Une méta-analyse révèle les facteurs déterminants de la résistance aux antibiotiques chez les nourrissons

Une méta-analyse révèle les facteurs déterminants de la résistance aux antibiotiques chez les nourrissons

Une méta-analyse d'études génétiques ayant analysé le microbiote (bactéries de l'intestin) de 1 275 nourrissons de 10 pays révèle que l'accouchement par césarienne et l'utilisation d'antibiotiques sont à l'origine de l'augmentation des gènes de résistance aux antibiotiques chez les nourrissons, lors du congrès mondial ESCMID (anciennement ECCMID) à Barcelone, en Espagne (27-30 avril).

L'étude menée par des chercheurs de l'UiT The Artic University de Norvège souligne le besoin urgent de davantage de recherches sur des interventions ciblées visant à réduire la résistance aux antibiotiques chez les nourrissons. Ils pensent que les probiotiques pourraient, par exemple, réduire la fréquence des gènes de résistance aux antibiotiques et méritent d’être étudiés plus en détail.

La résistance aux antibiotiques (RAM) constitue une urgence sanitaire mondiale. Plus de 1,27 million de personnes dans le monde meurent chaque année d’infections pharmacorésistantes. Si aucune mesure n'est prise, la résistance aux antimicrobiens pourrait dépasser le cancer en tant que première cause de décès dans le monde d'ici 2050, tuant environ 10 millions de personnes dans le monde.

En raison de leur système immunitaire immature, les nourrissons sont très sensibles aux infections. Dans le même temps, leur microbiote intestinal regorge de bactéries diverses, dont beaucoup présentent une résistance à un large spectre d’antibiotiques, même lorsqu’elles ne sont pas exposées à des antibiotiques. Le résistome intestinal – l’ensemble de gènes résistants aux antibiotiques (ARG) présents dans le génome des microbes intestinaux des nourrissons – apparaît lorsque les microbes inondent l’intestin immédiatement après la naissance et constitue une pièce importante du puzzle de la RAM.

Le mobilome intestinal – l’accumulation de divers éléments génétiques mobiles (MGE) dans l’intestin – joue un rôle clé dans la prolifération des ARG. Les bactéries échangent du matériel génétique tel que les ARG par transfert horizontal de gènes. Parce qu’il y a tellement de bactéries à proximité, l’intestin offre des conditions idéales pour cet échange d’ARG.

Si de nombreuses bactéries intestinales hébergeant des ARG ne constituent pas une menace pour la santé, certaines ARG sont acquises par des microbes à potentiel pathogène. Lorsque ces gènes sont transférés à un agent pathogène, les conséquences sont graves tant pour le patient que pour la société.

Comprendre les facteurs qui influencent le développement du résistome et du mobilome dans l’intestin du nourrisson est donc crucial pour développer des stratégies visant à réduire la prévalence de la RAM.

Plusieurs études cliniques antérieures ont fourni des informations importantes mais fragmentées sur le résistome intestinal, mais la petite taille de leurs échantillons et leurs biais inhérents (par exemple, biais de sélection et confusion) limitent la généralisabilité des résultats.

Pour surmonter ces limites, les chercheurs ont mené une méta-analyse de cohortes de nourrissons basée sur les données métagénomiques de 14 études réalisées dans 10 pays et trois continents.

Ils ont examiné dans quelle mesure l'utilisation d'antibiotiques, le mode de naissance, la prématurité, les pratiques alimentaires et la géographie ont influencé l'abondance et la diversité des ARG et des MGE dans 3 981 échantillons de selles provenant du métagénome intestinal de 1 275 nourrissons. Pour suivre le microbiome des nourrissons, des échantillons longitudinaux ont été collectés dans les selles des nourrissons jusqu'à l'âge de 14 mois.

Les chercheurs ont utilisé des métagénomes de fusil de chasse publiés (séquençage génétique non ciblé de toutes les bactéries intestinales) pour examiner les associations entre la diversité et le fardeau des ARG et des MGE et l'utilisation d'antibiotiques, le mode de naissance, la naissance prématurée, les pratiques alimentaires et la géographie, et pour identifier quelles espèces bactériennes sont les principaux hôtes des ARG dans l'intestin des nourrissons.

Dans l’ensemble, les analyses ont révélé que l’utilisation d’antibiotiques, l’accouchement par césarienne et l’accouchement prématuré étaient associés de manière significative à une diversité réduite de microbes intestinaux bénéfiques par rapport aux nourrissons nés à terme par voie vaginale qui n’étaient pas exposés aux antibiotiques.

En revanche, l’accouchement vaginal était associé à une fréquence plus faible mais à une plus grande diversité d’ARG par rapport à l’accouchement par césarienne.

Les nourrissons nés par voie vaginale sont exposés à davantage de bactéries vaginales et intestinales que les nourrissons nés par césarienne, qui sont principalement exposés aux bactéries cutanées. Étant donné que les bactéries sont en corrélation avec l’accumulation de gènes résistants aux antibiotiques dans l’intestin, on s’attend à une plus grande diversité de gènes résistants aux antibiotiques chez les nourrissons nés par voie vaginale. Cependant, la présence de niveaux plus élevés de certaines bactéries commensales – qui fournissent à leur hôte des nutriments essentiels et aident à le défendre contre les agents pathogènes opportunistes – peut entraîner la suppression des bactéries pathogènes (qui sont susceptibles de contenir de plus grandes quantités d'antibiotiques) chez les nourrissons nés par voie vaginale. gènes résistants), réduisant ainsi la fréquence globale.

Ahmed Bargheet, auteur principal de l'UiT The Artic University of Norvège

Comme prévu, les analyses ont révélé que l’utilisation d’antibiotiques était associée à des fréquences ARG et MGE plus élevées. Cependant, l’utilisation d’antibiotiques n’a pas eu d’impact significatif sur la diversité des ARG.

Étonnamment, les nourrissons allaités exclusivement au sein n’ont montré aucun effet significatif sur la diversité ou la fréquence des ARG.

Il est important de noter que les chercheurs ont découvert 199 ARG cliniquement pertinents (qui confèrent une résistance aux antibiotiques cliniquement pertinents) dont la diversité augmentait avec l'âge au cours des deux premières années de vie. "La diversité des ARG a augmenté avec le temps, reflétant la diversité des bactéries. Cependant, l'abondance des ARG a diminué avec le temps, probablement en raison d'une réduction de l'abondance des bactéries pathogènes telles que :Escherichia colidit Bargheet.

Il est intéressant de noter que deux cohortes africaines (du Zimbabwe et d’Afrique du Sud) présentaient des fréquences ARG et MGE statistiquement significatives et plus élevées que les cohortes européennes. "Il est possible que le Zimbabwe et l'Afrique du Sud aient utilisé plus d'antibiotiques dans leurs cohortes de nourrissons que les Européens", explique Bargheet. « Au Zimbabwe, la réglementation et le contrôle des antibiotiques ne sont pas aussi stricts que dans certaines régions d’Europe, ce qui signifie que les antibiotiques peuvent souvent être achetés sans ordonnance et sans ordonnance, ce qui peut exacerber la résistance aux antibiotiques. »

Les auteurs l'ont en outre confirméE. colicomme hôte principal des ARG dans l’intestin des nourrissons. Il est inquiétant de constater que près de la moitié des ARG se localisent avec des plasmides, permettant un transfert efficace entre bactéries. A part ça,E. coliIl a été constaté que la diversité des tiges diminue pendant l'allaitement mais augmente avec l'âge. Il est intéressant de noter que l’utilisation d’antibiotiques n’a eu aucun impact significatif sur la maladie.E. colivariété de variétés.

« Notre méta-analyse des preuves disponibles montre clairement que l’accouchement par césarienne, l’utilisation d’antibiotiques et l’accouchement prématuré jouent un rôle sous-estimé dans la résistance aux antibiotiques chez les nourrissons en modifiant le résistome et le mobilome tôt dans la vie, conduisant à une augmentation du transport intestinal des gènes de résistance aux antibiotiques. » éléments génétiques mobiles », explique Bargheet.

"Cela a des implications importantes pour la crise de la résistance aux antibiotiques. En comprenant mieux ces facteurs, nous visons à développer des interventions ciblées, telles que les probiotiques, qui pourraient réduire considérablement le nombre de décès causés par la résistance aux antibiotiques. Cette recherche ne répond pas seulement à un défi de santé mondial urgent." Mais à l’avenir, notre objectif reste de traduire ces résultats en stratégies concrètes susceptibles de sauver des vies et de freiner la propagation des infections résistantes.

Malgré ces résultats importants, les auteurs notent plusieurs limites, notamment le fait que les effets des hospitalisations et d'autres variables cliniques n'ont pas pu être examinés dans cette analyse en raison de données manquantes.

Sources :