaient dominées par des taxons typiques associés à l'Occident tels que les Bacteroidaceae, les Ruminococcaceae et les Bifidobacteriaceae.

Lorsque le régime alimentaire sauvage a commencé, il y a eu un changement significatif avec une diminution de ces groupes et une augmentation de familles telles que les Lachnospiraceae, les Butyricicoccacaceae et les Streptococcaceae. Notamment, les Bifidobacteriaceae et les Rikenellaceae ne sont pas revenues aux niveaux d'avant le régime, même après que le participant ait repris son régime alimentaire habituel. La famille des Akkermaniaceae, en particulierAkkermansia muciniphilaa augmenté de manière significative dans la période suivant le poids de la nourriture, une découverte liée aux bénéfices métaboliques.

Le régime alimentaire sauvage a également entraîné une perte de poids significative de 4 kg sur quatre semaines, la perte la plus importante étant enregistrée au cours de la première semaine. Le participant a signalé de l'ennui et des choix alimentaires limités, contribuant à réduire l'apport calorique. Lors du retour à une alimentation normale, deux kilos ont été rapidement repris. Cette perte de poids a été attribuée en partie à la restriction calorique et à la monotonie des aliments disponibles.

Une augmentation progressive de la diversité alpha microbienne a été observée entre la période de poids pré-sauvage et la période post-alimentation (P < 0,05), indiquant que l'intervention a eu un effet durable sur la structure du microbiome même après sa conclusion. Les espèces clés se sont également déplacées.

Avant l'intervention,Faecalibacterium prausnitziijoué un rôle central dans le réseau microbien. Pendant la phase de nourriture sauvage,Blautiaet ses taxons associés, connus pour la dégradation des fibres et la production d'acides gras (acides gras à chaîne courte), dominaient le réseau.

Six groupes de coabondance microbienne (CAG) ont été identifiés. Ces groupes ont été réorganisés en fonction de la phase nutritionnelle, indiquant une composition fonctionnelle de l'écosystème.Faecalibacterium prausnitziiPrésentRuminococcus bicirculansEtBlautiasont apparus comme des influenceurs importants à différents moments. La période post-maternelle a montré une configuration intermédiaire, avec certaines caractéristiques de la phase pré-maternelle et d'autres, comme la persistance de certaines.BlautiaEtCoprococcus arriveDes groupes qui reflètent un impact durable de l’intervention.

Régime de désintoxication accidentel : les plantes d’anciennes terres agricoles peuvent avoir introduit des microbes capables de décomposer les herbicides persistants comme l’atrazine, ce qui suggère un « entraînement » involontaire de l’intestin.

Malgré cette transformation, aucun taxon nouveau ou ancestral « vieil ami » tel queTréponèmeouPrévotelleapparu. Les changements étaient dus uniquement à des changements d’abondance parmi les taxons préexistants et non à l’introduction de nouvelles espèces. Cette découverte suggère que même des changements alimentaires importants pourraient ne pas suffire à reconstituer les taxons microbiens des Anams ancestraux sans stress environnemental supplémentaire.

Les prédictions fonctionnelles ont montré des capacités accrues de dégradation de l'amidon et de biosynthèse des acides aminés pendant la période de nourriture sauvage, probablement en réponse à un régime riche en châtaignes et en glands mais pauvre en protéines animales. L'analyse fonctionnelle a également montré une capacité accrue à dégrader les produits chimiques environnementaux tels que l'atrazine, reflétant probablement l'exposition à des plantes sauvages provenant de zones autrefois agricoles.

Comparé à d’autres interventions telles que B. un régime alimentaire uniquement végétal ou uniquement animal, le changement provoqué par la consommation d’aliments sauvages était plus important. Tel que mesuré par la diversité bêta, le changement induit par la consommation d’aliments sauvages était plus important que celui observé avec les seules interventions alimentaires végétales ou animales, bien que le microbiome ne ressemble pas entièrement à celui des populations traditionnelles ou de chasseurs-cueilleurs. Au lieu de cela, il a évolué vers une composition unique influencée par les taxons disponibles et les apports alimentaires. L'état après la reprise d'un régime alimentaire normal était modéré et partageait les caractéristiques des phases pré- et sauvage.

La persistance de certaines configurations microbiennes après l'intervention suggère une reconfiguration partielle mais permanente. Surtout çaBlautia-Le réseau dominé n'a pas complètement reculé, ce qui indique que certains changements dans l'écosystème intestinal pourraient durer plus longtemps que le régime lui-même.

Cependant, il s’agissait d’une étude n = 1 et les résultats pourraient ne pas être largement généralisables. Les effets potentiels du changement d'humeur du participant pendant le régime alimentaire sauvage et ses antécédents génétiques et alimentaires spécifiques restent inexplorés.

Conclusions

Manque de micronutriments, agitation microbienne : le manque de produits laitiers et d'œufs dans le régime alimentaire sauvage est corrélé aux microbes intestinaux augmentant la production de phénylalanine, de tyrosine et de tryptophane, des acides aminés généralement dérivés de produits d'origine animale.

En conclusion, cette étude montre que le passage à un régime alimentaire composé uniquement d’aliments sauvages et non domestiqués entraîne une restructuration majeure des OGM humains. Bien qu'aucun nouveau taxon n'ait été introduit, la composition et la fonction des microbes existants ont considérablement changé et augmenté les modes de dégradation des fibres tels queBlautiaet des produits laitiers minceur tels que :Bifidobactérie.

Ces changements microbiens ont persisté même après la reprise d’un régime alimentaire normal, mettant en évidence l’adaptabilité du microbiome. Bien que le manque de taxons du phylum puisseTréponèmeCela suggère des limites à la restauration complète d’un microbiome traditionnel. Cette expérience met en évidence la puissante influence de l’alimentation seule sur la transformation de la santé intestinale, même dans un contexte moderne.

D’autres études sont nécessaires pour examiner les conséquences métaboliques et immunologiques de ces modifications du microbiome dans des populations plus vastes et plus diversifiées.

Sources :