Le virus Oropouche se mondialise : l’étude contient de nouveaux risques liés aux réformes antivirus

Le virus Oropouche se mondialise : l’étude contient de nouveaux risques liés aux réformes antivirus

Une nouvelle étude montre comment le virus Oropouche s'est échappé de l'Amazonie et s'est propagé au Brésil et au-delà. Les scientifiques préviennent que les changements environnementaux, la mobilité humaine et l’évolution virale sont à l’origine de son expansion rapide – et suscitent des préoccupations pressantes en matière de santé publique mondiale.

Le virus Oropouche (OOV), historiquement limité au bassin amazonien brésilien, a provoqué de multiples épidémies dans de nombreux États brésiliens depuis 2022. Récemment, de nombreux cas Orov ont été découverts au-delà du Brésil.

Les chercheurs ont procédé au séquençage du génome entier d’isolats de virus provenant de régions épidémiques afin de comprendre la dynamique de la transmission du virus vers des régions non endémiques. L'étude est publiée dans leJournal de médecine des voyages.

arrière-plan

Le virus a probablement circulé sans être détecté en Amazonie pendant plus d’une décennie, avec des traces génomiques indiquant une propagation silencieuse dès 2010-2014 en raison d’une surveillance incohérente.

Le virus Oropouche (OOV) est un virus à ARN simple brin transmis par les arthropodes et segmenté en trois parties : petite, moyenne et grande. Ces trois segments codent pour les composants essentiels nécessaires à la croissance, à la transmission et à l’infectiosité du virus.

AprèsDétecté pour la première fois à Trinité-et-Tobago en 1955, le virus a provoqué plusieurs épidémies chez des animaux (primates non humains, paresseux et oiseaux) dans le bassin amazonien. Chez l'homme, le virus se transmet principalement par les moustiques (moustiques (Parénèse culicoïde) et provoque des infections légères à modérées qui disparaissent en une semaine.

En août 2024, environ 30 foyers avaient été signalés en Amérique latine. Cependant, des données épidémiologiques récentes montrent une forte augmentation des cas d'OROV dans plusieurs États brésiliens non endémiques, avec des cas signalés en Italie, en Espagne et en Allemagne chez des voyageurs visitant Cuba.

Les trois premiers cas mortels d’infections par l’OVOV ont également été signalés au Brésil en 2024. Tous ces rapports soulignent la propagation du virus en dehors de l’Amazonie et suscitent des inquiétudes parmi les responsables de la santé publique.

Conception de l'étude

Les chercheurs ont effectué le séquençage du génome entier d’échantillons provenant de patients infectés par Orov et collectés dans cinq États brésiliens entre février et mai 2024. Ils ont sélectionné les échantillons pour l’analyse génomique sur la base des métadonnées cliniques et épidémiologiques disponibles.

Ils ont généré 133 séquences du génome entier couvrant les trois segments génomiques du virus : les segments petit, moyen et grand. Ces séquences comprenaient les premiers génomes provenant de régions situées en dehors de l'Amazonie et des premiers cas enregistrés.

Résultats de l'étude

Les chercheurs ont lié la culture de la banane et du cacao aux seuils de population de moucherons, créant ainsi des points chauds viraux où la déforestation correspond à l’agriculture.

L’étude a signalé une forte augmentation des infections humaines à l’OROV dans la région ouest de l’Amazonie entre fin 2022 et début 2024. Cette induction a coïncidé avec une augmentation de la fréquence des tests OROV (de 238 tests en 2020 à 54 428 début 2024) dans tout le pays, ce qui indique une intensification des efforts de surveillance.

L’analyse phylogénétique a révélé que les nouvelles séquences virales générées dans l’étude partagent un ancêtre commun avec des séquences obtenues dans le bassin amazonien depuis 2022, suggérant une possible origine amazonienne de la lignée virale la plus récente.

En raison de son modèle segmenté, le génome OROV est susceptible de subir des événements de réimpression et de recombinaison. L’étude a identifié 21 événements de réforme (dont 17 réformes SM, 7 réformes SL et 11 réformes ML). On ne sait pas encore si ces changements génomiques ont facilité l’adaptation du virus aux maladies écologiques locales ou contribué à leur pouvoir infectieux et pathogène.

En effectuant une reconstruction phylogéographique de l'ensemble de données brésiliennes 2022-2024 ainsi que de séquences génomiques internationales récemment isolées du Pérou et de l'Italie, l'étude a révélé une transmission virale rapide du nord au sud au Brésil, suivie d'une transmission transfrontalière au Pérou.

L'étude a également révélé que les cas d'Orov signalés en Italie sont liés à des voyageurs revenant de Cuba. Cependant, les cas cubains sont déduits uniquement de l'historique des voyages, car les données génomiques de Cuba lui-même ne sont pas disponibles, ce qui limite les conclusions définitives sur les voies de transmission. Ces observations mettent en évidence le rôle de la mobilité humaine dans la propagation du virus.

Enquêter sur la signification

Alors que la plupart des infections disparaissent en une semaine, le premier décès documenté lié à l’OROV sonne l’alarme sur les risques pendant la grossesse.

L'étude montre comment l'évolution de l'OROV grâce aux réformes génomiques a facilité sa transmission rapide à l'intérieur et à l'extérieur du Brésil. Les résultats montrent qu’entre 2010 et 2014, la lignée 2022-2024 a émergé en Amazonie centrale, avec des preuves d’un cycle cryptique à long terme en Amazonie à la fin des années 2010, basé sur une surveillance limitée.

Le déplacement du virus du nord au sud dans l'étude coïncide avec la saison des pluies dans le bassin amazonien. Les études éco-épidémiologiques existantes suggèrent qu'Orov circule préférentiellement dans des régions à forte densité de population, aux conditions climatiques favorables et à une large couverture forestière sempervirente réduite.

En outre, la déforestation, l’urbanisation et les pratiques agricoles (par exemple la culture de la banane et du cacao) facilitent la reproduction des moucherons, augmentant ainsi le risque de transmission du virus et façonnant la répartition géographique du virus.
La détection des trois premiers cas mortels d’Orov chez de jeunes adultes sans comorbidités – y compris des mutations dans les segments M (I13V, M642I) et L (T857A) – met en évidence la nécessité d’investigations plus approfondies, en mettant particulièrement l’accent sur la transmission verticale et les issues de grossesse.

Le ministère brésilien de la Santé a récemment signalé le premier décès fœtal dû à Orov avec transmission mère-enfant à Pernambuco. Cependant, les cas asymptomatiques ou bénins peuvent être sous-représentés dans les ensembles de données génomiques, ce qui fausse les efforts de surveillance. Cela met en évidence la nécessité d’identifier les facteurs viraux associés à des conséquences graves et de développer des interventions efficaces.

L'étude a identifié des cas liés à l'ORROV liés aux voyages, ce qui suggère que la mobilité humaine joue un rôle important dans la propagation du virus à travers le Brésil. Les principales limites incluent le manque de données génomiques en provenance de Colombie, de Cuba et d’autres pays touchés, ce qui empêche une compréhension complète des réseaux de transmission.

Dans l’ensemble, l’étude met en évidence l’urgence d’une surveillance génomique continue pour comprendre la dynamique évolutive et épidémiologique de l’OOV. Ceci est particulièrement important pour prévenir de futures épidémies et garantir des réponses de santé publique en temps opportun.

Sources :