Oropouche-virus globaalisti: Tutkimus sisältää uusia riskejä virusuudistuksista

Oropouche-virus globaalisti: Tutkimus sisältää uusia riskejä virusuudistuksista

Uusi tutkimus osoittaa, kuinka Oropouche-virus puhkesi Amazonista ja levisi Brasiliaan ja sen ulkopuolelle. Tiedemiehet varoittavat, että ympäristön muutos, ihmisten liikkuvuus ja virusten evoluutio johtavat sen nopeaan leviämiseen – ja painostavat maailmanlaajuisia kansanterveyshuoleja.

Oropouche-virus (OOV), joka on historiallisesti rajoittunut Brasilian Amazonin altaan alueelle, on aiheuttanut useita taudinpurkauksia monissa Brasilian osavaltioissa vuodesta 2022 lähtien. Viime aikoina monia Orov-tapauksia on löydetty Brasilian ulkopuolelta.

Tutkijat ovat suorittaneet virusisolaattien koko genomin sekvensoinnin epidemia-alueilta ymmärtääkseen viruksen leviämisen dynamiikkaa ei-endeemisille alueille. Tutkimus on julkaistu lehdessäJournal of Travel Medicine.

tausta

Virus levisi todennäköisesti havaitsematta Amazonissa yli vuosikymmenen ajan, ja genomiset jäljet ​​viittaavat hiljaiseen leviämiseen jo vuosina 2010-2014 epäjohdonmukaisen valvonnan vuoksi.

Oropouche-virus (OOV) on niveljalkaisten yksijuosteinen RNA-virus, joka on segmentoitu kolmeen osaan: pieni, keskikokoinen ja suuri. Nämä kolme segmenttiä koodaavat olennaisia ​​komponentteja, joita tarvitaan viruksen kasvuun, leviämiseen ja tarttuvuuteen.

JälkeenVirus havaittiin ensimmäisen kerran Trinidadissa ja Tobagossa vuonna 1955, ja se on aiheuttanut useita epidemioita eläimissä (kädelliset, laiskiaiset ja linnut) Amazonin altaalla. Ihmisillä virus leviää pääasiassa hyttysten (hyttystenCulicoides paraenesis) ja aiheuttaa lieviä tai kohtalaisia ​​infektioita, jotka paranevat viikossa.

Elokuuhun 2024 mennessä Latinalaisessa Amerikassa on raportoitu noin 30 epidemiaa. Viimeaikaiset epidemiologiset tiedot osoittavat kuitenkin OROV-tapausten jyrkkää lisääntymistä useissa ei-endeemisissä Brasilian osavaltioissa, ja Italiassa, Espanjassa ja Saksassa on raportoitu tapauksia Kuubassa vierailevien matkustajien taholta.

Ensimmäiset kolme kuolemaan johtanutta OVOV-tartuntatapausta raportoitiin myös Brasiliassa vuonna 2024. Kaikki nämä raportit korostavat viruksen leviämistä Amazonin ulkopuolelle ja herättävät huolta kansanterveysviranomaisten keskuudessa.

Opintojen suunnittelu

Tutkijat suorittivat viidestä Brasilian osavaltiosta helmi-toukokuussa 2024 kerättyjen Orov-tartunnan saaneiden potilasperäisten näytteiden koko genomin sekvensoinnin. He valitsivat näytteet genomianalyysiin saatavilla olevien kliinisten ja epidemiologisten metatietojen perusteella.

He tuottivat 133 koko genomisekvenssiä, jotka kattoivat viruksen kolme genomista segmenttiä: pienet, keskisuuret ja suuret segmentit. Nämä sekvenssit sisälsivät ensimmäiset genomit Amazonin ulkopuolelta ja ensimmäisistä kirjatuista tapauksista.

Tutkimustulokset

Tutkijat yhdistivät banaanin ja kaakaon viljelyn kääpiöpopulaatiokynnyksiin ja loivat viruspesäkkeitä, joissa metsien hävittäminen vastaa maataloutta.

Tutkimus raportoi ihmisen OROV-infektioiden jyrkän lisääntymisen Amazonin läntisellä alueella vuoden 2022 lopun ja vuoden 2024 alun välisenä aikana. Tämä induktio osui samaan aikaan OROV-testaustiheyden lisääntymisen kanssa (238 testistä vuonna 2020 54 428:aan vuoden 2024 alussa), mikä osoittaa tehostettua valvontaa.

Fylogeneettinen analyysi paljasti, että tutkimuksessa syntyneillä uusilla virussekvensseillä on yhteinen esi-isä Amazonin altaalta vuodesta 2022 lähtien saatujen sekvenssien kanssa, mikä viittaa viimeisimmän viruslinjan mahdolliseen Amazonin alkuperään.

Segmentoidun mallinsa vuoksi OROV-genomi käy todennäköisesti läpi uudelleentulostus- ja rekombinaatiotapahtumia. Tutkimuksessa tunnistettiin 21 uudistustapahtumaa (mukaan lukien 17 SM-, 7 SL- ja 11 ML-uudistusta). Epäselväksi jäi, helpottivatko nämä genomiset muutokset viruksen sopeutumista paikallisiin ekologisiin sairauksiin vai vaikuttivatko ne niiden tarttuvuutta ja patogeenisyyttä.

Suorittamalla fylogeografisen rekonstruoinnin vuosien 2022–2024 Brasilian tietojoukosta sekä äskettäin eristettyjen kansainvälisten genomisekvenssien kanssa Perusta ja Italiasta, tutkimuksessa havaittiin nopea viruksen leviäminen pohjoisesta etelään Brasiliassa, jota seurasi rajat ylittävä leviäminen Perussa.

Tutkimuksessa todettiin myös, että Italiassa raportoidut Orov-tapaukset liittyvät Kuubasta palaaviin matkustajiin. Kuubalaiset tapaukset ovat kuitenkin päätelty yksinomaan matkahistoriasta, koska itse Kuuban genomitietoja ei ole saatavilla, mikä rajoittaa lopullisia johtopäätöksiä leviämisreiteistä. Nämä havainnot korostavat ihmisen liikkuvuuden merkitystä viruksen leviämisessä.

Tutki merkitystä

Vaikka useimmat infektiot paranevat viikossa, ensimmäinen dokumentoitu OROV-kuolema herättää hälytyksiä raskauden riskeistä.

Tutkimus osoittaa, kuinka OROV-evoluutio genomiuudistusten kautta on helpottanut sen nopeaa leviämistä Brasiliassa ja sen ulkopuolella. Tulokset osoittavat, että vuosien 2010 ja 2014 välillä vuosien 2022–2024 sukulinja syntyi Keski-Amazonissa, ja Amazonin alueella 2010-luvun lopulla tapahtui pitkäaikaista salaperäistä kiertokulkua rajoitetun seurannan perusteella.

Tutkimuksen pohjoisesta etelään suuntautuva virusliike osuu samaan aikaan Amazonin altaan sadekauden kanssa. Nykyiset ekoepidemiologiset tutkimukset viittaavat siihen, että Orov kiertää ensisijaisesti alueilla, joilla on tiheä väestötiheys, suotuisat ilmasto-olosuhteet ja vähemmän ikivihreä laaja metsäpeite.

Lisäksi metsien hävittäminen, kaupungistuminen ja maatalouskäytännöt (esim. banaanin ja kaakaon viljely) helpottavat kääpiöiden lisääntymistä, mikä lisää viruksen leviämisriskiä ja muokkaa viruksen maantieteellistä levinneisyyttä.
Kolmen ensimmäisen kuolemaan johtaneen Orov-tapauksen havaitseminen nuorilla aikuisilla, joilla ei ole liitännäissairauksia – mukaan lukien mutaatiot segmenteissä M (I13V, M642I) ja L (T857A) – korostaa lisätutkimusten tarvetta keskittyen erityisesti vertikaaliseen leviämiseen ja raskauden tuloksiin.

Brasilian terveysministeriö ilmoitti äskettäin ensimmäisestä sikiökuolesta, joka johtui Orovista äidiltä lapselle tarttuneen Pernambucossa. Oireettomat tai lievät tapaukset voivat kuitenkin olla aliedustettuina genomiaineistoissa, mikä vääristää seurantatoimia. Tämä korostaa tarvetta tunnistaa vakaviin tuloksiin liittyvät virustekijät ja kehittää tehokkaita interventioita.

Tutkimuksessa tunnistettiin matkustamiseen liittyviä ORROV-tapauksia, mikä viittaa siihen, että ihmisten liikkuvuudella on tärkeä rooli viruksen leviämisessä Brasiliassa. Keskeisiä rajoituksia ovat Kolumbiasta, Kuubasta ja muista maista peräisin olevien genomitietojen puute, mikä estää siirtoverkkojen täydellisen ymmärtämisen.

Kaiken kaikkiaan tutkimus korostaa jatkuvan genomisen seurannan kiireellisyyttä OOV:n evoluutio- ja epidemiologisen dynamiikan ymmärtämiseksi. Tämä on erityisen tärkeää tulevien epidemioiden ehkäisemiseksi ja oikea-aikaisten kansanterveystoimien varmistamiseksi.

Lähteet: